Produire des bibliographies réutilisables avec Zotero

Creative public bookcase located in green park par Erik Mclean : https://www.pexels.com/photo/creative-public-bookcase-located-in-green-park-4582544/

Zotero génère automatiquement des citations et des bibliographies mises en forme conformément à un style bibliographique, et cela répond déjà à un besoin essentiel de la rédaction académique. Vous souhaitez toutefois peut-être aller au-delà, en produisant des bibliographies facilement réutilisables par vous-même ou par d’autres.

Les contextes dans lesquels on produit et diffuse une bibliographie sont nombreux et variés, de la bibliographie de cours à la liste récapitulative des références citées dans un écrit académique. Nous souhaitons vous montrer dans ce billet que, quel que soit ce contexte, le temps et les outils techniques dont vous disposez, il suffit d’un petit pas pour rendre votre bibliographie bien plus réutilisable.

En bref, il s’agit de diffuser une bibliographie tout aussi aisément que sous la forme traditionnelle d’une liste rédigée, mais de manière à favoriser sa réutilisation. Nous vous proposons d’explorer différentes options, déclinables et combinables en fonction de votre contexte de travail et de vos besoins.

Sommaire

Les trois degrés de la bibliographie réutilisable

De nombreux contextes se prêtent à la diffusion de bibliographies, qu’il s’agisse d’un contexte orienté vers la recherche ou l’enseignement. Dans le premier cas, on pense bien sûr en premier lieu à la liste récapitulative des références citées dans un écrit académique, qu’il s’agisse d’un article, d’un livre, d’une thèse, etc. Dans le cas des activités liées à l’enseignement, on pense à la liste des lectures fournie par un enseignant à ses étudiants ou, à l’inverse, de la liste fournie par les étudiants à leur enseignant dans le devoir qu’ils rendent. Hors du cadre académique, une bibliographie peut par exemple lister les nouvelles acquisitions d’une bibliothèque afin de les valoriser auprès des lecteurs.

Dans tous ces contextes, la bibliographie est très souvent diffusée sous une forme limitant les possibilités de la réutiliser, à savoir celle d’une bibliographie lisible seulement par un être humain. Rédigée dans un traitement de texte selon un style bibliographique déterminé, cette bibliographie est généralement fournie sous la forme d’un texte au format PDF pour l’impression, au format html sur une page web ou autre.

Quel que soit le format sous lequel cette liste textuelle est fournie, les possibilités de réutilisation demeurent limitées par la difficulté à importer automatiquement les références dans un logiciel de gestion bibliographique. Anystyle.io, dont nous avons mentionné le retour l’été dernier, ou Citation Finder, mentionné dans le même billet, sont des pistes intéressantes, mais ils ne pourront pas réaliser le 100% du travail.

Dans ce billet, nous entendons en effet réutilisable au sens de la réutilisation logicielle, c’est-à-dire de la réutilisation dans un logiciel, tel quel ou avec de légères modifications, d’un élément produit dans un autre logiciel.

Nous envisageons le caractère réutilisable d’une bibliographie selon une progression, de la bibliographie lisible uniquement par un être humain (degré zéro) à la bibliographie lisible à la fois par un être humain et par un logiciel (degré maximal), en passant par une bibliographie lisible uniquement par un logiciel (degré minimal).

Dans la suite de ce billet, nous laissons de côté le degré zéro pour insister sur les deux autres degrés de réutilisabilité.

Produire un fichier de bibliographie réutilisable par un autre logiciel, ou le degré 1 de la bibliographie réutilisable

Un pas important en faveur d’une réutilisation aisée peut être franchi en exportant une version de la liste bibliographique lisible par un logiciel, et plus spécifiquement par un logiciel de gestion bibliographique. Il s’agit alors de fournir les données bibliographiques sous la forme d’un fichier dans un format pris en charge par ce type de logiciel. L’un des trois formats RIS, BibTeX ou BibLaTeX permet de s’assurer une compatibilité avec tous les logiciels de gestion bibliographique. Si les destinataires de la bibliographie utilisent Zotero, Zotero RDF est un meilleur choix, car cet export est plus riche et plus complet.

