Travailler avec plusieurs bibliothèques Zotero
Billet rédigé par ✏️ Frédérique Flamerie,

Auteur : Bradley Davis – CC BY-ND – Source : https://www.flickr.com/photos/backpackphotography/2318060944/
Des centres d’intérêt divers, des projets à distinguer, des contextes de travail à délimiter sont autant de motifs de souhaiter disposer de plusieurs bibliothèques et non d’une seule. La flexibilité de Zotero permet d’envisager différentes possibilités pour multiplier vos bibliothèques. Nous nous proposons d’explorer deux options, l’une offrant une forme de porosité entre les bibliothèques, l’autre garantissant une étanchéité des environnements de travail. Chacune des alternatives revêt des implications fonctionnelles que nous récapitulons au moyen des 5 items suivants.
- Transfert de documents d’une bibliothèque à l’autre
- Synchronisation de la bibliothèque
- Emplacement des données
- Préférences
- Modules complémentaires
C’est au crible de ces items que nous nous proposons d’explorer les 2 options, celle des groupes et celle des profils.
Option 1 : collaborer tout seul : 1 groupe
Comme nous l’avons détaillé dans notre précédent billet Bibliothèque de groupe : quelques pistes pour collaborer efficacement, les groupes constituent l’équipement de base d’un travail collaboratif avec Zotero. Ils peuvent également être utilisés avec profit pour collaborer avec soi-même. Il suffit pour ce faire d’être le seul membre de son groupe, et de veiller à créer un groupe privé, en réservant la visibilité de la bibliothèque à ses seuls membres.
Précisons que le recours au groupe n’impose pas la synchronisation des bibliothèques : s’il faut bien se créer un compte en ligne et opérer au moins une synchronisation pour voir apparaître la bibliothèque de groupe en local, la synchronisation peut être par la suite désactivée, pour tout ou partie de ses bibliothèques.

Paramétrage de la synchronisation dans les Préférences : compte Zotero à associer et choix des bibliothèques
Démarrer avec les groupes est très simple et rapide et requiert un paramétrage limité. Qu’en est-il des implications fonctionnelles?
Impacts fonctionnels
Transfert de documents d’une bibliothèque à l’autre : aisé – un glisser-déplacer copie le document d’une bibliothèque à l’autre.
Synchronisation de la bibliothèque : aisée en utilisant son compte Zotero existant – voir copie d’écran supra.
Emplacement des données : répertoire de données Zotero
existant.
Les deux points suivants découlent du précédent, mais il nous semble important de les détailler pour mettre en évidence l’impact de chaque option sur vos outils de travail Zotero locaux (paramétrages, styles et modules complémentaires).
Préférences (y compris styles bibliographiques) : conservées.
Modules complémentaires : conservés.
Quand collaborer tout seul ? Cette option nous semble recommandable lorsque l’on souhaite :
- transférer rapidement et facilement des documents d’une bibliothèque à l’autre,
- et/ou synchroniser avec un seul compte l’ensemble de ses bibliothèques,
- et/ou conserver un seul environnement de travail Zotero (préférences, styles, modules complémentaires),
- et/ou accéder à toutes ses bibliothèques en même temps.
Ainsi que nous allons le voir, l’option 2 repose sur la création de profils Zotero distincts. Ouvrir plusieurs profils Zotero en même temps reste possible. Cela peut toutefois être source de confusion, aussi l’option 2 vous contraint-elle à fermer et rouvrir Zotero pour passer d’une bibliothèque à l’autre.
Option 2 : séparer ses activités : 2 profils
La procédure pour créer un profil Zotero fait l’objet de l’ article Comment utiliser plusieurs profils Zotero? dans la base de connaissance de Zotero.
Nous allons ici étoffer la brève description des étapes postée sur Twitter et examiner ses conséquences.
Étape 1 : fermer Zotero
Étape 2 : ouvrir le gestionnaire de profils
Pour les utilisateurs de Windows, la manipulation la plus directe consiste à appuyer sur la combinaison de touches +
r
, puis à saisir dans la boîte de dialogue qui s’affiche :
C:\Program Files\Zotero\zotero.exe -P
en remplaçant C:\Program Files\Zotero
par le chemin complet vers l’emplacement d’installation de Zotero
.

