ZotFile : un outil pour gérer vos PDF

Sun-Kissed Paper Clips – auteur: David (CC BY-NC-ND) – source: https://www.flickr.com/photos/davidrn/150329461/

ZotFile a été évoqué à plusieurs reprises sur le blog, dès 2012 dans le billet Retour sur l’extension ZotFile et de façon plus elliptique en 2016 dans le billet Annoter ses PDF avec Zotero. Nous souhaitons revenir sur ce module aujourd’hui, car il fait partie des modules complémentaires les plus à même de faire de Zotero non seulement votre logiciel de gestion bibliographique préféré, mais plus encore votre assistant de recherche personnel, ou personal research assistant. Il offre non seulement des fonctionnalités essentielles à la gestion des pièces jointes, mais également différentes options de paramétrage de ces fonctionnalités pour s’adapter à vos habitudes de travail et modes de fonctionnement.

Liens indispensables

Sommaire

Aperçu général : ce que fait ZotFile et ce dont nous allons vous parler

ZotFile est un module complémentaire de Zotero développé par l’un de ses utilisateurs, Joscha Legewie.

Fidèles à notre habitude de rendre compte de nos usages réels des outils, nous n’évoquerons dans ce billet qu’une partie des fonctionnalités de ZotFile. Nous faisons appel à vos retours d’expérience en commentaire pour étoffer les quelques suggestions de lecture que nous proposons concernant la synchronisation avec une tablette et l’extraction des annotations des PDF.

Voici donc les principales caractéristiques de ZotFile.

  • ZotFile facilite la gestion des fichiers joints grâce aux fonctionnalités suivantes :
    • renommage automatique et intelligent des fichiers,
    • attachement du fichier le plus récemment modifié dans un répertoire déterminé,
    • enregistrement des fichiers dans un répertoire déterminé, en dehors du répertoire Zotero\storage.
  • Il synchronise les fichiers PDF avec un iPad ou une tablettehors périmètre du billet. Vous trouverez dans le billet PhD notetaking workflow – PDF to Zotero to Zotfile to Dropbox to GoodNotes to Zotero to Scrivener un exemple de méthode détaillé, allant jusqu’à convertir les annotations manuscrites 1.
  • Il extrait les annotations et le texte surligné des PDF et les restitue dans des notes Zotero – hors périmètre du billet. Nous vous recommandons la lecture du billet How to Create, Extract, and Manage PDF Annotations and Highlights pour un exemple détaillé et illustré de cette fonctionnalité 2.

Les instructions d’installation de ZotFile sont précisées sur le site de ZotFile > How to install & set up ZotFile. Vous trouverez des indications pas-à-pas avec des copies d’écran au début de l’article The Best Reference Manager Setup 3.

Soulignons trois points avant de détailler les fonctionnalités qui nous intéressent aujourd’hui.

Tout d’abord, les fonctionnalités de déplacement des fichiers se révèlent utiles que l’on enregistre les fichiers joints dans Zotero ou en dehors de Zotero ; à vrai dire elles sont même indispensables dans ce second cas.

Ensuite, les fonctionnalités de renommage et de déplacement des fichiers de ZotFile sont relativement indépendantes, puisque:

  • vous pouvez déplacer ET renommer,
  • vous pouvez renommer SANS déplacer.

Déplacer SANS renommer n’est en revanche pas possible, cela fait partie des bugs identifiés, voir la question 318 sur le GitHub de ZotFile.

Enfin, ZotFile peut être utilisé non seulement pour vos fichiers joints futurs, mais également pour tous les fichiers joints déjà présents dans votre bibliothèque Zotero. Pour déplacer et/ou renommer un ensemble de fichiers joints déjà enregistrés dans Zotero, il suffit de lancer un traitement par lot : sélectionnez l’ensemble des documents de votre bibliothèque, puis clic-droit > Gérer les pièces jointes > Renommer les pièces jointes. Cette commande renommera et/ou déplacera les fichiers, en fonction des paramétrages de ZotFile que vous aurez effectués.

