Bulletin de veille n° 3

Billet rédigé par ✏️ Alain Marois, ✏️ Frédérique Flamerie, ✏️ Raphaël Grolimund et ✏️ Pascal Martinolli

Looking back – autrice: Susanne Nilsson (CC BY-SA 2.0) – source: https://flickr.com/photos/infomastern/16363394122/

Merci à François Mistral, responsable IdRef-Autorités à l’Agence bibliographique de l’enseignement supérieur, pour sa contribution à ce billet.

C’est un grand coup d’œil dans le rétroviseur que nous vous proposons avec cette troisième édition de notre bulletin de veille, le précédent remontant à une année déjà.

Sommaire

Fonctionnalités, modules et interface

PMCID Fetcher

On doit le module complémentaire PMCID Fetcher à Emiliano Heyns @retorquere, développeur notamment des incontournables Better BibTeX et Zotero Storage Scanner.

PMCID Fetcher répond à un besoin simple et unique, celui de retrouver et d’enregistrer les identifiants PubMed et PubMed Central des articles indexés dans sa bibliothèque, quelle que soit la source d’enregistrement du document dans Zotero (ajout d’un PDF, enregistrement à partir d’un site d’éditeur, etc.). L’identifiant PubMed fait en effet partie des informations requises par certains styles bibliographiques, qu’il s’agisse de soumettre un article à une revue (Journal of Evolution and Health) par exemple ou de soumettre une demande de financement (National Library of Medicine (grant proposals with PMCID/PMID)).

PMCID Fetcher recherche et enregistre le PMID et/ou le PMCID dans le champ « Extra ».

PMCID Fetcher utilise le DOI pour effectuer la recherche des identifiants PubMed et PubMed Central : il est donc indispensable que cette information soit présente dans les documents Zotero pour lesquels on souhaite recourir à PMCID Fetcher.

PMCID Fetcher peut être lancé manuellement, grâce à l’option Fetch PMCID Keys affichée dans le menu contextuel de Zotero. Un simple clic-droit sur une sélection de documents dans la bibliothèque Zotero permet d’accéder à cette option.

PMCID Fetcher peut également être programmé pour un fonctionnement automatique et systématique. Il convient pour ce faire d’ouvrir l’éditeur de configuration avancé et de créer une nouvelle préférence cachée.

  1. Ouvrir l’éditeur de configuration : depuis Préférences > Avancées > Configuration Avancée > Editeur de configuration
  2. Accepter tous les messages d’avertissement
  3. Dans la fenêtre about.config qui s’affiche, faire un clic-droit sur l’intitulé de colonne Preference Name et choisir New > Boolean
  4. Saisir comme nom extensions.zotero.pmcid.auto
  5. Choisir comme valeur true
La préférence cachée « extensions.zotero.pmcid.auto » permet de définir un fonctionnement automatique pour PMCID Fetcher.

Compatibilité IdRef-Zotero

Vous connaissez peut-être déjà le Sudoc, theses.fr ou encore Calames. Tous ces catalogues collectifs nationaux français sont mis en œuvre par l’Agence bibliographique de l’enseignement supérieur, l’Abes. Vous êtes probablement moins directement familier d’un autre service de cette agence, IdRef – Identifiants et référentiels pour l’enseignement supérieur.

Avec IdRef, l’Abes met à disposition ses référentiels, en particulier concernant les auteurs, les concepts ou les lieux. Les référentiels sont des catalogues de fiches, dont le contenu est contrôlé par des experts (principalement des bibliothécaires) et enrichi en permanence.

À chaque fiche IdRef est associée une bibliographie, sous la rubrique « Références liées ». Cette bibliographie est générée de façon dynamique et affiche les résultats provenant de diverses sources bibliographiques, administrées par l’Abes (Sudoc, Calames, theses.fr, etc.) et par des institutions partenaires (Orcid, HAL, Catalogue de la Bibliothèque nationale de France, etc.).

Dans l’exemple ci-dessous, les références proviennent du Sudoc et d’Orcid.

La fiche IdRef de Sean Takats – voir https://www.idref.fr/158873866 – affiche les références des documents dont il est l’auteur dans le Sudoc et Orcid.

Depuis 2020, l’ensemble des références bibliographiques fédérées sur les fiches IdRef peuvent être enregistrées directement dans Zotero grâce au connecteur Zotero. Ainsi, lors d’une navigation sur une fiche IdRef, vous voyez désormais le bouton « Enregistrer dans Zotero » de votre barre d’outil afficher l’icône de dossier vous permettant de sélectionner et d’enregistrer toutes les références bibliographiques affichées sur la page web en cours.

