Migration vers Zotero

Migration – auteur: Don McCullough (CC BY-NC) – source: https://www.flickr.com/photos/69214385@N04/9626686898/

Que ce soit un/e collègue ou la lecture du billet Pourquoi Zotero ? qui vous a convaincu de passer à Zotero, encore faut-il migrer les références que vous avez déjà collectées dans le logiciel que vous utilisiez jusqu’à maintenant.

La documentation Zotero comporte des pages détaillées concernant la migration de données d’un autre logiciel de gestion bibliographiques à Zotero. Nous nous proposons aujourd’hui d’illustrer celle consacrée à EndNote, Comment puis-je importer des données depuis EndNote ?
Ce billet est ainsi fondé sur les expériences personnelles des auteurs, chacun de leur côté, dans l’accompagnement d’utilisateurs lors de la migration de leurs bibliothèques d’EndNote vers Zotero. Il sera illustré par 2 cas bien précis que les auteurs ont choisi parce qu’ils permettent de parler du cycle complet.

Sommaire

Introduction

Exemple 1 : bibliothèque de chercheur avec PDF

Au printemps dernier, un chercheur de l’Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne, travaillant dans le domaine biomédical, a souhaité migré toutes ses références vers Zotero. Avec le temps et les différents projets sur lesquels il avait travaillé, il avait accumulé 5 bases EndNote et une base Papers.
Les bases EndNote contenaient beaucoup de références (plus de 3’500 références non dédoublonnées) mais moins de 100 PDFs (appartenant tous à la même base). La base Papers, elle, contenait près de 3’100 références, dont beaucoup avaient un PDF lié (nous y reviendrons en annexe).
Le bibliothèque Zotero finale contenaient, une fois dédoublonnée, près de 4’100 références (avec ou sans PDF).

Exemple 2 : bibliothèque de laboratoire sans PDF

À Bordeaux, il s’est agi de migrer la base bibliographique des publications des membres d’un laboratoire de recherche en médecine, gérée par la responsable administrative de l’unité. Cette base recensait uniquement 3 types de documents : les articles de revue, les communications orales et les posters. Sa volumétrie approchait les 1’000 références, sans fichiers joints.

Les principes communs aux deux exemples

Les étapes en image

Schéma générale de la migration de’EndNote vers Zotero

Ce schéma détaille l’ensemble des étapes possibles à accomplir pour effectuer une migration d’EndNote vers Zotero. À Lausanne comme à Bordeaux, nous ne sommes pas forcément passés par toutes ces étapes : ainsi à Lausanne l’étape 1 de modifications dans EndNote était superflue. Aussi dans la suite de ce billet allons-nous illustrer certaines étapes seulement, celles sur lesquelles nous avons le plus travaillé.

Revenons tout d’abord sur des éléments préalables mais indispensables, le choix du format d’export et l’étape 0 des vérifications.

Pourquoi RIS?

La documentation Zotero recommande d’exporter les données d’EndNote au format XML, nous avons toutefois à Lausanne comme à Bordeaux eu recours à un export RIS.

Pourquoi choisir RIS et non EndNote XML comme format d’export?
RIS présente un grand avantage : la simplicité. Il est ainsi très facile de modifier et reformater les références par de simples rechercher-remplacer dans le fichier texte. Cela se révèle beaucoup plus compliqué, voire impossible, dans un fichier XML, dans lequel il faut respecter la syntaxe et l’imbrication des éléments.

Pour en savoir plus sur RIS et conserver notamment à portée de main la liste des codes de champs, nous vous recommandons la lecture de l’article Wikipedia RIS_(file_format).

Etape 0 : vérifications à faire

Avant de commencer la migration d’EndNote vers Zotero proprement dite, il convient de faire quelques vérifications dans EndNote, et de se poser notamment les questions suivantes.

  1. A-t-on eu recours à des champs personnalisés ?
  2. A-t-on détourné des champs de leur fonction initiale ?
  3. Plusieurs bases EndNote doivent être migrées ?
  4. Si oui, doivent-elles être fusionnées ou non ?
  5. Des PDF sont-ils attachés aux références ?
  6. Si oui, doivent-ils être migrés ou non ?

Si on répond par l’affirmative à au moins l’une des 2 premières questions, il conviendra de prendre en compte et d’évaluer les 3 composantes du processus dès le début.