ZotFile pour renommer les fichiers joints

Règles de renommage

Les préférences de ZotFile sont accessibles depuis le menu Outils de Zotero, dans un menu de préférences spécifique à ZotFile. Tous les paramètres sont définis depuis l’onglet Règles de renommage. Dans la copie d’écran ci-dessous, nous avons surligné quelques points importants. Nous détaillerons ensuite le vocabulaire et la syntaxe applicables pour le format de renommage.

  • Décochez Utiliser Zotero pour renommer : si vous ne décochez pas cette case, vos fichiers continueront à être renommés par Zotero et non par ZotFile.
  • Remplacer les blancs : combiné à l’option Enlever les caractères spéciaux (diacritiques) dans le nom de fichier des Paramètres avancés, ce paramétrage assurera la validité de vos noms de fichier et des liens pointant vers ces fichiers.
  • Dans la même perspective, il est prudent de limiter tant la Longueur maximale du titre que le Nombre maximum d’auteurs.
copie d'écran : règles de renommage dans les préférences de ZotFile
L’onglet “Règles de renommage” permet de paramétrer précisément le schéma de renommage à appliquer

Vocabulaire

L’ensemble des variables suivantes peut être utilisé pour construire les noms de fichier. ZotFile construit les noms de fichier en concaténant le contenu des champs Zotero.

Vous trouverez ci-dessous un récapitulatif des principaux jokers utilisables et des variables correspondantes, tels qu’ils sont détaillés dans la rubrique “Renaming rules” du site de ZotFile et sur le dépôt GitHub de ZotFile. ZotFile permet également aux utilisateurs les plus avancés de créer et paramétrer des jokers personnalisés.

Joker Variable
%a nom de l’auteur – le nombre d’auteurs à prendre en compte est paramétrable dans les préférences de Zotfile, voir copie d’écran ci-dessus – par exemple “Einstein” pour Albert Einstein

%I

initiales de l’auteur – par exemple “AE” pour Albert Einstein
%F nom de l’auteur et première lettre de son prénom – par exemple “EinsteinA” pour Albert Einstein
%A première lettre du nom de l’auteur – par exemple “E” pour Albert Einstein
%d nom de l’éditeur scientifique (en anglais editor, à distinguer de l’éditeur commercial, publisher) – le nombre d’éditeurs à prendre en compte est paramétrable de la même façon que pour le joker %a – par exemple “Einstein” pour Albert Einstein
%D initiales de l’éditeur scientifique – par exemple “AE” pour Albert Einstein
%L nom de l’éditeur scientifique et première lettre de son prénom – par exemple “EinsteinA” pour Albert Einstein

%l

première lettre du nom de l’éditeur scientifique – par exemple “E” pour Albert Einstein
%y année – extraite du champ Date
%t titre – la longueur maximale est paramétrable
%h titre abrégé
%T type de document – la langue dépend de la langue de Zotero – par exemple “Article de revue”
%j titre de la publication (revue pour les articles, livre pour les chapitres, etc.)
%p nom de l’éditeur commercial
%w par défaut : nom de l’éditeur commercial – toutefois ce champ est personnalisé pour un grand nombre de types de document; ainsi, pour les articles, la variable utilisée est la revue, pour les thèses c’est l’université de soutenance, pour les rapports il s’agit de l’institution, etc.
%s titre de la revue abrégé
%v volume
%e numéro
%f pagination
%x contenu du champ Extra
%c collection de Zotero – ne peut être utilisé pour renommer les fichiers, mais uniquement pour les déplacer, voir infra. Si un document est classé dans plusieurs collections, vous devrez choisir celle à utiliser pour le classement du fichier.
%n numéro de brevet – uniquement pour les brevets
%i détenteurs – uniquement pour les brevets

Syntaxe

Les éléments à inclure dans le nom de fichier peuvent être combinés selon deux modalités, et être exclusifs et/ou optionnels.

{…} définit un groupe optionnel : ainsi {-%y} inclut le délimiteur, le - sera affiché seulement si le champ Date n’est pas vide.

| définit un groupe exclusif : ainsi %s|%j affichera %s (le titre de la revue abrégé), et en l’absence de titre abrégé %j (le titre de la revue complet).

Exemples

Pour la référence bibliographique suivante :

Abbott, Andrew, and Alexandra Hrycak (1990): Measuring Resemblance in Sequence Data: An Optimal Matching Analysis of Musicians’ Careers. American Journal of Sociology 96:144-185.

