Annoter ses PDF avec Zotero

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Auteur : David Morris – CC-BY – Source : Flickr

Zotero peut être comparé à un meuble produit par une célèbre marque suédoise : rassurez-vous, non en termes de robustesse ni de facilité de montage, mais en raison de sa grande modularité et de son caractère « en kit ». De nombreux modules complémentaires et applications compatibles viennent en effet enrichir Zotero, en proposant pour une fonctionnalité donnée le choix d’un outil spécifique et spécialisé, étendant ainsi considérablement les fonctionnalités de Zotero. Une page du site Zotero recense ainsi les modules complémentaires développés pour Zotero, une autre les services WebDAV compatibles avec Zotero.

Il en va de la sorte de l’annotation des PDF. On a pu pointer le fait que Zotero ne permette pas d’annoter directement les PDF, contrairement à EndNote ou Mendeley qui intègrent tous deux un lecteur de PDF (que vous êtes du même coup contraint d’utiliser). Zotero propose bien un moyen d’annoter facilement ses PDF, mais en recourant à un lecteur de PDF tiers, dont le choix vous appartient.

Etape 1 : paramétrage Zotero

Dans les Préférences > Générales, décochez « Ouvrir les PDF et les autres fichiers dans Firefox si possible »

pref_zotero_pdf

Etape 2 : paramétrage Firefox

Dans les Options (ou Préférences) > Applications, associez au type de contenu PDF l’application que vous souhaitez utiliser pour ouvrir les PDF.

pref_firefox_pdfAttention, ce paramétrage possède un inconvénient. Désormais, tous les PDF que vous ouvrirez dans Firefox se feront avec cette application. Malheureusement, il n’est actuellement pas possible de sélectionner une application spécifique aux documents PDF ouverts depuis Zotero. Pour les utilisateurs avertis, il existe cependant une solution intermédiaire consistant à indiquer à Zotero d’utiliser plutôt le lecteur PDF de votre système, plutôt que celui sélectionné dans Firefox : il faut pour cela utiliser l’option « launchNonNativeFiles » dans les préférences cachées de Zotero.

Pour les utilisateurs de Zotero Standalone

Ici, aucun paramétrage de Zotero n’est nécessaire. En version standalone, c’est le lecteur de PDF défini par défaut sur votre système qui est utilisé. Si celui que vous utilisez au quotidien ne permet pas la modification des PDF, il vous suffit d’en choisir un autre et de le sélectionner comme lecteur principal.

Remarque 1. La procédure à suivre dépend de votre système (Windows, MacOS, Linux, etc). Si vous ne savez pas faire, renseignez-vous, c’est une manipulation bénigne.

Remarque 2. Sachez que, non, il n’est pas possible de faire en sorte que Zotero utilise un lecteur différent de celui défini par défaut sur votre système.

Conseils utiles

Il est important de garder en tête que l’annotation de PDF est une fonctionnalité un peu complexe à utiliser au quotidien, pour la simple raison que le format PDF a été expressément conçu pour ne pas être aisément modifiable (ou alors seulement sous certaines conditions). De fait, il n’existe pas réellement de normes permettant à tous les lecteurs PDF de s’entendre, faisant qu’ils ne sont pour l’essentiel pas compatibles entre eux sur ce point.

Le résultat est une situation où les annotations n’ont pas d’autre choix pour être lisibles par tous que d’être définitivement intégrées au document source. S’il est important pour vous de pouvoir plus tard retirer ou modifier vos annotations, alors il vous faut obligatoirement créer un nouveau document de façon à préserver la source.

En pratique, trois solutions s’offrent alors à vous pour enregistrer vos annotations sur un PDF.

Écraser le PDF d’origine avec votre version.

Vous ne gardez entre les mains qu’un seul document.

  • Avantage : compatibilité avec la plupart des lecteurs PDF.
  • Inconvénient : le document source (non annoté) disparaît, et les annotations ajoutées ne sont pas modifiables.
  • Usage : faire circuler un document annoté qui ne nécessite pas d’être archivé ; chacun garde la possibilité d’ajouter une annotation, mais pas de modifier les existantes.

Exporter le PDF annoté vers une seconde version.

Vous possédez entre les mains deux documents : la source et la copie annotée.

  • Avantage : compatibilité avec la plupart des lecteurs PDF.
  • Inconvénient : les annotations ne sont toujours pas modifiables.
  • Usage : archiver la version originale du document, tout en gardant la possibilité faire circuler la version annotée.