  • Le point de départ dans la bibliothèque EndNote : quel champ est-il utilisé dans EndNote?
  • Le point d’arrivée dans la bibliothèque Zotero : souhaite-t-on reporter l’information dans le même champ ? souhaite-t-on (ou doit-on dans le cas des champs personnalisés ou propres à EndNote) stocker l’information dans un autre champ (ou une note)?
  • Le moyen de passer du point de départ au point d’arrivée : effectue-t-on les modifications dans la bibliothèque EndNote, en exploitant notamment les outils de modification par lot? ou effectue-t-on les modifications entre l’export et l’import, en modifiant le fichier de transfert?

Dans le cas de Bordeaux, par exemple, les modifications suivantes étaient souhaitées:

  • unifier et harmoniser la saisie des conférences (communications orales et posters),
  • trouver une solution appropriée pour la saisie du facteur d’impact, renseigné dans le champISSN dans la bibliothèque EndNote.

L’exemple 1 en détails : bibliothèque Lausanne

À Lausanne, il n’était pas nécessaire de procéder à des modifications dans EndNote, aussi a-t-on pu passer directement à l’étape 2.

Etape 2 : export d’EndNote

Les 5 bases EndNote ont été exportées en RIS sous forme de fichier texte sans être dédoublonnées. Les PDFs ont été enregistrés à part.

Fenêtre d’export d’EndNote

Notez que pour pouvoir sélectionner “RIS” comme Output Style, il doit être coché dans la liste des Output Styles (Edit > Output Styles > Open Style Manager...).

Gestionnaire d’Output Styles d’EndNote dans lequel RefMan (RIS) doit être sélectionné.

Etape 3: modifications du RIS : mise à jour des liens

Lorsque les PDFs sont liés aux références, il est nécessaire de mettre à jour des champsL1 dans le fichier RIS, avant l’import dans Zotero.

Cette étape a toutefois été contournée, car les PDFs ont été traités à part, comme nous le détaillons ci-dessous. Si vous voulez en savoir plus sur l’opération de modification du champ L1, référez-vous à cet article paru dans le Flash Informatique ou à cette vidéo des bibliothèques de l’Université de Montréal.

Etape 4 : imports RIS et PDF dans Zotero

Si les exports depuis EndNote n’ont pas présenté de difficulté, l’import dans Zotero devrait être une formalité. C’est effectivement ce qui s’est passé. Les fichiers RIS ont été importés sous forme de fichiers txt. Une collection a été créée pour chaque base EndNote. Il s’agit là du comportement par défaut de Zotero, afin que les références nouvellement importées ne soient pas mélangées au reste de la bibliothèque.

Fenêtre d’import dans Zotero

Les PDFs, eux, ont été insérés tels quels dans Zotero. La récupération des métadonnées s’est faite grâce à la fonction prévue à cet effet (clic-droit > Récupérer les métadonnées du PDF). Tout s’est passé sans encombre. Les références ainsi créées ont ensuite été ajoutées à la collection correspondant à la base EndNote à laquelle elles appartenaient avant l’export depuis EndNote.

Etape 5 : nettoyer

Une fois que toutes les références se trouvent dans Zotero, vous pouvez nettoyer votre bibliothèque. Cela signifie notamment fusionner les références en doublon (ce qui arrive fréquemment si vous importez plusieurs bases EndNote) et organiser les références selon le système que vous souhaitez mettre en place pour votre nouvelle bibliothèque (marqueurs, collections, recherches enregistrées).

Il y avait beaucoup de doublons dans les bases de ce chercheur, mais la collection “Doublons” de Zotero a permis de les traiter rapidement.

L’exemple 2 en détails : bibliothèque Bordeaux

À Bordeaux, le contexte était différent, il s’est révélé à la fois plus simple et plus compliqué. Il s’agissait en effet de migrer une bibliothèque peu volumineuse et homogène en termes de types de document, mais en intégrant de nouveaux modes de fonctionnement pour la bibliothèque d’arrivée.

Unifier et harmoniser la saisie des conférences

Le premier type de changement souhaité, affectant la saisie des conférences (communications orales et des posters), revenait finalement à modifier des types de document et à ajouter des champs.

Nous sommes parties du point d’arrivée, i. e. de modèles de saisie dans la bibliothèque Zotero pour les posters et les communications orales. Ces 2 types de communication sans actes doivent être saisis en tant que Présentation, le type Article de colloque étant réservé aux actes publiés, comme cela est détaillé dans la page de la documentation Zotero Les types de documents et les champs associés dans Zotero. On utilise donc le champ Zotero Type (soit M3 en RIS, soit Type of work en EndNote) pour distinguer les 2 types de contribution, et les valeurs “Présentation orale” et “Poster” pour ce faire.

