Bulletin de veille Zotero n°2

Eiffel Tower – auteur : Steve D-S (CC BY-NC-ND) – source : https://www.flickr.com/photos/swsmithphotography/8196253933/

Avec cette deuxième édition de notre bulletin de veille, nous vous proposons une sélection de ce qui a retenu notre attention au cours du premier semestre 2020. Que vous soyez amateur de nouvelles fonctionnalités, friand de services variés, à la recherche de trucs et astuces pour optimiser votre bibliothèque ou encore curieux de découvrir des usages inédits de Zotero, vous devriez trouver de quoi vous contenter!

Sommaire

Fonctionnalités, modules et interface

Utiliser des champs Zotero et non seulement des variables CSL dans le champ Extra

Vous connaissez déjà probablement la possibilité de renseigner dans le champ Extra d’un document Zotero une information bibliographique supplémentaire non prévue pour le type de document utilisé. C’est ainsi par exemple que vous pouvez renseigner le DOI pour un rapport, un livre, ou tout autre document pour lequel le DOI ne fait pas partie des champs disponibles par défaut.

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Le DOI est saisi dans le champ « Extra », selon le format : « variable CSL: valeur ».

Pour le DOI, l’intitulé du champ dans Zotero correspond dans toutes les langues au nom de la variable CSL. L’utilisation du champ Extra imposait toutefois jusqu’en mars dernier d’utiliser le nom de la variable CSL. Ainsi, pour ajouter par exemple une date de publication à un podcast il convenait de saisir cette date sous la forme suivante : issued: 2012-03-28.

La version 5.0.85 du 24 mars dernier de Zotero vient simplifier cette fonctionnalité en autorisant l’usage de l’intitulé de champ Zotero au lieu du nom de la variable CSL. Pour reprendre l’exemple précédent, une date peut désormais être ajoutée à un podcast sous la forme suivante : date: 2012-03-28.

Dans la mesure où il faut utiliser les intitulés de champ en anglais, cette simplification est plus marquée pour les utilisateurs anglophones de Zotero. Signalons toutefois que vous pouvez établir rapidement la correspondance entre les intitulés de champs Zotero en français et en anglais grâce à la page Les types de documents et les champs associés dans Zotero de la base de connaissance Zotero. Afficher simultanément les versions en français et en anglais de cette page vous permettra de trouver rapidement la traduction en français d’un intitulé de champ. Vous trouverez également dans cette page, dans la rubrique Types de documents et champs supplémentaires, une documentation détaillée concernant l’usage du champ Extra pour étendre les types de document et/ou les champs citables dans Zotero.

Zotero fait attention à vos données…

Parmi les améliorations apportées par la version 5.0.86, sortie le 9 mai dernier, il nous paraît particulièrement intéressant de relever que vous serez désormais notifié si la configuration de votre répertoire de données risque de poser problème (Dropbox, Google Drive, OneDrive), car invalide ou dangereuse.

Pour rappel, si vous ne vous souvenez plus comment retrouver vos données Zotero sur votre ordinateur, consultez la documentation Zotero : Le répertoire de données Zotero. Par ailleurs, si vous vous interrogez sur le stockage des PDF dans Zotero, nous avions publié, en supplément au billet consacré à ZotFile, un schéma qui pourra vous aider à vous décider : « Etre ou ne pas être dans Zotero : quel choix pour vos PDF et autres fichiers joints? »

Extension PubPeer : voir quels documents de sa bibliothèque sont commentés en Open Peer Reviewing

PubPeer a annoncé fin novembre sur Twitter la mise à disposition d’une extension Zotero. Une fois installée, elle vous permet de voir quels sont les articles de votre bibliothèque qui ont été commentés sur PubPeer. Une colonne PubPeer est ajoutée au panneau central et un onglet du panneau de droite fait le lien vers les commentaires sur PubPeer.

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Voici à quoi ressemble l’interface de Zotero lorsque l’extension PubPeer est installée.