Pour adapter cet exemple, remplacez “C:\Program Files (x86)\Zotero\” par le chemin complet vers l’emplacement d’installation de Zotero sur votre ordinateur.
Pour les utilisateurs de Mac et Linux, lancer Zotero en ligne de commande en utilisant les mêmes étapes que pour le débogage et en remplaçant -ZoteroDebug
par -P
aboutit au même résultat. En bref, voici les commandes à utiliser :
- GNU/Linux (dans le Terminal):
zotero —ProfileManager
- MacOS X (dans le Terminal):
/Applications/Zotero.app/Contents/MacOS/zotero -ProfileManager
Avant de cliquer sur Create Profile...
pour continuer, vous pouvez d’ores et déjà choisir si et quel profil utiliser par défaut au lancement de Zotero , grâce à la case Use the selected profile without asking at startup
.
Si vous laissez cette case décochée, le gestionnaire de profils s’affichera à chaque fois que vous lancerez Zotero et vous devrez choisir à chaque fois le profil à utiliser.
Si au contraire vous cochez cette case, vous devrez lancer le gestionnaire de profil pour ouvrir un profil autre que celui que vous avez défini comme profil par défaut.
Étape 3 : créer un nouveau profil
L’assistant de création de profil affiche successivement les écrans suivants, le troisième nous ramenant à l’écran d’accueil du gestionnaire de profil.
Étape 4 : associer à ce profil un répertoire de données Zotero
Lorsque vous ouvrez votre nouveau profil pour la première fois, deux cas de figure peuvent se présenter, en fonction de l’emplacement du répertoire de données de votre profil initial.
- Si vous utilisez le répertoire de donnés par défaut, i. e. le répertoire
Zotero
créé automatiquement à la racine de votre répertoire d’utilisateur, vous retrouvez le contenu de votre bibliothèque initiale. - Si vous utilisez un emplacement personnalisé pour votre bibliothèque initiale, vous voyez s’afficher une nouvelle bibliothèque vide.
Ces deux cas de figure ont la même origine : par défaut, Zotero utilise pour votre nouveau profil le répertoire de données par défaut, i. e. le répertoire Zotero
créé automatiquement à la racine de votre répertoire d’utilisateur.

Choix de l’emplacement du répertoire de données dans les Préférences > Avancées > Fichiers et dossiers
Il faut donc créer un répertoire qui sera défini comme répertoire de données pour votre nouveau profil Zotero. Pour associer cet emplacement à votre nouveau profil, il vous suffit de le Choisir...
comme emplacement Personnalisé
.
Si nous avons détaillé comment créer deux profils, nous n’avons encore rien dit des implications fonctionnelles de cette option, qui revient à créer deux bibliothèques Zotero parfaitement étanches, et même deux environnements de travail Zotero indépendants.
Impacts fonctionnels
Reprenons les items définis précédemment pour explorer comment travailler avec deux bibliothèques imperméables.
Transfert de documents d’une bibliothèque à l’autre : indirect, par export/import des documents.
Synchronisation de la bibliothèque : il faudra vous créer un nouveau compte en ligne, car à deux profils locaux doivent correspondre deux profils en ligne.
Emplacement des données : répertoire de données Zotero
distinct de votre répertoire existant.
Préférences (y compris styles bibliographiques) : à paramétrer et installer (pour les styles bibliographiques).
Modules complémentaires : à installer et paramétrer.
Quand privilégier cette seconde option? Elle nous paraît recommandable dans les cas suivants ; les conditions ne sont pas exclusives l’une de l’autre.
- Les contenus des deux bibliothèques se recoupent peu : copier des documents d’une bibliothèque à l’autre reste très marginal, et vous pouvez vous accommoder pour ce faire de la procédure indirecte d’export/import.
- Les outils Zotero sont différents : les modules complémentaires et/ou styles bibliographiques utilisés ne sont majoritairement pas les mêmes d’une bibliothèque à l’autre.
- Vous faites un usage nomade distinct des bibliothèques.
Dans l’exemple que nous avons pris, la bibliothèque Zotero
se caractérise par :
- une volumétrie importante (999 documents assortis de notes et de fichiers joints),
- un très petit nombre de styles bibliographiques installés,
- un nombre plus conséquent de modules complémentaires dûment paramétrés,
- un usage uniquement local de la bibliothèque principale et le recours à la synchronisation pour quelques bibliothèques de groupe.