  • {%a}{-%y}{-%j (%s)} = Abbott-1990-American Journal of Sociology (AJS)

si %j ou %s est vide = Abbott-1990

  • {%a-}{%y-}{%s|%j} = Abbott-1990-AJS

si %s est vide = Abbott-1990-American Journal of Sociology

Réglages complémentaires

Outre la suppression des diacritiques des noms de fichier, des réglages complémentaires sont accessibles depuis l’onglet des Paramètres avancés.

  • Les types de fichier à traiter peuvent être spécifiés grâce au champ Ne traiter que les types de fichier suivants ; on peut par exemple souhaiter renommer uniquement les fichiers de type PDF mais non les fichiers annexes liés aux documents (tels que des figures au format .jpg ou .png, pour lesquelles on conserve le nom de fichier original).
  • Le menu déroulant Renommer automatiquement les pièces jointes permet de définir le degré d’automaticité du renommage. L’option Demander seulmt si le doc. à d’autres PJ, par exemple, ménage un renommage systématique si le fichier joint est unique et la possibilité d’éviter des confusions en choisissant de renommer ou non des fichiers joints supplémentaires. On peut par exemple souhaiter renommer systématiquement le fichier PDF de texte intégral des documents, mais non des fichiers supplémentaires au fichier principal, indépendamment de leur format.
copies d'écran : préférences de ZotFile : paramètres avancés
Paramètres complémentaires de renommage dans les préférences de ZotFile

ZotFile pour déplacer les fichiers joints

Comme nous l’avons souligné en introduction, ZotFile vous sera utile que vous gériez vos fichiers joints dans Zotero (usage 1 décrit ci-dessous) ou en dehors de Zotero (usages 1 et 2).

Usage 1 : gestion des PDF dans Zotero : faciliter l’attachement des fichiers téléchargés

Comme cela est détaillé dans la page “Ajouter des fichiers à votre bibliothèque Zotero” de la documentation Zotero, Zotero enregistre par défaut les fichiers joints dans son répertoire de données Zotero, dans un sous-répertoire storage. À l’intérieur de ce sous-répertoire storage, un nouveau répertoire au nom aléatoire est créé pour chaque pièce jointe.

copie d'écran du navigateur Windows affichant le dossier Zotero > storage
Le répertoire “Zotero > storage” et les sous-répertoires créés pour chacun des fichiers joints

Puisque les fichiers restent dans Zotero, pourquoi vouloir les déplacer avec ZotFile? Le déplacement effectué par ZotFile s’effectue dans ce contexte en amont de l’enregistrement dans Zotero. Si de nombreux sites permettent l’enregistrement automatique des PDF associés aux documents Zotero, cette fonctionnalité est parfois indisponible et vous devez alors enregistrer prélablement le fichier sur votre ordinateur pour ensuite le joindre manuellement au document Zotero.

ZotFile vient simplifier ce processus en plusieurs étapes, car il vous permet d’ajouter facilement au document en cours de sélection dans votre bibliothèque Zotero le dernier fichier enregistré dans un dossier source déterminé.

Pour choisir le dossier source pour joindre de nouveaux fichiers, rendez-vous dans l’onglet Paramètres généraux des préférences de ZotFile.

copie d'écran : définir le dossier source dans les préférences de ZotFile
Le dossier source à partir duquel ZotFile joindra les fichiers aux documents Zotero est défini dans l’onglet “Paramètres généraux” des préférences de ZotFile.

Il suffit ensuite de faire un clic droit sur le document concerné et de choisir Add Attachment from Source Folder. ZotFile va alors joindre le dernier fichier de votre dossier source au document, en le déplaçant et/ou en le renommant selon vos autres préférences.

copie d'écran : attacher un fichier enregistré dans le dossier source de ZotFile
Le clic-droit sur un document dans la bibliothèque Zotero affiche l’option “Add Attachment from Source Folder”

Usage 2 : gestion des PDF hors Zotero : enregistrer les PDF à un emplacement déterminé

Si ZotFile facilite la gestion des PDF enregistrés dans Zotero, il se révèle tout simplement indispensable si vous souhaitez stocker vos fichiers joints en dehors du sous-répertoire Zotero/storage.