Le connecteur Zotero permet d’enregistrer en un seul clic toutes les références bibliographiques liées à une fiche IdRef, quelle que soit leur source.

Rappelons enfin toutes les sources interrogées par IdRef.

Lire des PDF dans Zotero

La possibilité d’ouvrir et d’annoter des PDF a souvent été présentée par les utilisateurs de Mendeley comme un critère de choix décisif en faveur de leur logiciel préféré, au détriment de Zotero. Or, la version 6 de Zotero, annoncée pour « plus tard cette année », intégrera cette fonctionnalité tant attendue. Pour les impatients, il est possible de déjà l’essayer en installant une version bêta en suivant les instructions officielles, mais à ce stade, il n’est pas recommandé de l’utiliser avec sa bibliothèque principale.

Un aperçu de la lecture des PDF directement dans Zotero, qui sera disponible dans sa future version 6.

Zotero pour iOS

Le 12 mars dernier, Zotero a signalé la version bêta de l’application Zotero pour iOS sur les pages support de son site web: https://www.zotero.org/support/ios_beta

Principalement destiné aux utilisateurs d’iPad Pro, cette application facilite la consultation de votre bibliothèque Zotero un plus petit écran. Ajoutez à cela la possibilité d’annoter les fichiers et de synchroniser sa bibliothèque entre les divers appareils, et vous obtenez un environnement de travail nomade très pratique.

Collection dédiée au présent billet affichée sur un iPhone
Une référence citée dans le présent billet affichée sur un iPhone

S’il est un peu déroutant de devoir cliquer sur le i pour afficher les métadonnées de la référence (un clic sur le titre lance le navigateur pour ouvrir le document en ligne), on finit par s’y habituer.

Si vous avez peur qu’une référence citée dans une de vos publications ne soient plus accessibles, Zotero Memento est fait pour vous. En installant ce module, vous pouvez en effet prévenir les erreurs 404 pour les références que vous sauvez dans Zotero.

En pratique, ce module va créer une archive de l’URL associée à la référence au moment de son ajout dans Zotero. L’archive est sauvegardée par le service Wayback Machine de Internet Archive. Si ce n’est pas fait lors de l’ajout dans la bibliothèque, il suffit d’un clic-droit sur la référence et de sélectionner Archive this Resource > Internet Archive. Cela prend quelques secondes pour créer une archive de la page web et ajouter le lien dans le champ Extra, ainsi que dans une note attachée à la référence.

Création d’une archive de l’URL sur Internet Archive
Lien vers Internet Archive sauvé dans le champ « Extra »

Quand on parle de lien cassé (link rot en anglais), on pense évidemment d’abord aux pages web, mais les publications scientifiques ne sont pas à l’abri. Il est courant que l’url d’une page web change et le système de DOI ne résout pas définitivement le problème1.

Pour en savoir plus, lisez l’article de Jones, Klein et Van de Sompel2 à propos du reference rot.

L’extension Robust Links fait la même chose avec quelques options supplémentaires, comme choisir entre Internet Archive ou archive.today.

Zotero Cita

Si vous contribuez à enrichir Wikidata ou que vous souhaitez le faire, le module Cita va vous plaire. Wikidata est une immense base de données contenant toutes sortes d’informations… dont plus de 22 millions d’articles scientifiques et des monographies universitaires3. Encore en développement, Cita permet actuellement de :

  • Récupérer l’identifiant unique Wikidata (QID) d’un document qui aurait été indexé dans Wikidata. Cet identifiant est enregistré dans le champ « Extra » de Zotero.
  • Répérer des citations. Dans Wikidata, si le document est lié par citation à d’autres documents, celles-ci apparaissent dans l’onglet Citations.
  • Créer un nouvel élément Wikidata à partir d’une référence Zotero. Cita crée un code d’importation à utiliser dans QuickStatements, une application tierce. Important : Vérifiez bien que l’identifiant du document n’existe pas dans Wikidata (pour éviter les doublons) et que le document correspond aux règles de notoriété de Wikidata. Pour en savoir plus.

Toutes ces manipulations se font à l’aide d’un clic-droit sur une référence.

Les 6 options prévues par Cita, dont seulement les 2 premières fonctionnent pour le moment.
Si la ressource n’existe pas sur Wikidata, Cita vous le signale et vous propose de la créer.
Si la ressource existe sur Wikidata, son identifiant (QID) est ajouté dans le champ « Extra ».

Trucs et astuces

Créer un document parent avec la baguette magique

Si cette fonctionnalité plus si nouvelle (elle a été ajoutée dans la v5.0.94 le 21 décembre 2020) vous a échappé, nous signalons que Zotero permet désormais de créer une nouvelle entrée à partir d’un PDF non reconnu en se servant du DOI, ISBN, un PMID ou un arXiv ID.