La bibliothèque zotero_csl
présente quant à elle des caractéristiques bien différentes :
- une volumétrie limitée à une 50aine de documents non annotés et sans pièce jointe,
- un grand nombre de styles bibliographiques installés,
- l’installation d’un seul module complémentaire,
- un usage nomade sur support que facilite sa faible volumétrie (la copie du répertoire
zotero_csl
sur une clé USB de qualité moyenne prend quelques secondes), sans aucun recours à la synchronisation.
Au total, Zotero vous permet donc de collaborer tout seul ou avec des collègues, autant que de séparer vos activités et définir des environnements de travail Zotero bien distincts.
Vous êtes vous aussi multi-actifs avec Zotero? Partagez votre méthode d’organisation en commentaire!
OpenEdition vous propose de citer ce billet de la manière suivante :
Frédérique Flamerie (9 mai 2018). Travailler avec plusieurs bibliothèques Zotero. Le blog Zotero francophone. Consulté le 15 mars 2025 à l’adresse https://doi.org/10.58079/vdwm
Très intéressant même si cela semble destiné à des utilisateurs avancés.
La question que je me pose est que ci je crée un second profil puis-je cumuler 300MB supplémentaire
pour la synchronisation des pdf ?
Merci pour votre commentaire.
L’utilisation de plusieurs bibliothèques intéressera plutôt les utilisateurs qui sont déjà à l’aise avec Zotero, mais cette fonctionnalité n’est pas *destinée* aux utilisateurs avancés.
Pour ce qui est des 300Mo de stockage en ligne, comme il s’agit de 2 profils différents, ils sont prévus pour être rattaché à 2 comptes différents. Du coup, oui, chaque profil/compte à 300Mo pour synchroniser les pièces jointes.
Bonjour,
J’ajoute à la réponse de Raphaël qu’augmenter son espace de stockage en créant plusieurs comptes en ligne ne me paraît pas recommandable. Outre le fait que cela détourne de son usage le profil personnel, cela peut être source de confusion car impose de jongler entre 2 profils pour un même projet/contexte de travail. C’est par ailleurs une option transitoire : que faire lorsque vous souhaiterez disposer de plus d’1 Mo? Trouver une solution plus pérenne et d’un fonctionnement plus simple en recourant à l’offre payante de stockage de Zotero ou à un serveur tiers me paraîtrait préférable.
Bien à vous,
Frédérique Flamerie
Le seul problème avec Zotero c’est que les 300Mo en gratuit son assez limité. Si je me tourne vers Mendeley c’est deux giga avec le plan gratuit !!
Mendeley est en revanche beaucoup plus restrictif que Zotero s’agissant des groupes, puisque la version gratuite de Mendeley permet de créer seulement 1 groupe (voir : https://guides.library.pdx.edu/c.php?g=474937&p=3249935), alors que Zotero autorise la création d’un nombre illimité de groupes. Mendeley semble aussi être moins directement compatible avec des serveurs de stockage tiers que Zotero (voir : https://www.library.wisc.edu/services/citation-managers/mendeley/). Enfin, voici quelques raisons pour lesquels un utilisateur de Mendeley lui a préféré Zotero : https://github.com/rdiaz02/Adios_Mendeley#why-move-away-from-mendeley.
Bien à vous,
Frédérique Flamerie
Avoir 2Go au lieu de 300Mo, ce n’est que repousser le problème de quelques mois. Au final, il faudra payer pour plus de stockage. Et les prix pratiqués par Mendeley/Elsevier sont bien plus élevés que ceux de Zotero.
Mais là, où Zotero surpasse à nouveau Mendeley, c’est que vous pouvez synchroniser vos PDFs avec un service tiers qui prend en charge le protocole WebDAV, et réduire considérablement le volume stocké sur les serveurs de Zotero. Tout cela gratuitement. Voici une liste de plateformes possibles: https://www.zotero.org/support/kb/webdav_services.
Vous pouvez aussi demander à l’équipe IT de votre université s’il n’y a pas une solution hébergée en interne. En Suisse, les membres de la communauté universitaire ont accès à un service de stockage offrant 50Go gratuitement à chacun! C’est d’ailleurs la solution que nous préconisons.