Import de bibliographie : le retour d’anystyle.io

Bonne nouvelle: la « maintenance pour une durée indéterminée » du service en ligne anystyle.io, que nous vous annoncions dans notre bulletin de veille de décembre 2019, aura duré très peu de temps. Le service est à nouveau en ligne. Pour rappel, anystyle.io apporte une aide précieuse à l’import dans Zotero des références bibliographiques figurant par exemple dans un document de traitement de texte.

Cerise sur le gâteau : en plus du code source de l’outil (moins facile à utiliser) qui était déjà disponible, le code de l’application web anystyle.io a lui aussi été publié, à l’occasion de sa remise en service. Grâce à cette publication, les utilisateurs sont désormais moins dépendants des créateurs. Si nécessaire, ils pourront reprendre le flambeau.

Pour plus d’informations, consultez la documentation Zotero concernant l’import de bibliographies intégrées dans des fichiers Word, PDF, etc..

Import de bibliographie : la découverte de Citation Finder

Un autre outil permet de récupérer les références à partir d’un document Word, LibreOffice ou PDF : Citation Finder. La différence avec anystyle.io est que Citation Finder recherche les documents en ligne et permet de sélectionner des références bibliographiques complètes.

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Légende : Exemples de références reçues dans un fichier PDF.
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Résultat obtenu après un copier-coller des références issues du PDF dans Citation Finder.

Le fichier RIS résultant de l’exemple ci-dessus est disponible sur Github.

Citation Finder fonctionnera ainsi très bien pour des documents indexés en ligne (site de l’éditeur et/ou base de données en libre accès), tandis que anystyle.io permettra de traiter toute bibliographie, même si elle comporte des références de documents non indexés.

Si vous avez une très grande bibliographie dans Word à importer dans Zotero, la combinaison des deux outils sera sans doute la meilleure solution: Citation Finder pour traiter d’abord tout ce qui est disponible en ligne, puis anystyle.io le reste.

Visualiser dans sa bibliothèque Zotero les documents cités dans un fichier Word

La fonctionnalité première du service en ligne Reference extractor est, comme son nom l’indique, d’extraire des références bibliographiques d’un document rédigé. Son usage est plus limité que Citation Finder ou anystyle.io cités précédemment, dans la mesure où l’extraction peut être réalisée seulement :

  • à partir d’un fichier Word au format .docx,
  • dans lequel les références ont été insérées avec Zotero ou Mendeley,
  • et dans lequel les citations sont toujours actives et n’ont pas été converties en texte.

Ce n’est pas tant cette fonctionnalité d’extraction que celle de sélection qui a retenu notre attention.

Vous souhaitez regrouper toutes les références citées dans un de vos manuscrits sous un même marqueur ou une même collection? À partir du fichier Word téléchargé dans l’interface en ligne, Reference Extractor va sélectionner les documents correspondants dans votre bibliothèque Zotero. Il ne vous reste plus alors qu’à les faire glisser sur une collection ou leur appliquer un marqueur.

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Une fois le fichier Word téléchargé, cliquer sur « Select in Zotero » active le processus de sélection des documents dans sa bibliothèque locale Zotero.

Soulignons que la rubrique Results présente d’autres options, telles que la reconnaissance du style CSL utilisé dans le document source et le choix du format de sortie (CSL Json, BibTex, RIS ou des citations mises en forme selon la norme APA).

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Après un écran intermédiaire, la fenêtre de l’application Zotero vient au premier plan. Les références des documents et la bibliothèque à laquelle ils appartiennent sont automatiquement sélectionnés.

Trucs et astuces

Saisir une plage de dates

Vous vous êtes peut-être heurté à l’impossibilité de générer avec Zotero une référence bibliographique sur le modèle suivant, avec une date de début et une date de fin de publication.

Dictionnaire historique de la Suisse, Hauterive : Attinger, 2002-2014, 13 vol.

