Travailler avec plusieurs bibliothèques Zotero

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Auteur : Bradley Davis – CC BY-ND – Source : https://www.flickr.com/photos/backpackphotography/2318060944/

Des centres d’intérêt divers, des projets à distinguer, des contextes de travail à délimiter sont autant de motifs de souhaiter disposer de plusieurs bibliothèques et non d’une seule. La flexibilité de Zotero permet d’envisager différentes possibilités pour multiplier vos bibliothèques. Nous nous proposons d’explorer deux options, l’une offrant une forme de porosité entre les bibliothèques, l’autre garantissant une étanchéité des environnements de travail. Chacune des alternatives revêt des implications fonctionnelles que nous récapitulons au moyen des 5 items suivants.

  • Transfert de documents d’une bibliothèque à l’autre
  • Synchronisation de la bibliothèque
  • Emplacement des données
  • Préférences
  • Modules complémentaires

C’est au crible de ces items que nous nous proposons d’explorer les 2 options, celle des groupes et celle des profils.

Option 1 : collaborer tout seul : 1 groupe

Comme nous l’avons détaillé dans notre précédent billet Bibliothèque de groupe : quelques pistes pour collaborer efficacement, les groupes constituent l’équipement de base d’un travail collaboratif avec Zotero. Ils peuvent également être utilisés avec profit pour collaborer avec soi-même. Il suffit pour ce faire d’être le seul membre de son groupe, et de veiller à créer un groupe privé, en réservant la visibilité de la bibliothèque à ses seuls membres.

Précisons que le recours au groupe n’impose pas la synchronisation des bibliothèques : s’il faut bien se créer un compte en ligne et opérer au moins une synchronisation pour voir apparaître la bibliothèque de groupe en local, la synchronisation peut être par la suite désactivée, pour tout ou partie de ses bibliothèques.

preferences_zotero_sync

Paramétrage de la synchronisation dans les Préférences : compte Zotero à associer et choix des bibliothèques

Démarrer avec les groupes est très simple et rapide et requiert un paramétrage limité. Qu’en est-il des implications fonctionnelles?

Impacts fonctionnels

Transfert de documents d’une bibliothèque à l’autre : aisé – un glisser-déplacer copie le document d’une bibliothèque à l’autre.

Synchronisation de la bibliothèque : aisée en utilisant son compte Zotero existant – voir copie d’écran supra.

Emplacement des données : répertoire de données Zotero existant.

Les deux points suivants découlent du précédent, mais il nous semble important de les détailler pour mettre en évidence l’impact de chaque option sur vos outils de travail Zotero locaux (paramétrages, styles et modules complémentaires).

Préférences (y compris styles bibliographiques) : conservées.

Modules complémentaires : conservés.

Quand collaborer tout seul ? Cette option nous semble recommandable lorsque l’on souhaite :

  • transférer rapidement et facilement des documents d’une bibliothèque à l’autre,
  • et/ou synchroniser avec un seul compte l’ensemble de ses bibliothèques,
  • et/ou conserver un seul environnement de travail Zotero (préférences, styles, modules complémentaires),
  • et/ou accéder à toutes ses bibliothèques en même temps.

Ainsi que nous allons le voir, l’option 2 repose sur la création de profils Zotero distincts. Ouvrir plusieurs profils Zotero en même temps reste possible. Cela peut toutefois être source de confusion, aussi l’option 2 vous contraint-elle à fermer et rouvrir Zotero pour passer d’une bibliothèque à l’autre.

Option 2 : séparer ses activités : 2 profils

La procédure pour créer un profil Zotero fait l’objet de l’ article Comment utiliser plusieurs profils Zotero? dans la base de connaissance de Zotero.
Nous allons ici étoffer la brève description des étapes postée sur Twitter et examiner ses conséquences.

Étape 1 : fermer Zotero

Étape 2 : ouvrir le gestionnaire de profils

Pour les utilisateurs de Windows, la manipulation la plus directe consiste à appuyer sur la combinaison de touches windows_drapeau + r, puis à saisir dans la boîte de dialogue qui s’affiche :
C:\Program Files\Zotero\zotero.exe -P en remplaçant C:\Program Files\Zotero par le chemin complet vers l’emplacement d’installation de Zotero.

commande_profil_zotero

Pour adapter cet exemple, remplacez « C:\Program Files (x86)\Zotero\ » par le chemin complet vers l’emplacement d’installation de Zotero sur votre ordinateur.

Pour les utilisateurs de Mac et Linux, lancer Zotero en ligne de commande en utilisant les mêmes étapes que pour le débogage (détails en anglais dans la documentation Zotero) et en remplaçant -ZoteroDebug par -P aboutit au même résultat. En bref, voici les commandes à utiliser :

  • GNU/Linux (dans le Terminal): zotero —ProfileManager
  • MacOS X (dans le Terminal): /Applications/Zotero.app/Contents/MacOS/zotero -ProfileManager
Le gestionnaire de profils s’affiche alors.