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Exemple d’une bibliographie exportée au format .ris – téléchargez ce fichier depuis le dépôt GitHub zfrancophone : https://github.com/zfrancophone/zfrancophone-blog/blob/master/2020-12-bibliogr-reutilisables/2018-11_Markdown_Zotero.ris
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Exemple d’une bibliographie exportée au format .bib – téléchargez ce fichier depuis le dépôt GitHub zfrancophone : https://github.com/zfrancophone/zfrancophone-blog/blob/master/2020-12-bibliogr-reutilisables/2018-11_Markdown_Zotero.bib
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Exemple d’une bibliographie exportée au format Zotero RDF – téléchargez ce fichier depuis le dépôt GitHub zfrancophone : https://github.com/zfrancophone/zfrancophone-blog/blob/master/2020-12-bibliogr-reutilisables/2018-11_Markdown_Zotero.rdf

Les destinataires de la bibliographie peuvent ainsi importer directement le fichier fourni dans leur logiciel et l’incorporer à leur propre base bibliographique.

Cet usage s’adapte à tous les contextes et nous semble d’autant plus pertinent à développer dans les contextes suivants:

  • Ecrit académique pour lequel la constitution de la bibliographie constitue l’un des objets de la publication : on pense alors aux publications de type “revue de littérature” ou “revue systématique” 1.
  • Ecrit académique pour lequel le volume de bibliographie est important : outre les deux types précédemment cités, on pense aux thèses.
  • Rendu d’un travail d’étudiant à un enseignant : ce dernier peut alors comparer quasiment automatiquement les références communes et les divergences lorsque les étudiants travaillent tous sur un même sujet. Dans tous les cas, l’analyse de la typologie des documents, des erreurs ou omissions dans les notices bibliographiques, peut être sinon automatisée du moins facilitée par les fonctionnalités du logiciel de gestion bibliographique.

Comment faire concrètement lorsqu’on utilise Zotero pour produire ces suppléments bibliographiques? Autre question non moins importante : comment les diffuser? Si une bibliographie textuelle est intégré au texte de l’écrit académique, ce n’est pas le cas d’un fichier au format RIS ou BibTeX.

La première étape est le repérage des références citées dans le texte pour lequel on souhaite produire le supplément bibliographique au format .ris ou .bib. Si vous utilisez le format .docx, le service Reference Extractor (voir notre Bulletin de veille n° 2) effectue ce repérage automatiquement.

La deuxième étape consiste à supprimer des références bibliographiques ses enrichissements personnels. Peut-être ajoutez-vous à vos documents Zotero des notes, des fichiers joints et des marqueurs que vous souhaitez exclure de votre export.

Les notes et les fichiers joints peuvent être exclus de l’export dans la boîte de dialogue d’export de Zotero.

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La boîte de dialogue d’export des documents de Zotero vous permet d’exclure les notes et les fichiers, pour exporter seulement les informations bibliographiques.

Si les fichiers joints sont exclus de l’export de cette façon, les liens vers ces fichiers demeurent en revanche présents en tant qu’information bibliographique dans les documents Zotero, de même que les marqueurs.

Les liens vers les fichiers joints comme les marqueurs peuvent toutefois être supprimés très facilement en recourant à des expressions régulières.

Nous partageons avec vous des expressions régulières pour effectuer ces deux suppressions dans des fichiers au format Zotero RDF, RIS et BibTeX. Nous avons effectué ces rechercher-remplacer dans Atom, mais rien ne vous empêche de le faire dans un autre logiciel. Vous pouvez personnaliser et adapter ce fichier, en ajoutant par exemple des instructions pour supprimer les résumés. En dépit du mouvement récent I4OA – The Initiative for Open Abstracts, certains résumés demeurent en effet soumis au droit d’auteur et leur réutilisation à une autorisation préalable.