J’utilise Zotero Portable (Je suis d’ailleurs à l’origine de la version présente ici : https://github.com/pedrom34/ZoteroPortable). Et j’utilise deux profils Zotero : un pour mon travail courant, l’autre pour mes archives. Malheureusement, avec la version portable, je suis obligé d’utiliser deux installations distinctes de Zotero, car je ne peux pas utiliser le gestionnaire de profils. Mais cela ne me pose pas de soucis.
L’export-import de références mentionné dans votre article, j’ai testé et j’ai renoncé : il y a trop de pertes au niveau de certains champs qui sont supprimés ou de pièces jointes qui sont corrompues dans l’opération.
Du coup, j’utilise un compte Zotero pour mon profil courant, et le webdav de Box.com pour mon profil d’archives. Pour basculer des références de l’un à l’autre, j’utilise une bibliothèque de groupe dans laquelle ne sont présents que mon compte courant et mon compte d’archives.
C’est adamsmith sur le forum officiel qui m’a suggéré de faire comme ainsi.
Intérieurement je rage quand même un peu de faire faire le tour de la planète à mes fichiers pour quelque chose qui – in fine – reste sur mon ordinateur, mais bon, comme expliqué plus haut l’export-import de références est un fiasco.
Merci pour votre commentaire et pour ces précisions!
Bonjour,
Merci beaucoup pour ce billet qui m’est très utile : historiens, j’avais jusqu’alors deux comptes zotero distincts, un lié à standalone pour une bibliothèque d’archives et un lié à l’extension firefox pour mes références bibliographiques. Je souhaiterais donc continuer de séparer mes activités avec deux profils distincts sur standalone.
Mon problème c’est que je bute dès la première étape : windows ne m’ouvre pas le gestionnaire de profils Zotero (chemin d’accès inconnu me précise fenêtre d’erreur) alors que mon chemin d’accès vers l’emplacement d’installation de Zotero est reconnu et correct.
D’avance merci pour tout conseil qui me permettrait de créer de second profil me permettant de rapatrier ma bibliographie dans standalone.
Bonjour,
Avez-vous installé Zotero à un emplacement personnalisé sur votre ordinateur ? Cela expliquerait le message d’erreur.
Si ce n’est pas le cas, pouvez-vous nous fournir l’emplacement et le message d’erreur ?
Raphaël
Bonjour,
J’ai rencontré le même problème. Impossible d’ouvrir le gestionnaire de profil sur mon PC avec les éléments donnée. dans son tuto. Après une heure de tentatives de formulation de la commande j’ai tenté cela “zotero.exe -p” sans aucune référence à l’emplacement ou à mon nom d’utilisateur et miracle j’ai ouvert le gestionnaire de profils ! Ouf.
Bonjour,
Travaillant sur plusieurs sujets totalement différents, j’utilise 5 profils différents (en interne, pas de stockage en ligne), je voudrais savoir s’il y a un moyen d’afficher le nom du profil dans le bandeau de la fenêtre ou ailleurs. Merci pour cet article.
Bonjour,
Merci pour votre message. Il ne me semble pas que cela soit possible, ce n’est pas mentionné dans la documentation : https://www.zotero.org/support/kb/multiple_profiles. Une option serait de personnaliser le thème de chaque profil, mais cela est déconseillé compte tenu des évolutions à venir : https://forums.zotero.org/discussion/73764/creating-themes-for-zotero-editing-userchrome-css.
Bien à vous,
Frédérique
Bonjour,
Votre question m’a particulièrement intéressé et j’ai donc fait des tests avec des modules qui permettent (ou permettaient) de faire cela dans Firefox.
Malheureusement, j’en suis arrivé à la même conclusion que Frédérique: même avec des méthodes non recommandées, il n’y a pas de moyen simple pour faire cela.
Bien à vous,
Raphaël
Bonjour,
Merci pour cet article, qui m’a convaincu de créer une nouvelle bibliothèque de groupe, pour y travailler toute seule, mais afin de dissocier des activités.
En revanche, j’ai un problème : ma bibliothèque de groupe une fois créée, je n’arrive pas à joindre de lien vers des fichiers comme je le fais classiquement, pour une référence donnée. La fonction “Joindre lien vers un fichier” reste continuellement grisée, je n’y ai pas accès… Savez vous pourquoi ? Est-ce que impossible de joindre des liens avec les bibliothèques de groupe ?