Il est recommandé de bien réfléchir à l’organisation que l’on souhaite mettre en place et aux paramétrages afférents à effectuer, car il n’est pas possible de revenir en arrière. Une fois que l’on a déplacé les fichiers joints hors du répertoire storage, on ne peut pas inverser la procédure pour les faire revenir chacun dans son répertoire dédié à cet emplacement.

Enregistrer ses fichiers hors du répertoire de données Zotero peut répondre principalement à deux usages:

  • accéder aux fichiers indépendamment de Zotero,
  • recourir à un service de synchronisation de fichier de type Dropbox pour synchroniser les fichiers joints. Pour des détails complets concernant la synchronisation, consultez la page “Synchronisation” de la documentation Zotero.

Outre la limite de non-réversibilité précédemment évoquée, cette option implique les limites suivantes.

  • Le contenu des pièces jointes n’est pas indexé par Zotero et n’est donc pas interrogeable par le biais de la recherche Zotero.
  • La suppression d’un fichier joint n’est pas effectuée en même temps que la suppression du document Zotero auquel ce fichier est lié, et constitue une étape manuelle supplémentaire.
  • Si vous synchronisez les fichiers joints entre plusieurs appareils, un minimum de rigueur est requis dans le paramétrage et la gestion des chemins relatifs pour que les liens entre les documents Zotero et leurs fichiers joints demeurent valides sur tous vos appareils, ainsi que nous allons le détailler.

Configuration dans ZotFile – obligatoire

Il convient tout d’abord de déterminer dans les préférences de ZotFile le répertoire dans lequel vos fichiers seront automatiquement enregistrés et renommés par ZotFile. Ce paramétrage s’effectue dans les Paramètres généraux > Emplacement des fichiers des préférences de ZotFile.

copie d'écran : préférences de ZotFile : définir l'emplacement des fichiers
Paramétrage de l’emplacement personnalisé dans lequel ZotFile enregistrera vos fichiers joints
En vrac ou en dossiers?

Ainsi que vous pouvez le constater sur la copie d’écran ci-dessus, vous pouvez même définir des sous-répertoires, créés et alimentés automatiquement par ZotFile.

Le vocabulaire applicable pour définir les sous-répertoires est le même que celui utilisé pour le renommage, à l’exception du joker %c, qui ne peut être utilisé que pour ces sous-répertoires et non pour renommer les fichiers.

Les configurations détaillées par des utilisateurs dans deux articles mettent à profit cette possibilité en créant des sous-répertoires par nom d’auteur dans un cas (joker %a) et par première lettre du nom d’auteur dans l’autre (joker %A4.

Rappelons que ZotFile utilise les informations présentes dans vos documents Zotero pour créer et alimenter ces sous-répertoires. Si on considère l’exemple des noms d’auteur, il faut prendre en compte les conséquences suivantes. En cas de graphies alternatives pour un même nom, il créera autant de répertoires que de graphies ; il utilisera le nom du premier auteur pour décider dans quel répertoire enregistrer les fichiers ; enfin, en l’absence d’auteur il enregistrera le fichier directement dans le répertoire spécifié comme Dossier personnalisé.

Aussi convient-il de mesurer le gain appporté par ce classement en sous-répertoires au regard des contraintes et des limites qu’il peut impliquer. Si vous utilisez Zotero pour organiser et naviguer dans votre biblio en exploitant toutes ses possibilités d’organisation 5, est-il vraiment nécessaire de mettre en place un système sophistiqué de sous-répertoires? À partir du moment où le répertoire dans lequel vous enregistrez vos fichiers est utilisé uniquement à des fins de stockage et de navigation minimale, un système plus simple et plus robuste peut être préférable et suffisant.

Configuration dans Zotero – facultatif, à effectuer uniquement en cas de synchronisation des fichiers joints

Si vous combinez l’utilisation de ZotFile à la synchronisation de vos fichiers joints, un paramétrage complémentaire doit être effectué dans Zotero.

Ce choix impose en effet de veiller à assurer la validité des liens entre les documents Zotero et les fichiers joints sur tous les appareils synchronisés. Pour ce faire, vous devez :

  • garder le même chemin sur tous les ordinateurs,
  • ou utiliser des chemins relatifs gérés par Zotero.