Télecharger le fichier : Expressions régulières pour nettoyer des fichiers d’export de Zotero

Une fois produit ce supplément bibliographique informatique, comment le diffuser? Dans le cas d’un article de revue scientifique, il pourrait être proposé comme matériel supplémentaire et être ainsi disponible directement avec l’article, sur le site de la revue. Quel que soit le type de publication, il pourrait être associé en tant que fichier annexe au dépôt effectué dans une archive ouverte. Le dépôt en archive ouverte permet même d’envisager la publication du supplément bibliographique pour lui-même en tant que tel, comme l’illustre l’article suivant du site Question/réponse en IST de l’INRAE : Lier une bibliographie en matériel supplémentaire d’un chapitre d’ouvrage. La réponse ne comporte pas de recommandation quant au format sous lequel déposer la bibliographie, mais il serait souhaitable que le format textuel soit doublé d’un format informatique bibliographique, standard et ouvert.

Nous considérons ce degré 1 comme minimal. Comme nous l’avons vu précédemment, ce qui est lisible par l’humain ne l’est pas forcément par le logiciel, alors que l’inverse est vrai. La lisibilité par un logiciel rend possible la production d’un format lisible par l’humain, grâce à l’une des fonctionnalités de ce logiciel.

Produire une bibliographie réutilisable en ligne, ou le degré 2 de la bibliographie réutilisable

Le degré suivant de réutilisabilité est l’occasion d’introduire une nouvelle caractéristique à prendre en compte, celle du caractère statique ou dynamique.

Une bibliographie statique se résume à une liste figée, qui se prête à la seule lecture linéaire. Les possibilités de filtre et d’exploration se limitent alors à la fonction “rechercher” (ctrl + F) du logiciel avec lequel on l’affiche.

On peut envisager le caractère dynamique du point de vue de la consultation et/ou de celui de la production. Du point de vue de la consultation, on considèrera comme dynamique une bibliographie présentée sous la forme d’une liste qui peut être interrogée et/ou filtrée, dans laquelle il est possible de naviguer. Du point de vue de la production, on considèrera comme dynamique une bibliographie dont le contenu est mis à jour.

Il est à noter que le caractère statique n’est pas forcément une limite et peut au contraire correspondre à une nécessité. Pour la bibliographie associée à un article, il est nécessaire de produire une version de la bibliographie fixe correspondant exactement à la liste des références de l’article au moment de sa publication, sans ajout ni retrait.

De fait, la première des options que nous allons maintenant vous présenter produit des bibliographies statiques.

ZoteroBib pour publier une bibliographie statique en ligne

ZoteroBib est un outil en ligne mis en ligne en 2018 par les développeurs de Zotero pour créer rapidement une bibliographie sans créer de compte ni installer de logiciel. C’est un excellent outil pour les étudiants qui font connaissance avec la rédaction d’une bibliographie, car la prise en main est intuitive et leur permet de voir à quoi doit ressembler le rendu final.

Une référence peut être ajoutée en tapant simplement une URL ou un identifiant (ISBN, DOI, etc.). Les métadonnées correspondantes sont importées et la référence est ajouté à la bibliographie. Les données sont stockées dans votre navigateur web. Pour partager ladite bibliographie, il faut générer l’URL à laquelle elle pourra être consultée. D’autres personnes (y compris vous-même) pourront éditer cette bibliographie pour en créer une nouvelle à partir de votre sélection. Il y a toutefois deux limitations à prendre compte.

  1. L’URL ainsi créée n’est pas pérenne; elle est supprimée si aucune modification ou consultation n’a eu lieu au cours de 6 derniers mois.
  2. L’URL n’est valable que pour la version de la bibliographie pour laquelle elle a été générée ; il faut donc générer (et partager) une nouvelle URL chaque fois que vous apportez un changement à la bibliographie.

Cela implique qu’une fois la bibliographie partagée, elle est statique. Une mise à jour est toujours possible (en cliquant sur le lien Create Link), mais ce n’est plus à proprement parler la même bibliographie. De fait, les diverses versions de la bibliographie n’ont pas la même adresse et ne sont pas liées entre elles. Si ZoteroBib ne permet pas la production dynamique d’une bibliographie mise à jour au fil des modifications qui lui sont apportées, il rend toutefois très facile la création d’une nouvelle bibliographie à partir d’une bibliographie existante.