Faites clic-droit > Créer un document parent…, puis entrez l’identifiant du document et cliquez à nouveau sur « Créer un document parent » pour créer la référence parent du PDF.

Ce n’est pas sorcier, mais peut s’avérer très pratique! Citons par exemple le cas d’un article dûment identifié par un DOI, mais pour lequel Zotero n’est pas parvenu à trouver cet identifiant dans le PDF lors de son processus de recherche et de récupération automatique des métadonnées.

Vérifier les citations

Lorsque vous faites une revue systématique, une des étapes consiste à vérifier les citations des références retenues. C’est une étape fastidieuse que certains services en ligne proposent d’automatiser en partie.

Par exemple, CitationChaser (à tester en ligne ou à utiliser pleinement comme un package R) permet de faire un tel travail de vérification. Les références repérées peuvent être exportées au format RIS mais il y a quelques bugs, préférez l’exportation via le connecteur Zotero.

NB : Les données de citation proviennent de Lens.org (qui proviennent elles-mêmes de Microsoft Academic, en fin de service et en transition vers OpenAlex) et elles peuvent être incomplètes.

Lectures

Un tutoriel Zotero et LaTeX à voir

Type de lecture : enregistrement vidéo

MARTIN VÉROT, 2020. LaTeX Partie 6 : La bibliographie avec Zotero [en ligne]. Youtube, 9 juillet 2020. [Consulté le 10 juillet 2021]. Disponible à l’adresse : https://www.youtube.com/watch?v=3tiOENCi928

Si vous voulez vous familiariser ou vous perfectionner à l’édition de documents à l’aide de LaTeX, énormément de supports existent en ligne. Nous vous signalons tout de même la série, francophone, de tutoriels vidéos par Martin Vérot (Laboratoire de Chimie, UMR 5182 CNRS, Ens Lyon) LaTeX : survie en milieu scientifique et pédagogique dont le sixième et dernier épisode LaTeX Partie 6 : La bibliographie avec Zotero (32′) aborde plus particulièrement et de façon pédagogique le lien entre Zotero et LaTeX, en abordant le plugin BetterBibTeX.
Sur le même sujet, n’oubliez pas de (re)lire le billet « Zotero et LaTeX » écrit par Raphaël Grolimund.

Comparer des logiciels bibliographiques : une approche par étape du flux de travail

Type de lecture : billet de blog

GAO, Richard, 2018. Reference Manager Showdown: a full review of Papers 3, Zotero, F1000, and Paperpile (+ ReadCube). Mind From Matter [en ligne]. 19 septembre 2018. [Consulté le 19 août 2020]. Consulté à l’adresse: https://rdgao.github.io/reference-managers/

Parmi les nombreux comparatifs de logiciels de gestion bibliographique publiés régulièrement (nous avions d’ailleurs mentionné l’un d’eux dans notre premier bulletin de veille), pourquoi retenir celui-ci?

L’auteur de ce comparatif est chercheur postdoc en neurosciences à l’université de Tübingen. Pour établir ce comparatif très détaillé, il suit le flux de travail de bibliographie, présenté au début de l’article sous la forme d’un diagramme de flux. À chaque étape correspondent une ou plusieurs fonctionnalités du logiciel de gestion bibliographique.
Chacun des logiciels comparés est ainsi analysé au travers de ces différentes étapes :

  • récupérer un article ou get paper (fonctionnalités d’import),
  • le classer (fonctionnalités d’organisation),
  • le lire (lecture et prise de notes),
  • puis ultérieurement le retrouver (stockage, recherche et citation),
  • avec un critère supplémentaire concernant la synchronisation.

Trois autres critères sont également considérés : la longévité, le coût et les fonctionnalités collaboratives.

Si le choix de l’auteur s’arrête sur Paperpile, nous retenons le commentaire suivant concernant Zotero, qui aurait sans doute obtenu un meilleur score si la comptabilité avec Google Docs avait été disponible au moment de la réalisation du comparatif (elle n’est arrivée qu’en octobre 2018 – voir notre billet « Intégrations Unpaywall et Google Docs »)

Anyway, my favorite Zotero feature is the ability to select multiple tags in the toolbar as an “AND” search: when you click on one tag (“oscillation”), all tags except the ones co-tagged to “oscillation” are eliminated, so you can iteratively click on overlapping tags to filter your search. This is an awesome feature and I don’t know why none of the other apps have adopted it, it makes searching so easy when you can’t think of any search words.