Merci d’avance pour vos aides !
Céline
Bonjour Céline,
Merci pour votre commentaire. La fonction “Joindre un lien vers un fichier” n’est en effet pas disponible pour les groupes. Vous pouvez en revanche joindre des copies enregistrées des fichiers. Vous trouverez des informations détaillées concernant la gestion des fichiers joints dans la documentation Zotero : https://www.zotero.org/support/fr/attaching_files ; nous abordons également ce sujet dans notre billet “ZotFile : un outil pour gérer vos PDF” – https://zotero.hypotheses.org/2838.
Bien à vous,
Frédérique
Bonjour,
Merci beaucoup pour votre réponse rapide. Ok, c’est noté, dommage car je préfère travailler avec des liens plutôt que des copies, pour ne pas démultiplier les fichiers (pour alléger le stockage et éviter les risques d’erreurs en cas de modification, sur un fichier mais pas son doublon, etc.). La bibliothèque de groupe n’est peut-être pas ce qui me convient finalement…
Bonne continuation
Bonjour,
Merci pour votre réponse. Une autre possibilité serait de gérer vos fichiers non pas en-dehors de Zotero (comme des fichiers liés) mais dans Zotero (comme des fichiers joints), mais il s’agit là d’un grand changement de mode de travail. La nouvelle fonctionnalité “Convertir les fichiers liés en fichiers joints” décrite dans notre bulletin de veille – https://zotero.hypotheses.org/2939#section1_fonctionnalites – rend ce changement à portée d’un clic.
Bien à vous,
Frédérique
Bonjour,
J’aurais aimé savoir comment m’assurer qu’un ex-membre, que j’aurais donc supprimé d’une bibliothèque de groupe, n’ait plus accès aux différents liens/documents auxquels il avait accès avant que je le supprime du groupe.
Sauriez-vous m’aider à ce sujet, s’il vous plaît, car je ne trouve rien sur le site zotero, ni sur les nombreux blogs et tutos, à ce sujet ?
Merci d’avance.
Bonjour,
Après que vous ayez supprimé ce membre du groupe, lors de la synchronisation de son client Zotero, une notification lui a signalé qu’il n’était plus plus membre du groupe; il a du alors répondre positivement ou négativement au fait de conserver ou non la bibliothèque de votre groupe parmi ses bibliothèques (une forme d’archive, donc). S’il a répondu “oui”, il pourra conserver les références et fichiers auxquelles il avait déjà accès. Je ne pense pas qu’il y ai de moyen pour l’admin d’un groupe d’empêcher à postériori l’accès à ces ressources téléchargées en local malheureusement.
Bonjour,
Merci pour votre commentaire. Voici ce que j’observe lorsque je quitte une bibliothèque de groupe dont j’étais membre. Lorsque je synchronise ensuite Zotero, le message suivant s’affiche :
You are no longer a member of XXX group.
Would you like to remove it from this computer or keep it as a read-only library?
J’en déduis que l’ex-membre peut choisir de conserver sur son ordinateur le contenu de la bibliothèque tel qu’il était lorsqu’il a quitté le groupe. Ce contenu n’est en revanche plus synchronisé, c’est-à-dire que l’utilisateur ne reçoit pas les mises à jour de la bibliothèque de groupe et ne peut bien sûr plus modifier cette dernière, si toutefois ses droits lui permettaient de le faire. Si cette réponse ne répond pas à vos interrogations, je vous invite à contacter Zotero via le forum.
Bien à vous,
Frédérique
Bonjour,
Je confirme ce qu’écrit Frédérique.
Lorsque vous retirez une personne d’un groupe Zotero, un message s’affiche dans son logiciel. Elle a alors le choix de:
1. supprimer le groupe => elle n’a alors plus accès au contenu du groupe
2. conserver le groupe => elle aura accès à tout ce qui avait été synchronisé avec son ordinateur jusque-là, mais pas aux mises à jour
Si elle choisit de conserver les données qu’elles avaient synchronisés avant de quitter le groupe, vous ne pouvez pas l’en empêcher.
Bien à vous,
Raphaël