Si vous voulez voir à quoi ça ressemble, vous pouvez retrouver les références liées au billet sur Markdown et Zotero à l’adresse suivante : https://zbib.org/20c3072e924747bdb8995c35c8759506

Si vous lisez ce billet longtemps après sa publication, ce lien ne sera peut-être plus valable, ou il ne vous mènera peut-être pas à la dernière version de la sélection bibliographique associée au billet Markdown et Zotero.

La consultation est, elle aussi, statique. Il n’est pas possible de filtrer les références ou d’en modifier l’affichage. Par ailleurs, si le style bibliographique choisi n’est pas “localisé”, la bibliographie sera affichée dans la langue du navigateur.

Le groupe Zotero pour produire une bibliographie dynamique en ligne

Une fonctionnalité simple et intégrée à Zotero permet aux visiteurs de lire la bibliographie avec leurs yeux et leur logiciel : les groupes Zotero.

Pour en savoir plus concernant le fonctionnement des groupes Zotero, nous vous recommandons la page de la documentation Zotero “Les groupes Zotero”, ainsi que notre précédent billet Bibliothèque de groupe : quelques pistes pour collaborer efficacement

La page web de la bibliothèque de groupe, accessible à une URL du type URL_du_groupe/items (ou URL_du_groupe/library pour la nouvelle interface en version beta), permet à la fois d’exporter les documents dans un format exploitable par un logiciel et de consulter le contenu de la bibliothèque. On peut toutefois reprocher aux références ainsi présentées de ressembler beaucoup à un logiciel (Zotero par exemple :-)) et pas beaucoup à une bibliographie. Les outils présentés dans la suite de ce billet résolvent ce problème.

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La bibliographie “Markdown et Zotero” dans la bibliothèque de groupe zfrancophone : http://zotero.org/groups/2233096/collections/5B2DVPIR

La bibliothèque de groupe peut être alimentée en continu et son contenu ainsi mis à jour au rythme souhaité par ses créateurs. À moins d’un défaut de synchronisation, la page web de la bibliothèque est automatiquement mise à jour pour refléter les dernières modifications. Un flux RSS permet d’être informé des nouveautés ajoutées dans la bibliothèque.
Nous pouvons ainsi enrichir les sélections bibliographiques liées à nos billets après leur parution, au fil des documents que nous repérons (citons par exemple la sélection associée au billet “Markdown et Zotero”). Cela s’appliquerait parfaitement au principe de publication dynamique 2.

Du point de vue de la consultation, on retrouve sur la page web de la bibliothèque les mêmes options de recherche et de navigation que dans une bibliothèque locale, à l’exception des recherches enregistrées.

Rappelons que si certains des services mentionnés plus bas supposent que la bibliothèque de groupe soit publique, il est possible de paramétrer finement le degré de visibilité d’un groupe Zotero. Les droits d’édition et de consultation font l’objet de réglages indépendants.

Si le groupe Zotero s’impose comme l’option évidente dès lors qu’il s’agit de produire collectivement une bibliographie, rappelons également qu’il reste bien sûr possible de “collaborer avec soi-même”. Créer une bibliothèque de groupe dont on est le seul membre permet ainsi de bénéficier de toutes les fonctionnalités d’une bibliothèque de groupe sans travailler avec d’autres personnes.

BibBase pour intégrer votre bibliographie dans un site web

Pour bénéficier de la production et de la consultation dynamiques et avoir un affichage ressemblant à une bibliographie, il faut se tourner vers un outil un peu plus évolué.

BibBase est un outil en ligne développée par Christian Fritz depuis 2005 permettant de générer une bibliographie dynamique à partir d’un fichier BibTeX, d’une bibliothèque Zotero, Mendeley ou BibSonomy, ou encore depuis DBLP, base de données bibliographique spécialisée en informatique. Elle peut ensuite être consultée sur bibbase.org ou intégrée dans une page web. Le visiteur peut télécharger toutes les références au format BibTeX ou être averti des ajouts en s’abonnant au flux RSS directement depuis BibBase.