Si CSL accepte des plages de date, ce n’est en effet pas le cas de Zotero. Si vous saisissez une plage de dates dans le champ Date, Zotero prendra en compte uniquement la première date et affichera seulement cette date dans les citations.

Renseigner la date dans le champ Extra permet de pallier cette limite. La date sera alors correctement interprétée comme une plage de dates et restituée comme telle dans vos citations.

Il convient de saisir la plage de dates dans le champ Extra sous une des deux formes suivantes.

  • Option 1 : Utiliser la variable CSL correspondant à la date de publication, c’est-à-dire issued, soit : issued: 2001-12-15/2001-12-31.
  • Option 2 : Ouverte depuis Zotero 5.0.85 (voir ci-dessus), utiliser l’intitulé de champ Zotero correspondant à la date de publication, c’est-à-dire date, soit : date: 2001-12-15/2001-12-31.
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Les dates précises d’une conférence peuvent être restituées dans des citations si elles sont saisies dans le champ « Extra ». Les saisir également (ou saisir seulement l’année) dans le champ « Date » permet de maintenir un affichage immédiat de la date dans votre bibliothèque Zotero, pour effectuer des tris dans le panneau central par exemple.

Il est à noter que l’affichage des deux dates de la plage dans vos citations dépend bien sûr également de la mise en forme prévue par le style bibliographique que vous utilisez. Dans l’exemple du poster présenté à une conférence ci-dessus, on considère une plage de dates correspondant à 4 jours, c’est-à-dire du 9 au 13 octobre 2016. Si le style bibliographique que vous utilisez réduit l’affichage de la date à l’année de publication pour les documents de type « Présentation », vous verrez seulement apparaître « 2016 » dans votre citation. Dans cet exemple, le style bibliographique doit prévoir la prise en compte de tous les éléments de la date (jour, mois, année) pour que la plage de dates soit restituée comme telle.

Cette astuce est présentée dans la sous-rubrique « Dates » de la page Les types de documents et les champs associés dans Zotero > Citer des champs à partir du champ Extra de la base de connaissance Zotero.

Mauvaise gestion de l’italique par Word

Le cas de figure présenté dans cette astuce est relativement rare, mais il est déroutant lorsqu’on y est confronté.

Il se matérialise en effet par un refus obstiné de la part de Word d’appliquer l’italique à certains éléments des références de votre bibliographie (les titres par exemple), alors que le style bibliographique est correctement paramétré pour produire cette mise en forme. Une autre manifestation possible est au contraire l’application de l’italique à l’ensemble de la bibliographie.

Les solutions de contournement à ce dysfonctionnement de Word sont détaillées dans la page Il manque l’italique (ou tout est en italique) dans des bibliographies générées avec Word de la base de connaissance Zotero.

Vous souhaitez expérimenter vous-même ce cas de figure? Les fichiers du TP2 de la formation “Citer des références…” : répondre aux besoins bibliographiques d’une communauté (méthode et outils : l’exemple du style École doctorale Droit de Bordeaux) (Urfist Bordeaux – juin 2019) vous permettront de le reproduire.

Modifier un document avant de fusionner un doublon

La suppression des doublons fait probablement des tâches que vous effectuez périodiquement pour assurer la cohérence et la fiabilité de votre bibliothèque Zotero. La fonctionnalité de détection des doublons de Zotero permet d’identifier les doublons potentiels et de les fusionner rapidement et simplement, y compris en reportant des informations d’un document à l’autre. Il se peut qu’à cette occasion vous constatiez d’autres erreurs ou anomalies et que vous souhaitiez les modifier en même temps. Dans l’affichage « Doublons », Zotero effectue toutefois automatiquement une sélection multiple de tous les documents identifiés comme potentiels doublons lorsque vous cliquez sur un document, sans vous donnez l’occasion de modifier quoi que ce soit.

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La sélection multiple effectuée automatiquement par Zotero dans l’affichage « Doublons » lorsque l’on clique sur un document empêche de modifier un document individuellement.