Quoi qu’il en soit, ma fonctionnalité préférée de Zotero est la possibilité de sélectionner plusieurs marqueurs dans le sélecteur, à la façon d’une recherche « ET » : lorsque vous cliquez sur un marqueur (« oscillation »), tous les marqueurs, à l’exception de ceux qui sont co-utilisés avec « oscillation », sont éliminés, de sorte que vous pouvez cliquer itérativement sur des marqueurs qui se chevauchent pour filtrer votre recherche. C’est une fonction géniale et je ne sais pas pourquoi aucune autre application ne l’a adoptée, elle rend la recherche si facile lorsque vous n’arrivez pas à trouver de mots à rechercher.

Géoréférencer les articles avec Zotero

Type de lecture : article de revue

Tobias, M. M., & Mandel, A. I. (2021). Literature Mapper : A QGIS Plugin for Georeferencing Citations in Zotero. Air, Soil and Water Research, 14, 117862212110092. https://doi.org/10.1177/11786221211009209

Après Phenotero mentionné dans notre précédent bulletin de veille, nous souhaitons mettre à nouveau en valeur un usage spécifique d’annotation avec Zotero, concernant cette fois les informations de localisation géographique.

Literature Mapper permet à la fois de référencer des coordonnées géographiques pour une publication, et de les exploiter ensuite pour effectuer tant une recherche qu’une visualisation géographiques.

Nous précisons ici brièvement quelques aspects du fonctionnement de Literature Mapper, présenté de façon détaillée et illustré par une étude de cas.

Les publications doivent être enregistrées dans une bibliothèque Zotero de groupe publique. La saisie des coordonnées géographiques est facilitée par une interface graphique affichant les champs bibliographiques sous forme tabulaire. Une colonne dédiée permet de renseigner les coordonnées géographiques, stockées dans le champ Extra de chaque document Zotero au format GeoJSON, soit par exemple:

<geometry>{“type”: “Point”, “coordinates”: [-140.504592652, 7.1942567162]}</geometry>

Outre la recherche par coordonnées géographiques, l’application permet de générer des cartes, mises à jour automatiquement et en temps réal au fur et à mesure de l’ajout de nouvelles publications dans la bibliothèque de groupe.

The map updates as the Zotero collection is updated so it can share the latest information with consumers of the data.

La carte se met à jour au fur et à mesure que la collection Zotero est mise à jour afin de pouvoir partager les dernières informations avec les consommateurs des données.

Zotero et l’apprentissage de la rédaction académique

Type de lecture : chapitre de livre

PATERSON, Rab, 2020. Zotero : An online digital writing tool for digital age English language learners’ academic writing. In : DANIELA, Linda (éd.), Pedagogies of Digital Learning in Higher Education [en ligne]. Routledge. [Consulté le 21 mai 2021]. ISBN 978-1-00-301946-6. Disponible à l’adresse : https://www.taylorfrancis.com/chapters/edit/10.4324/9781003019466-3/zotero-rab-paterson

L’auteur présente dans cet article la méthode et les résultats d’une intervention menée auprès d’étudiants japonais dans le cadre d’un cours d’écriture académique en anglais (English for Academic Purposes). Dans une perspective large de lutte contre le plagiat, il s’agissait de mesurer les effets de l’usage d’un logiciel de gestion bibliographique, en comparaison de la méthode traditionnelle de référencement manuel.

L’intervention comprenait l’enchaînement des tests et évaluations suivants:

  • Test 1 : référencement manuel de douze documents selon le style bibliographique Modern Languages Association (MLA). Un lien URL était fourni comme seule information pour chacun des douze documents, répartis selon la typologie suivante : deux livres, deux articles de revue, deux articles de presse, deux vidéos documentaires, deux interviews et deux enquêtes
  • Test 2 : même exercice que le test 1, proposé au même créneau horaire de cours, mais en utilisant Zotero, et après une démonstration par l’enseignant de l’utilisation du logiciel
  • Test 3 : mémoire rédigé par chaque étudiant, comportant au minimum 10 références citées, pour 1800 à 2200 mots.

L’usage de Google Docs a permis à l’enseignant de suivre les modifications effectuées par les étudiants dans leurs documents. Les tests 1 et 2 étaient suivis d’une mise en commun et d’un retour par l’enseignant.

L’évaluation de ces tests comportait deux aspects. L’enseignant a d’une part évalué l’exactitude de la bibliographie ; il fournit à cette occasion un barème détaillé, qui devrait retenir l’attention et l’intérêt de ceux qui notent des bibliographies. L’autre versant de l’évaluation concernait d’autre part le gain en temps et en efficacité perçu par les étudiants, exprimé par ces derniers en répondant à un questionnaire.