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Possibilités d’intégration proposée par BibBase

Pour produire une telle bibliographie à partir de Zotero, il vous suffit, dans l’ordre, de:

  1. choisir à partir de quelle source vous voulez créer votre bibliographie sur bibbase.org (choisissons Zotero :-))
  2. vous connecter à votre compte Zotero,
  3. autoriser BibBase à accéder à votre compte Zotero (via l’API de Zotero),
  4. choisir ce que vous voulez partager (bibliothèque, collection).
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BibBase permet de ne partager qu’une collection de sa bibliothèque personnelle ou une bibliothèque de groupe.

Et le tour est joué !

BibBase permet au visiteur de réarranger les références en les triant par année de publication (dans l’ordre antéchronologique), auteur (dans l’ordre alphabétique), type de document, mots-clés (marqueur) et nombre de téléchargement, dont l’utilité est limitée dans la mesure où toutes les références semblent toujours avoir un score de zéro.

Cela dit, prenez bien garde à uniformiser ou vider le champ Type, car BibBase se sert du contenu de ce champ à la place du type de document général (cf. figure ci-dessous). Sont notamment concernés les documents dont le type Zotero général est le suivant : page web, billet de blog, présentation, rapport et thèse. Pour une liste complète des types généraux pour lesquels un type spécifique peut être précisé, référez-vous à la documentation de Zotero où tous les types de documents et champs associés sont décrits.

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BibBase ne se base pas toujours sur le type de document Zotero général, comme le montre l’exemple ci-dessus. Le type MOOC n’existe pas et le document classé sous Blog est aussi un billet. Dans ces deux cas, c’est le champ Type de site Web qui a été utilisé ; il contenait respectivement MOOC et Blog.

Avant d’aller plus loin, il convient d’apporter trois précisions importantes.

  • Le partage d’une bibliothèque de groupe nécessite que celle-ci soit publique.
  • Vous ne pouvez pas partager un sous-ensemble d’une bibliothèque de groupe.
  • Vous pouvez en revanche partager une collection de votre bibliothèque Zotero personnelle.

Cette dernière fonctionnalité n’existant pas dans Zotero, BibBase vous offre l’opportunité de pouvoir partager une partie seulement de votre bibliothèque Zotero personnelle !

À cela s’ajoutent deux limites.

  • Vous ne pouvez pas partager une partie de votre bibliothèque personnelle en vous basant sur les marqueurs.
  • Les notes attachées aux références ne sont pas visibles.

Comme dit précédemment, la bibliographie résultante peut être consultée sur BibBase ou intégrée dans une page web, comme nous l’avons fait ci-dessous avec la bibliothèque de groupe du blog Zotero francophone.

Notez qu’en intégrant la bibliographie dans une page web, vous pourrez aussi en adapter l’apparence pour qu’elle se fonde dans le site (en modifiant la feuille de style CSS).

Note pour tous les utilisateurs de la plateforme Hypothèses

La marche à suivre pour intégrer une bibliographie dans une page web sur Hypothèses est décrite dans un billet de la Maison des carnets 3.

Voici deux exemples d’intégration sur la plateforme Hypothèses:

Kerko pour transformer votre bibliographie en base de données en ligne

Kerko 4 fournit une interface léchée pour naviguer et rechercher dans une bibliothèque Zotero.

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Instance de démo de Kerko disponible à l’adresse https://demo.kerko.whiskyechobravo.com/bibliography/

Tout comme BibBase, Kerko permet une production et une consultation dynamiques, mais il ajoute des fonctionnalités de navigation qui n’existent pas dans BibBase, comme un champ de recherche, le choix de l’ordre du classement et des facettes personnalisées. Il est par exemple possible de rechercher spécifiquement dans un champ de la référence. La barre de recherche par défaut permet de rechercher un auteur ou un mot du titre.