Les chemins relatifs sont paramétrables dans les Préférences de Zotero, en définissant un répertoire de base pour les pièces jointes liées.

Dans l’exemple suivant, le répertoire de base est C:\PDF.

copie d'écran : configuration des chemins relatifs dans les préférences de Zotero
Configuration des chemins relatifs dans les préférences de Zotero

Le Répertoire de base doit être le même que le Dossier personnalisé défini dans Zotfile.

copie d'écran : configuration des chemins relatifs dans les préférences de ZotFile et Zotero
Configuration des chemins relatifs dans les préférences de Zotero et ZotFile

Si votre configuration de ZotFile implique la création de sous-répertoires, veillez à utiliser la même arborescence sur tous les ordinateurs que vous souhaitez synchroniser : la structure des répertoires à l’intérieur du répertoire de base doit être la même sur tous les ordinateurs.

Exemples de configuration des chemins relatifs

Ordinateur 1
C:\PDF\2015

Ordinateur 2
D:\bureau\PDF\2015

Configuration correcte 🙂
L’arborescence  à l’intérieur du dossier de base est la même

Ordinateur 1
C:\PDF\2015

Ordinateur 2
C:\PDF\articles

Configuration incorrecte 🙁
L’arborescence à l’intérieur du dossier de base est différente

La page “Ajouter des fichiers à votre bibliothèque Zotero” de la documentation Zotero rappelle les paramétrages à effectuer et vous en trouverez un exemple dans le billet de S. Karcher publié à l’occasion de la mise à disposition de cette fonctionnalité dans la version 4 de Zotero 6.

En somme, ZotFile est une extension à la fois très puissante et très simple. Parmi les rédacteurs du blog, nous sommes loin d’en utiliser toutes les fonctionnalités. Néanmoins, sa capacité à renommer finement les fichiers, ou même juste à ajouter rapidement le dernier PDF téléchargé (comme se contentent de le faire certains parmi nous), suffit à en justifier l’installation.

Utilisez-vous les fonctionnalités d’extraction des annotations et de synchronisation des PDF avec une tablette, évoquées brièvement dans ce billet ?
Tous vos autres retours concernant ZotFile sont bien sûr également bienvenus !

Retrouvez des suppléments à ce billet dans Notre bibliothèque de groupe Zotero > marqueur zfrancophone_zotfile

  1. GREENHILL, Kathryn. PhD notetaking workflow – PDF to Zotero to Zotfile to Dropbox to GoodNotes to Zotero to Scrivener. Blogjune 2019/7. Dans : Librarians Matter [en ligne]. 7 juin 2019. [Consulté le 27 juin 2019]. Disponible à l’adresse : http://www.librariansmatter.com/blog/2019/06/07/phd-notetaking-workflow-pdf-to-zotero-to-zotfile-to-dropbox-to-goodnotes-to-zotero-to-scrivener-blogjune-2019-2/ []
  2. SACHS, Helmut. How to Create, Extract, and Manage PDF Annotations and Highlights. Dans : RememberEverything [en ligne]. 20 avril 2016. [Consulté le 27 juin 2019]. Disponible à l’adresse : https://remembereverything.org/manage-pdf-highlights-annotations/ []
  3. CHIGNELL, Stephen. The Best Reference Manager Setup. Dans : EcoPress [en ligne]. 2018. [Consulté le 27 juin 2019]. Disponible à l’adresse : https://www.nrel.colostate.edu/set-up-best-reference-manager/ []
  4. IKASHNITSKY. Zotero hacks: unlimited synced storage and its smooth use with rmarkdown. Dans : habr [en ligne]. 15 mars 2019. [Consulté le 27 juin 2019]. Disponible à l’adresse : https://habr.com/en/post/443798/ et CROSS, Cameron. PDF management using Zotero. Dans : Iranian Studies [en ligne]. 15 décembre 2017. [Consulté le 27 juin 2019]. Disponible à l’adresse : https://sites.lsa.umich.edu/kchalipa/?p=182 []
  5. voir notre précédent billet “Comment organiser sa bibliothèque?” []
  6. KARCHER, Sebastian. What’s New in Zotero 4.0 – Part 2. Dans : The Zoteroist [en ligne]. 11 avril 2013. [Consulté le 3 juillet 2019]. Disponible à l’adresse : https://zoteromusings.wordpress.com/2013/04/11/whats-new-in-zotero-4-0-part-2/ []

Frédérique Flamerie

Des études de philosophie m'ont menée à la Bibliothèque nationale de France en 2004, puis aux bibliothèques de l'UPMC en 2007. Je rejoins la Direction de la documentation de l'Université de Bordeaux en septembre 2017.