Ce fonctionnement par défaut peut être modifié de deux façons, grâce aux combinaisons de touches décrites ci-dessous.

  • Pour sélectionner un seul document dans la vue “Doublons”, maintenez la touche Alt (Windows/Linux) ou Option (Mac) enfoncée tout en cliquant sur le document que vous souhaitez sélectionner.
  • Pour désélectionner un document d’un ensemble de doublons, maintenez la touche Ctrl (Windows/Linux) ou Cmd (Mac) enfoncée tout en cliquant sur le ou les documents que vous souhaitez désélectionner.

Dans les deux cas, un seul document est sélectionné, et vous pouvez alors le modifier.

Cette astuce est présentée dans la page Détection des doublons de la documentation Zotero.

Rechercher des documents sans date

Nous avons déjà eu l’occasion d’évoquer l’utilisation de la recherche avancée de Zotero pour assurer la maintenance de sa bibliothèque dans le billet Un été avec Zotero. Dans la documentation Zotero, la rubrique Rechercher > Recherche avancée présente de façon détaillée les différentes options de recherche. Elle ne mentionne toutefois pas comment paramétrer une recherche pour repérer les documents pour lesquels la date de publication n’est pas renseignée, omission qu’il importe de corriger car la date de publication fait partie des éléments de base d’une référence bibliographique.

La combinaison de recherches à effectuer pour cela est indiquée au fil de la discussion « Save a search: no date » sur le forum Zotero.

  1. Créez une recherche avancée avec les critères suivants :
    Date — est dans les derniers — 1000 — années
  2. Enregistrez-la sous le nom « 1000 ans »
  3. Créez une nouvelle recherche avancée, avec les critères suivants :
    Collection (de Zotero) — différent — 1000 ans
  4. Cochez la case « Ne montrer que les documents de niveau supérieur » pour éviter que la recherche n’affiche toutes les notes et tous les fichiers joints, qui n’ont pas de date (ou de champ équivalent à la date de publication).
  5. Enregistrez cette nouvelle recherche sous le nom « sans date » ou tout autre intitulé significatif pour vous.
  6. Si vous avez des documents antérieurs à 1020 dans votre bibliothèque, modifiez la valeur de la première recherche enregistrée, et portez-la à 2000 ans par exemple. Notez que la valeur maximale autorisée est 6732.

Lectures

Nous vous proposons en premier lieu une sélection spéciale « annotations », avec des lectures décrivant des méthodes et des outils différents, provenant de champs disciplinaires variés. Ajoutez une dose de CSL, et vous obtenez des lectures très recommandables!

Nous vous suggérons ensuite deux lectures plus directement pratiques, pour vous aider à installer Zotero si vous avez un ChromeBook, ou à effectuer un ménage de printemps dans votre bibliothèque.

La bibliographie annotée

Type de lecture : billet de blog

PERRET, Arthur, 2020. La bibliographie annotée. In : Arthur Perret [en ligne]. 18 janvier 2020. Disponible à l’adresse : https://arthurperret.fr/2020/01/18/bibliographie-annotee/.

Dans ce billet, Arthur Perret partage des réflexions et des outils pour la production de bibliographies annotées.

Les aspects pratiques et l’usage de Zotero ont plus particulièrement retenu notre attention. Deux méthodes sont présentées.

La première méthode repose sur l’utilisation d’une fonction simple intégrée à Zotero, les rapports (voir dans la documentation Zotero : les rapports), éventuellement associée à des modules complémentaires. Il s’agit ainsi d’une solution quasiment prête à l’emploi, ne requérant aucun paramétrage technique complémentaire.

La deuxième méthode repose quant à elle sur les possibilités ouvertes par le langage CSL dans lequel sont encodés les styles bibliographiques utilisés par Zotero, en combinaison avec Markdown et Pandoc. Arthur Perret présente de façon très détaillée comment procéder si vous utilisez ces outils, qui incluent le détour par un fichier BibTex pour produire les citations et la bibliographie.