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Barre de recherche par défaut de Kerko

La Bibliographie sur l’histoire de Montréal offre au visiteur en plus la possibilité de rechercher un lieu d’édition, un éditeur, un année de publication (entre autre chose).

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Barre de recherche “augmentée” de la Bibliographie de l’histoire de Montréal

Kerko permet de classer les références par date de publication (de la plus récente à la plus ancienne ou l’inverse), par auteur (dans l’ordre alphabétique ou l’inverse) ou par titre (dans l’ordre alphabétique ou l’inverse).

Le visiteur peut aussi filtrer la bibliographie sur la base des collections présentes dans la bibliothèque Zotero, du type de document et de la date de publication.

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Les facettes Topic, Field of study et Contribution de Kerko sont basées sur les collections du même nom dans Zotero.

Bonus: l’affichage complet d’une référence inclut les notes qui y sont liées !

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Affichage complet d’une référence de la Bibliographie francophone sur l’archivistique

Kerko ne permet par contre pas au visiteur de s’abonner au flux RSS de la bibliothèque Zotero sous-jacente.

Kerko est plus difficile à prendre en main que BibBase, car il nécessite d’avoir un serveur web à disposition et de savoir installer une application écrite en Python. Cela dit, si vous avez un tel serveur sous la main, les documentations de l’application web et de l’intégration de Kerko dans l’application web sont très claires et rendent l’installation assez facile. Nous ne la détaillons donc pas ici.

Ce qu’il faut retenir

Il existe toujours un moyen de rendre sa bibliographie un peu plus facilement réutilisable par les autres (et par soi-même). Nous espérons vous avoir convaincu que, quelles que soient vos pratiques actuelles, il y a un petit pas à faire qui n’est pas très coûteux mais qui peut rendre de grands services à vos pairs. De notre côté, nous aimerions bien que l’idée des références bibliographiques comme matériel supplémentaire fasse son chemin.

Si vous avez des projets et réalisations visant à rendre vos bibliographies réutilisables par les autres, partagez-les avec nous en commentaire ! Nous les diffuserons avec plaisir.

Comme pour les autres billets, vous retrouverez toutes les ressources citées dans ce bulletin de veille dans notre bibliothèque de groupe Zotero, dans la collection 2020-12_bibliogr_reutilisables, marqueur zfrancophone_bibliogr_reutilisables.
Les fichiers supplémentaires à ce billet sont disponibles dans notre dépôt GitHub zfrancophone/zfrancophone-blog.

  1. Les bases bibliographiques complètes au format Excel et Access sont fournies en fichiers suppelémentaires à la revue systématique suivante. Un fichier .bib ou .ris des seules références bibliographiques manque pour l’usage que nous décrivons. VAN DER MEER, Markus, KAY, Sonja, LÜSCHER, Gisela et JEANNERET, Philippe. What evidence exists on the impact of agricultural practices in fruit orchards on biodiversity? A systematic map. Environmental Evidence. décembre 2020. Vol. 9, n° 1, pp. 2. DOI 10.1186/s13750-020-0185-z. []
  2. HELLER, Lambert, THE, Ronald et BARTLING, Sönke. Dynamic Publication Formats and Collaborative Authoring. In : BARTLING, Sönke et FRIESIKE, Sascha (éd.), Opening Science [en ligne]. Springer International Publishing, 2014. pp. 191‑211. [Consulté le 11 janvier 2014]. ISBN 978-3-319-00025-1. Disponible à l’adresse : http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-319-00026-8_13 []
  3. WESELY, Marion. Insérer des médias externes avec les contenus embarqués. La Maison des carnets [en ligne]. 26 juin 2020. [Consulté le 26 novembre 2020]. Disponible à l’adresse : https://maisondescarnets.hypotheses.org/165 []
  4. LESIEUR, David. Comment publier en ligne une bibliographie magnifique, ouverte et interrogeable. David Lesieur [en ligne]. 16 janvier 2020. [Consulté le 20 mai 2020]. Disponible à l’adresse : https://davidlesieur.com/comment-publier-en-ligne-une-bibliographie-magnifique-ouverte-et-interrogeable []

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