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8 réponses

  1. Julien Rabaud dit :

    Bonjour,

    Merci beaucoup Frédérique pour cette synthèse détaillée où l’on ré-apprend encore 🙂

    Pour étendre le sujet au stockage des bibliothèques de groupe, auriez-vous des pistes pour la gestion des pièces-jointes de groupe (par exemple pour les membres d’un labo qui souhaiteraient partager une biblio de travail avec pdfs) – pour l’instant je leur propose [l’abonnement labo](https://www.zotero.org/storage/institutions), mais j’espérais pouvoir proposer plus local avec le nextcloud (webdav) de l’université…

    • Raphaël Grolimund dit :

      Bonjour Julien,

      La décentralisation du stockage via le protocole WebDAV ne concerne que les PDF liés à la bibliothèque personnelle.
      Le stockage des PDF des bibliothèques de groupe se fait sur les serveurs de Zotero. La solution d’un abonnement de labo est donc la meilleure à l’heure actuelle.

      Bien à vous,
      Raphaël

      • Julien Rabaud dit :

        Merci, ils ont l’air partant et c’est tant mieux 🙂
        Cependant, le billet m’avait donné espoir du côté des liens relatifs… tant pis/tant mieux

        en complément, ils souhaitent être notifiés par mail pour les nouveaux ajouts dans la bibliothèque de groupe :
        – recette ifttt rss2mail vers une liste de diffusion [biblio-labo] pour les membres du labo 😉 (et donc possibilité de ne recevoir qu’un mail par jour si 30 ajouts dans le groupe)
        (il semble qu’on ne puisse plus s’abonner à des flux rss dans le dernier osXmail sous mac…)

        • Raphaël Grolimund dit :

          La solution IFTTT rss2mail me semble tout à fait viable.
          Concernant les flux RSS, je n’utilise plus Apple Mail depuis trop longtemps pour vous contredire, mais cela pourrait être une raison de passer à Thunderbird… 😛

  2. Julie dit :

    Bonjour Frédérique,
    Ai-je raison de penser que dans la phrase “l’option Remplacer les caractères spéciaux (diacritiques) dans le nom de fichier des Paramètres avancés”, le verbe Remplacer est une coquille, et qu’on ne peut en réalité qu’enlever ces signes diacritiques ? Ou alors il y a une autre option que je n’ai pas vue ?
    Et si je comprends bien la fin de l’article, si l’on veut installer Zotero sur un nouvel ordinateur, pour peut qu’on copie-colle les fichiers sur l’ordinateur en question de façon à recréer le même chemin d’accès que sur l’ancien ordinateur (même dossier et sous-dossier), cela fonctionnera ?
    Merci d’avance !

    • Bonjour Julie,
      Merci pour votre lecture attentive, j’ai corrigé la coquille.
      S’agissant de votre 2ème question, les chemins relatifs me semblent surtout utiles pour synchroniser plusieurs appareils, c’est-à-dire pour un usage simultané de localisations différentes. Si vous souhaitez modifier les chemins vers les fichiers sur un seul ordinateur à la suite du transfert de votre bibliothèque d’un ordinateur à un autre, le recours à Zutilo peut être une option plus pertinente. Zutilo vous permet en effet de “Modifier les chemins vers les pièces jointes” pour tous vos documents, et de mettre ainsi à jour les liens dans vos documents existants avec le nouveau répertoire de base défini dans votre nouvelle installation.
      Bien à vous,
      Frédérique

  1. 27 septembre 2019

    […] du nombre de publications) Enfin, moins de 5% de tous les auteurs ont saisi leur numéro ORCID. ZotFile : un outil pour gérer vos PDF. ZotFile a été évoqué à plusieurs reprises sur le blog, dès 2012 dans le billet Retour sur […]

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