Nous ajoutons ici quelques précisions si souhaitez exploiter cette possibilité en utilisant des styles CSL déjà existants et paramétrés pour ce faire, pour un usage direct à partir de votre bibliothèque Zotero, avec les fonctionnalités intégrées à Zotero telles que « Créer une bibliographie à partir du/des documents… ».

Le langage CSL distingue note et annotation, auxquelles il associe deux variables distinctes.

  • La variable note est destinée à recevoir des notes ou short inline note giving additional item details (e.g. a concise summary or commentary) comme indiqué dans la spécification CSL, annexe 4. Le champ correspondant dans Zotero est le champ Extra. Il n’est donc pas nécessaire de préciser le nom de la variable, le contenu de la note peut être saisi directement dans le champ Extra .
  • La variable annote est quant à elle prévue pour les annotations, ou reader’s notes about the item content comme indiqué dans la spécification CSL, annexe 4. Il n’existe pas de champ standard équivalent dans Zotero, aussi faut-il recourir au champ Extra en utilisant le nom de la variable CSL, soit : annote: texte de l'annotation.

Les styles Zotero existants paramétrés pour produire une bibliographie annotée utilisent la variable CSL note. Ils comportent la mention annotated dans leur intitulé. Vous pourrez ainsi en afficher la liste, limitée à 2 entrées à ce jour, à l’adresse suivante : https://www.zotero.org/styles?q=annotated. Signalons à cet égard une nouveauté pour les utilisateurs du style APA (American Psychological Association). Début 2020, le style APA par défaut a été mis à jour pour être conforme à la septième édition de la norme. Cette mise à jour a notamment impliqué le déport de l’utilisation du champ Résumé au champ Extra pour produire les annotations avec le style APA annotated bibliography.

Revenons après ces précisions au billet qui a occasionné ces détours. Vous y trouverez de l’inspiration tant sur le fond (bibliographie partagée, annotations avec CSL, Markdown et Pandoc) que sur la forme (la présentation du billet est superbe!). En bref, voici un billet de blog à lire absolument !

Phenotero : annoter en écrivant

Type de lecture : article de revue

HOMBACH, Daniela, SCHWARZ, Jana M., KNIERIM, Ellen, SCHUELKE, Markus, SEELOW, Dominik et KÖHLER, Sebastian, 2019. Phenotero: Annotate as you write. In : Clinical Genetics. 2019. Vol. 95, n° 2, p. 287‑292. DOI 10.1111/cge.13471.

Le preprint de cet article est disponible sur BiorXiv : https://doi.org/10.1101/324053

Le projet Phenotero est un autre exemple d’usage des fonctionnalités de bibliothèque collaborative de Zotero et des possibilités étendues du langage CSL. Il nous semble illustrer lui aussi les possibilités d’enrichissement ouvertes par Zotero, au-delà de la stricte rédaction bibliographique.

Phenotero est structuré autour de deux composantes principales :

  • des bibliothèques de groupe Zotero dans lesquelles chaque classe d’ontologie est décrite en tant qu’article d’encyclopédie,
  • des styles CSL prévoyant une mise en forme différente des informations en fonction des contextes (rapport clinique concernant un patient vs. manuscrit d’un article scientifique par exemple).

D’un point de vue général, cette approche présente un double intérêt. Le premier, et non des moindres, est sa simplicité pour l’utilisateur, car tout est intégré dans ses outils de rédaction habituels, Zotero et un logiciel de traitement de texte. L’exploitation informatique des données, ensuite, se voit facilitée et fiabilisée.
Cette approche présente d’autre part des bénéfices spécifiques aux champs disciplinaires concernés, la génétique et la médecine. Ces bénéfices spécifiques sont de trois ordres :

  • les descriptions sont plus fiables et ne laissent pas de place à l’incertitude ;
  • la séparation entre les données personnelles des patients et les informations de phénotypes est facilitée ;
  • enfin, le patient concerné par un rapport peut bénéficier d’une meilleure information, comme le détaillent les auteurs dans le passage suivant de l’article.