Avant de cliquer sur Create Profile... pour continuer, vous pouvez d’ores et déjà choisir si et quel profil utiliser par défaut au lancement de Zotero , grâce à la case Use the selected profile without asking at startup.

Si vous laissez cette case décochée, le gestionnaire de profils s’affichera à chaque fois que vous lancerez Zotero et vous devrez choisir à chaque fois le profil à utiliser.

Si au contraire vous cochez cette case, vous devrez lancer le gestionnaire de profil pour ouvrir un profil autre que celui que vous avez défini comme profil par défaut.

 

gestionnaire_profil_zotero

Le gestionnaire de profils Zotero

Étape 3 : créer un nouveau profil

L’assistant de création de profil affiche successivement les écrans suivants, le troisième nous ramenant à l’écran d’accueil du gestionnaire de profil.

creation_profil_zotero_1

Création d’un profil Zotero : écran 1

creation_profil_zotero_2

Création d’un profil Zotero : écran 2

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Création d’un profil Zotero : écran 3

Étape 4 : associer à ce profil un répertoire de données Zotero

Lorsque vous ouvrez votre nouveau profil pour la première fois, deux cas de figure peuvent se présenter, en fonction de l’emplacement du répertoire de données de votre profil initial.

  • Si vous utilisez le répertoire de donnés par défaut, i. e. le répertoire Zotero créé automatiquement à la racine de votre répertoire d’utilisateur, vous retrouvez le contenu de votre bibliothèque initiale.
  • Si vous utilisez un emplacement personnalisé pour votre bibliothèque initiale, vous voyez s’afficher une nouvelle bibliothèque vide.

Ces deux cas de figure ont la même origine : par défaut, Zotero utilise pour votre nouveau profil le répertoire de données par défaut, i. e. le répertoire Zotero créé automatiquement à la racine de votre répertoire d’utilisateur.

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Choix de l’emplacement du répertoire de données dans les Préférences > Avancées > Fichiers et dossiers

Il faut donc créer un répertoire qui sera défini comme répertoire de données pour votre nouveau profil Zotero. Pour associer cet emplacement à votre nouveau profil, il vous suffit de le Choisir... comme emplacement Personnalisé.

emplacement_repertoire_donnees_zotero

Aux deux profils Zotero correspondent deux répertoires de données.

Si nous avons détaillé comment créer deux profils, nous n’avons encore rien dit des implications fonctionnelles de cette option, qui revient à créer deux bibliothèques Zotero parfaitement étanches, et même deux environnements de travail Zotero indépendants.

Impacts fonctionnels

Reprenons les items définis précédemment pour explorer comment travailler avec deux bibliothèques imperméables.

Transfert de documents d’une bibliothèque à l’autre : indirect, par export/import des documents.

Synchronisation de la bibliothèque : il faudra vous créer un nouveau compte en ligne, car à deux profils locaux doivent correspondre deux profils en ligne.

Emplacement des données : répertoire de données Zotero distinct de votre répertoire existant.

Préférences (y compris styles bibliographiques) : à paramétrer et installer (pour les styles bibliographiques).

Modules complémentaires : à installer et paramétrer.

Quand privilégier cette seconde option? Elle nous paraît recommandable dans les cas suivants ; les conditions ne sont pas exclusives l’une de l’autre.

  • Les contenus des deux bibliothèques se recoupent peu : copier des documents d’une bibliothèque à l’autre reste très marginal, et vous pouvez vous accommoder pour ce faire de la procédure indirecte d’export/import.
  • Les outils Zotero sont différents : les modules complémentaires et/ou styles bibliographiques utilisés ne sont majoritairement pas les mêmes d’une bibliothèque à l’autre.
  • Vous faites un usage nomade distinct des bibliothèques.

Dans l’exemple que nous avons pris, la bibliothèque Zotero se caractérise par :

  • une volumétrie importante (999 documents assortis de notes et de fichiers joints),
  • un très petit nombre de styles bibliographiques installés,
  • un nombre plus conséquent de modules complémentaires dûment paramétrés,
  • un usage uniquement local de la bibliothèque principale et le recours à la synchronisation pour quelques bibliothèques de groupe.

La bibliothèque zotero_csl présente quant à elle des caractéristiques bien différentes :

  • une volumétrie limitée à une 50aine de documents non annotés et sans pièce jointe,
  • un grand nombre de styles bibliographiques installés,
  • l’installation d’un seul module complémentaire,
  • un usage nomade sur support que facilite sa faible volumétrie (la copie du répertoire zotero_csl sur une clé USB de qualité moyenne prend quelques secondes), sans aucun recours à la synchronisation.

Au total, Zotero vous permet donc de collaborer tout seul ou avec des collègues, autant que de séparer vos activités et définir des environnements de travail Zotero bien distincts.

Vous êtes vous aussi multi-actifs avec Zotero? Partagez votre méthode d’organisation en commentaire!