Enregistrer le PDF sous un format autre (proposé par votre lecteur PDF).

Vous possédez également entre les mains deux documents : la source et la copie annotée.

  • Avantage : annotations modifiables à volonté, tant que vous ne changez pas de lecteur PDF.
  • Inconvénient : il n’y a que vous et ceux qui possèdent le même lecteur de PDF qui peuvent visualiser les annotations ; la possibilité d’exporter reste toujours possible plus tard si besoin. N’est pas compatible avec la fonctionnalité d’exportation des annotations, proposée par Zotfile.
  • Usage : pour un travail personnel, puisque l’on ne peut pas partager ses annotations.

Notons en définitive que la troisième solution est la plus pérenne. Elle impose toutefois de devoir archiver dans votre base de données plusieurs versions et plusieurs formats de vos documents annotés. Heureusement, il est très facile avec Zotero de joindre plusieurs fichiers à une seule référence, ce qui laisse la possibilité de garder sous la main une version source et une (ou plusieurs) version(s) annotée(s).

Pour terminer…

Citons très brièvement parmi les lecteurs de PDF gratuits permettant l’annotation des PDF PDF-XChange (Windows), Aperçu (Mac), Xournal (Linux), ou Foxit Reader (Mac, Linux et Windows, l’ensemble des fonctionnalités étant disponibles uniquement dans la version Windows).

Enfin, sachez que d’autres applications permettent un usage encore plus sophistiqué, ainsi Zotfile synchronise-t-il vos PDF avec votre tablette et extrait-il les annotations de vos PDF.

Annotez-vous vos PDF ? Quels outils utilisez-vous pour ce faire ?


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6 réponses

  1. Marin Dacos dit :

    Bonjour,
    Merci pour ce billet très instructif. J’utilise l’annotation des PDF intégrés dans Zotero depuis quelques mois à présent. Je rencontre aujourd’hui une nouvelle difficulté, que je ne rencontrais pas avant. Quand j’édite un PDF avec le logiciel Aperçu (je surligne des passages), Aperçu me dit : « Le document original ne peut être modifié : une copie qui contient vos modifications a été créée ». Mais ça ne m’arrange pas du tout, car je souhaite conserver le fichier original et lui ajouter des annotations… Est-ce que cela pourrait être dû à la nouvelle version de MacOS, Sierra? Ou à autre chose? En tout cas, cela m’empêche de travailler…
    Merci par avance !
    Marin

  2. Alain Marois dit :

    Bonjour,
    Nous avons identifié le même souci sur certains postes windows 7; les droits attachés au fichier annoté semble permettrent une écriture selon l’explorateur de fichiers mais, chez nous aussi, quelque soit l’utilitaire d’annotation pdf testé, l’écrasement du fichier ouvert n’est pas permis et une invite à « enregistrer sous » est proposée (adobe reader, foxit reader). Et c’est très pénalisant en effet.
    Nous allons creuser. AM

  3. Alain Marois dit :

    Bonjour,

    Vous l’aurez sans doute vu sur le forum : c’est bien dû au passage sous Sierra.
    « the easiest option is probably just to move your Zotero data directory out of ~/Library and into ~/Zotero or similar. »
    https://forums.zotero.org/discussion/61014/macos-sierra-papers-protected

    Apparemment, cela sera fixé avec la V5 (localisation en dehors de ~/Library).

    Je traduis pour la communauté la réponse du 17 oct. d’adamsmith :
    « Il y a deux choses à faire :
    1. (Désactiver la synchronisation automatique dans l’onglet « synchronisation » des préférences zotero, puis….) Aller sur « Afficher le répertoire contenant les données », ce qui ouvre le répertoire contenant les données dans le Finder. Ensuite fermé Zotero, et déplacer l’intégralité du dossier « Zotero » (dans le Finder) au niveau d’un autre emplacement.
    2. Redémarrer Zotero. Vous verez que votre bibliothèque vide. Maintenant, à nouveau dans l’onglet « Fichiers et dossiers » [des Préférences>Avancés NdT], utilisez un emplacement du répertoire contenant les données personnalisé et navigué jusqu’à la nouvelle localisation du dossier Zotero (Vous aurez besoin de redémarrer Zotero et vous devriez réactiver la synchronisation automatique)
     »
    AM

  4. Marin Dacos dit :

    Sous Sierra, cette solution marche en effet ! Merci.

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