Les résultats se révèlent nettement en faveur de l’usage de Zotero. Si l’auteur insiste sur les limitations et le caractère très localisé et particulier de son étude, nous ne pouvons que partager ses conclusions concernant les erreurs commises le plus fréquemment par les étudiants, et partant la nécessité d’insister plus particulièrement sur ces points auprès d’eux. La première source d’erreurs est l’absence de relecture et de vérification des références importées dans Zotero depuis les sites en ligne et bases de données. La seconde, présente dans le test 3 du mémoire, concerne le référencement incorrect des sites web.

Zotero et l’apprentissage constructionniste

Type de lecture : chapitre de livre

BEATTY, Joshua F., 2016. Zotero: A Tool for Constructionist Learning in Critical Information Literacy. In : Critical Library Pedagogy Handbook [en ligne]. Chicago : American Library Association. pp. 215‑221. [Consulté le 11 juin 2020]. ISBN 978-0-8389-8850-3. Disponible à l’adresse : https://dspace.sunyconnect.suny.edu/handle/1951/70045

L’intérêt de cet article réside dans le lien qu’il fait entre le constructionnisme (de Seymour Papert et Idit Harel), théorie de l’apprentissage mettant d’accent sur la mise à disposition publique de son travail, et l’utilisation de Zotero. Au-delà du fait que cet exercice est possible avec des travaux d’étudiants ou les bibliographies de cours des enseignants, il crée un lien entre ce qui est fait dans les formations en Information Literacy et les pratiques qu’on retrouve dans les espaces de création numérique (makerspaces, fablabs…). En rapprochant les deux, on ouvre la voie à une meilleure documentation des projets de makers, et donc une réutilisation/adoption plus aisée par d’autres créateurs. Imaginez par exemple reproduire un dispositif pédagogique en incluant les fichiers nécessaires à sa reproduction (découpe laser, impression 3D, etc.) et les sources scientifiques attestant de son efficacité, sauvée et mise à disposition dans Zotero. Cela ne vous fait-il pas rêver ?

 

Nous espérons vous avoir fait (re)découvrir de quoi enrichir votre usage de Zotero, nous attendons en commentaires les astuces, lectures, nouveautés ou autres qui ont retenu votre attention cette année!

Comme pour les autres billets, vous retrouverez toutes les ressources citées dans ce bulletin de veille dans notre bibliothèque de groupe Zotero, dans la collection 2021-07_bulletin-veille-03, marqueur zfrancophone-bulletin-veille.

  1. BILDER, Geoffrey, 2015. January 2015 DOI Outage: Followup Report. Crossref [en ligne]. 17 mars 2015. [Consulté le 7 juin 2021]. Consulté à l’adresse: https://www.crossref.org/blog/january-2015-doi-outage-followup-report/ []
  2. JONES, Shawn M., KLEIN, Martin et VAN DE SOMPEL, Herbert, 2021. Robustifying Links To Combat Reference Rot. The Code4Lib Journal [en ligne]. 10 février 2021. No. 50. [Consulté le 15 février 2021]. Consulté à l’adresse: https://journal.code4lib.org/articles/15509 []
  3. MARTINOLLI, Pascal, 2020. Wikidata : un outil pour vous, les chercheurs. Acfas Magazine [en ligne]. 4 juin 2020. [Consulté le 5 juillet 2021]. Consulté à l’adresse: https://www.acfas.ca/publications/magazine/2020/06/wikidata-outil-vous-chercheurs []

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2 réponses

  1. Raphaëlle RIDARCH dit :

    Bonjour,

    Je reviens vers Zotero que j’avais quelque peu délaissé.
    Je ne retrouve pas les liens que je viens de verser dans zotero. ils n’apparaissent pas.
    Auriez-vous une idée à me suggérer svp. Besoin de votre aide.
    D’avance, je vous remercie
    https://www.zotero.org/ridarch/library

    • Bonjour,
      Le problème que vous rencontrez correspond-il bien au suivant ? Vous avez ajouté des documents dans votre bibliothèque Zotero en local sur votre ordinateur, mais ces documents n’apparaissent pas dans votre bibliothèque Zotero en ligne. Avez-vous vérifié le paramétrage de la synchronisation, notamment que vous avez bien activé la synchronisation automatique? Avez-vous également rafraîchi l’affichage de votre navigateur internet? Vous trouverez toutes les informations concernant la synchronisation dans la documentation Zotero en ligne à l’adresse suivante : https://www.zotero.org/support/fr/sync.
      Bien à vous,
      Frédérique

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