Le point de départ a facilité les opérations, dans la mesure où les posters étaient distingués des présentations orales dans la bibliothèque EndNote. Les posters étaient en effet enregistrés en tant que Conference paper et les présentations orales en tant que Conference proceeding.
Pour les posters, il a donc suffi d’ajouter un champ Type of work avec pour valeur “Poster”.
Pour les présentations orales, il a fallu ajouter un champ Type of work avec pour valeur “Présentation orale” et modifier le type de document de Conference proceeding, réservé aux actes publiés, en Conference paper.

La méthode employée a combiné les outils intégrés à EndNote et le rechercher-remplacer dans le fichier RIS de transfert. Elle se situe donc à la fois à l’étape 1 et à l’étape 3 du schéma général.

Nous allons détailler les différentes opérations suivies.

Etape 0.1 : prendre ses précautions

Commencez tout d’abord par créer une copie de la bibliothèque EndNote, et travaillez sur cette copie, en laissant intacte la bibliothèque source. En cas de problème, vous aurez toujours les fichiers originaux pour recommencer.

Etape 1.1 : modifications dans EndNote : créer dans EndNote les 2 lots à traiter

On a utilisé pour cette étape la fonctionnalité de “Smart group”, équivalente aux recherches enregistrées dans Zotero.
À partir du critère du type de document, on a ainsi créé un lot pour les présentations orales, le smart group “Conference Proceeding”, et un lot pour les posters, le smart group “Conference Paper”.

Etape 1.2 : modifications dans EndNote : ajouter le champType of work

On a utilisé pour ce faire l’un des outils de modification par lot d’EndNote.

  1. On a sélectionné toutes les références du smart group “Conference Proceeding”,
  2. puis on a choisi dans le menu Tools > Change fields > Replace whole field with,
  3. le champ concerné est bien sûrType of work, la valeur de remplacement “Présentation orale”.
Fenêtre de modification de masse d’EndNote

On a procédé de la même façon pour le smart group “Conference Paper”, en choisissant comme valeur de remplacement “Poster”.

Etape 3 : modifications dans le RIS : modifier le type de document

Le point d’arrivée dans Zotero différait des deux points de départ dans EndNote : le type de document d’arrivée était en format RIS SLIDE, tandis que les points de départ étaientCPAPER et CONF.

On aurait pu recourir à l’outil EndNote utilisé pour l’étape 1.2, mais il aurait seulement permis de modifier les CONF en CPAPER, et il aurait encore fallu modifier tous les CPAPER en SLIDE dans le fichier de transfert. Aussi s’est-il révélé plus économique et plus simple d’effectuer directement ce dernier changement sur le fichier de transfert (par conséquent après l’export d’EndNote), au moyen d’un éditeur de texte.

Un rechercher-remplacer TY - CONF > TY - SLIDE et un rechercher-remplacer TY - CPAPER > TY - SLIDE ont permis d’atteindre le point d’arrivée.

Transférer le contenu d’un champ A dans le champ B

Il peut arriver que vous ayez à transférer le contenu d’un champ (par exempleISSN) dans un autre (par exemple Cote).
À Bordeaux, le champISSN avait en effet été détourné de sa destination pour renseigner le facteur d’impact. Ce détournement présentait deux inconvénients:

  1. Le champISSN ne fait pas partie des critères de tri disponibles dans le volet central de la bibliothèque Zotero, or un tri facile par facteur d’impact était une fonctionnalité souhaitée pour la bibliothèque.
  2. L’ISSN est une information bibliographique standard et importante pour identifier les revues. Il fait partie des métadonnées récupérées de PubMed, base de données de référence utilisée par le laboratoire pour constituer sa base bibliographique. Cette utilisation locale et inappropriée du champ ISSN occasionnait donc de plus des efforts supplémentaires, car il fallait supprimer une information pour en saisir une autre.

À Bordeaux, le champ Cote a été identifié comme point d’arrivée le plus pertinent pour le facteur d’impact, car il s’agit d’un champ à la fois local et triable dans la bibliothèque Zotero.

Pour effectuer le transfert du facteur d’impact du champ ISSN au champCote, il est apparu à nouveau plus simple de modifier le fichier de transfert que de recourir aux outils d’EndNote. Un simple rechercher-remplacer dans le fichier RIS a en effet permis d’effectuer le transfert : on a recherché le code de champ SN - et on l’a remplacé par CN -. Cela correspond mutatis mutandis à la méthode recommandée dans la discussion du forum Zotero From Endnote to Zotero.