Frédérique Flamerie

Des études de philosophie m'ont menée à la Bibliothèque nationale de France en 2004, puis aux bibliothèques de l'UPMC en 2007. Je rejoins la Direction de la documentation de l'Université de Bordeaux en septembre 2017.

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8 réponses

  1. Annetti Laurent dit :

    Très intéressant même si cela semble destiné à des utilisateurs avancés.

    La question que je me pose est que ci je crée un second profil puis-je cumuler 300MB supplémentaire
    pour la synchronisation des pdf ?

    • grolimur dit :

      Merci pour votre commentaire.
      L’utilisation de plusieurs bibliothèques intéressera plutôt les utilisateurs qui sont déjà à l’aise avec Zotero, mais cette fonctionnalité n’est pas *destinée* aux utilisateurs avancés.

      Pour ce qui est des 300Mo de stockage en ligne, comme il s’agit de 2 profils différents, ils sont prévus pour être rattaché à 2 comptes différents. Du coup, oui, chaque profil/compte à 300Mo pour synchroniser les pièces jointes.

    • Frédérique Flamerie dit :

      Bonjour,
      J’ajoute à la réponse de Raphaël qu’augmenter son espace de stockage en créant plusieurs comptes en ligne ne me paraît pas recommandable. Outre le fait que cela détourne de son usage le profil personnel, cela peut être source de confusion car impose de jongler entre 2 profils pour un même projet/contexte de travail. C’est par ailleurs une option transitoire : que faire lorsque vous souhaiterez disposer de plus d’1 Mo? Trouver une solution plus pérenne et d’un fonctionnement plus simple en recourant à l’offre payante de stockage de Zotero ou à un serveur tiers me paraîtrait préférable.
      Bien à vous,
      Frédérique Flamerie

  2. Annetti Laurent dit :

    Le seul problème avec Zotero c’est que les 300Mo en gratuit son assez limité. Si je me tourne vers Mendeley c’est deux giga avec le plan gratuit !!

    • Frédérique Flamerie dit :

      Mendeley est en revanche beaucoup plus restrictif que Zotero s’agissant des groupes, puisque la version gratuite de Mendeley permet de créer seulement 1 groupe (voir : https://guides.library.pdx.edu/c.php?g=474937&p=3249935), alors que Zotero autorise la création d’un nombre illimité de groupes. Mendeley semble aussi être moins directement compatible avec des serveurs de stockage tiers que Zotero (voir : https://www.library.wisc.edu/services/citation-managers/mendeley/). Enfin, voici quelques raisons pour lesquels un utilisateur de Mendeley lui a préféré Zotero : https://github.com/rdiaz02/Adios_Mendeley#why-move-away-from-mendeley.
      Bien à vous,
      Frédérique Flamerie

    • grolimur dit :

      Avoir 2Go au lieu de 300Mo, ce n’est que repousser le problème de quelques mois. Au final, il faudra payer pour plus de stockage. Et les prix pratiqués par Mendeley/Elsevier sont bien plus élevés que ceux de Zotero.

      Mais là, où Zotero surpasse à nouveau Mendeley, c’est que vous pouvez synchroniser vos PDFs avec un service tiers qui prend en charge le protocole WebDAV, et réduire considérablement le volume stocké sur les serveurs de Zotero. Tout cela gratuitement. Voici une liste de plateformes possibles: https://www.zotero.org/support/kb/webdav_services.
      Vous pouvez aussi demander à l’équipe IT de votre université s’il n’y a pas une solution hébergée en interne. En Suisse, les membres de la communauté universitaire ont accès à un service de stockage offrant 50Go gratuitement à chacun! C’est d’ailleurs la solution que nous préconisons.

  3. Pierre dit :

    J’utilise Zotero Portable (Je suis d’ailleurs à l’origine de la version présente ici : https://github.com/pedrom34/ZoteroPortable). Et j’utilise deux profils Zotero : un pour mon travail courant, l’autre pour mes archives. Malheureusement, avec la version portable, je suis obligé d’utiliser deux installations distinctes de Zotero, car je ne peux pas utiliser le gestionnaire de profils. Mais cela ne me pose pas de soucis.

    L’export-import de références mentionné dans votre article, j’ai testé et j’ai renoncé : il y a trop de pertes au niveau de certains champs qui sont supprimés ou de pièces jointes qui sont corrompues dans l’opération.

    Du coup, j’utilise un compte Zotero pour mon profil courant, et le webdav de Box.com pour mon profil d’archives. Pour basculer des références de l’un à l’autre, j’utilise une bibliothèque de groupe dans laquelle ne sont présents que mon compte courant et mon compte d’archives.
    C’est adamsmith sur le forum officiel qui m’a suggéré de faire comme ainsi.

    Intérieurement je rage quand même un peu de faire faire le tour de la planète à mes fichiers pour quelque chose qui – in fine – reste sur mon ordinateur, mais bon, comme expliqué plus haut l’export-import de références est un fiasco.

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