A recent study has presented that patients appreciate very much a proper description of their medical condition at eye level. Having links to ontologies such as HPO or MONDO helps the patient to find textual definitions, lay person descriptions, and further information about the mentioned phenotypes and diseases.

Une bibliothèque de notes dans Zotero

Type de lecture : discussion sur le forum Zotero

Explanatory Notes and Subsequent Uses

Pour conclure ces lectures concernant les notes et annotations, citons enfin le projet décrit sur le forum Zotero de gestion d’une bibliothèques de notes dans Zotero. Le type de document « Brevet » sert de support à la saisie du texte de notes souvent répétées en note de bas de page. Une adaptation du style bibliographique CSL permet ensuite la mise en forme et l’affichage de ces notes.

Ranger Zotero, un chantier idéal pour chercheur confiné !

Type de lecture : billet de blog

DANIEL, Johanna, 2020. Ranger Zotero, un chantier idéal pour chercheur confiné ! (1). In : Isidore & Ganesh [en ligne]. 17 avril 2020. Disponible à l’adresse : https://ig.hypotheses.org/2180

Johanna Daniel, doctorante en Histoire de l’art à l’Université Lyon 2 (Ed 483, LARHRA) a profité du confinement pour ranger et nettoyer sa bibliothèque Zotero. Elle expose et organise sa démarche dans un billet de blog, en l’illustrant de nombreux exemples. Des éléments très complémentaires à ceux évoqués sur le même thème sur le blog Zotero francophone, organisés comme suit :
1. Faire l’état des lieux de ce qui ne va pas.
2. Reconfigurer Zotero pour éviter de se trouver à nouveau « envahie » de choses inutiles.
Vous y trouverez notamment comment supprimer l’ensemble des marqueurs importés automatiquement.
3. Nettoyer « mécaniquement » et en série.
Un module de modification de masse manquant encore à Zotero, c’est une démarche souvent laborieuse, décortiquée ici de façon à vous faire gagner un temps précieux.

Zotero et ChromeBook

Type de lecture : billet de blog

ARÈNES, Cécile, 2020. Installer Zotero sur un chromebook, et le chromebook en général. In : Liber, libri, m. : livre [en ligne]. 20 avril 2020. Disponible à l’adresse : https://www.cecilearen.es/2020/04/installer-zotero-sur-un-chromebook-et-le-chromebook-en-general/

Ce rapide retour d’expérience d’installation de Zotero sur un Chromebook (ordinateur équipé de ChromeOS de Google : « En fait, un Chromebook basique, c’est un peu un téléphone avec une coque d’ordinateur. » Vous êtes prévenus…;-)) est éclairant, notamment pour les formateurs à Zotero et les équipes de services support informatique de premier niveau, plus habitués aux problèmes techniques dans les environnement Mac ou Windows.

À la lecture de ce deuxième numéro du bulletin de veille, vous aurez sans doute découvert de nouvelles choses, tout comme cela a été le cas pour nous lors de sa préparation. Cela dit, vous avez probablement aussi vu passer d’autres informations ou projets ces derniers mois. Partagez-les avec nous dans les commentaires !

Comme pour les autres billets, vous retrouverez toutes les ressources citées dans ce bulletin de veille dans notre bibliothèque de groupe Zotero, dans la collection 2020-06_bulletin-veille-02, marqueur zfrancophone-bulletin-veille.
Les fichiers supplémentaires à ce billet sont disponibles dans notre dépôt GitHub zfrancophone/zfrancophone-blog.


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2 réponses

  1. Emmanuel V. dit :

    Merci beaucoup pour ce billet très instructif et très intéressant, et qui plus est fort bien rédigé. La copie d’écran dans la section «Trucs et astuces – Saisir une plage de dates » laisse voir en haut de la fenêtre un champ « clé de citation » que je ne connais pas. Pourriez-vous m’en dire plus sur ce sujet ?

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