Nous n’avons pas eu à migrer de références auxquelles des champs personnalisés avaient été ajoutés dans EndNote.
La méthode préconisée dans la documentation Zotero sur la page Comment puis-je importer des données depuis EndNote ? consiste à traiter le contenu des champs personnalisés à l’étape 5 de notre schéma, lors du nettoyage dans Zotero. Dans cet exemple dans la bibliothèque Zotero, il conviendrait ainsi de décider du contenu de la note générée automatiquement lors de l’import du fichier RIS, en reportant son contenu dans un champ approprié, en le supprimant, ou en le conservant sous forme de note.

Si vous souhaitez transférer directement le contenu d’un champ personnalisé dans un champ reconnu par Zotero, une méthode analogue à celle décrite précédemment peut toutefois être appliquée. Cela suppose bien sûr de pouvoir identifier un champ d’arrivée pertinent.
Dans l’exemple suivant, on transfère le contenu du champ personnalisé C4 dans le champCN dans le fichier de transfert, avant l’import dans Zotero.

Fichier RIS contenant le champ C4

Rechercher-remplacer C4 - par CN -

Fichier RIS contenant le champ CN

Etape 5 : nettoyer : organisation de la bibliothèque

Les références n’étaient pas organisées dans des dossiers dans la bibliothèque EndNote, aussi n’a-t-il pas été nécessaire de restituer une organisation existante dans la bibliothèque Zotero.
On a en revanche créé 3 recherches enregistrées pour retrouver facilement et automatiquement les références en fonction de leur type :

  • articles de revue : condition Type de document égal Article de revue
  • posters : conditions Type de document égal Présentation et Type contient poster
  • communications orales : conditions Type de document égal Présentation et Type contient orale

Annexe: migration de Papers vers Zotero

Dans le cas de Lausanne, en plus des 5 bases EndNote, il fallait également migrer une base Papers contenant plus de 3’000 PDFs vers Zotero. Ce travail a été fait après la migration des bases EndNote.

Si les grands principes restent les mêmes, les choix opérés étaient un peu différents. Comme toutes les références étaient liées à un PDF et qu’il y avait même des PDF sans référence, tous les PDFs ont été exportés sans référence. On est donc parti uniquement des PDF, sans exploiter les références.

opération 1: import et récupération des métadonnées

Près des deux tiers des PDFs ont été importés dans Zotero sans problème (import du PDF et création de la référence correspondante), mais environ 1’200 PDFs n’avaient pas de métadonnées (articles scannés ou datant du début du XXe siècle) ou des métadonnées inexploitables (incomplètes, fausses ou les deux). Il y avait même 2 fichiers qui n’étaient en réalité pas des PDFs. Ces derniers ont été supprimés.

opération 2: dédoublonnage

Le dédoublonnage a ici dû être fait à 2 niveaux: les références générées dans Zotero ET les PDFs sans métadonnées.

Le challenge portait surtout sur ces derniers, car il n’était pas question d’ouvrir tous les fichiers. Pour ce faire, le logiciel searchmyfiles a été très utile. En 2 mots, ce logiciel (pour Windows), destiné à rechercher des fichiers sur un ordinateur, possède une fonction de recherche des doublons (Duplicate Search) qui a permis de faire le travail rapidement. Le tiers des PDFs était des doublons.

Sur les 1’800 références créées, le dédoublonnage a également été fait dans la collection “Doublons”. Dans la mesure où la majorité des références étaient uniques, cela a pris peu de temps.

opération 3: récupération des métadonnées des PDFs

Cette opération était de loin la plus longue. Les références ont été récupérées en copiant et en collant les DOI des articles dans la fonction baguette magique de Zotero. Il y en avait tout de même 800, raison pour laquelle cela a pris beaucoup de temps… 🙁

Dernière opération: fusion

La dernière opération consistait à fusionner les références provenant de Papers et celles provenant d’EndNote, qu’il a évidemment fallu dédoublonner (encore une fois !).
Fun fact: des références avaient été sauvées jusqu’à 11 fois, dans les différentes bases EndNote et Papers !

Voici les astuces que nous pouvons partager avec vous. Si vous rencontrez des situations différentes, partagez-les avec nous dans les commentaires.

Vous retrouverez également les fichiers sources des illustrations sur le compte Github du blog. Nous avons aussi ajouté les références citées dans la bibliothèque de groupe du blog.



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2 réponses

  1. Philippe Lavigne Delville dit :

    Merci pour ce tutoriel très clair. Ma question porte sur les textes en cours de travail, créés avec des réfs Endnote. Comment cela se passe-t-il une fois que l’on a migré sur Zotéro ? est-ce que ça bascule automatiquement ? faut-il réindexer toutes les réf biblio à partir de Zotéro ? conserver les deux logiciels le temps de finir les textes en cours et n’utiliser zotero que pour les nouveaux textes ?
    merci d’avance

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