Zotero pour les revues de littérature

Billet rédigé par ✏️ Frédérique Flamerie et ✏️ Mathilde Panes

Entreprendre une revue de littérature requiert une réflexion préalable concernant les méthodes et les outils pour mener à bien son processus, de la recherche bibliographique à la synthèse des résultats.

Dans ce billet, nous souhaitons aborder l’utilité de Zotero dans une telle démarche, principalement pour les étapes suivantes.

• Organiser une bibliothèque dédiée pour son projet.
• Constituer le corpus de références à partir de lots parfois importants obtenus par diverses méthodes (interrogation de bases de données, navigation dans les liens de citation, etc.).
• Organiser le tri des références, en distinguant les références retenues des références exclues.
• Pour les références retenues, au moins à l’examen du titre et du résumé, trouver et enregistrer le texte intégral.
• Le cas échéant, exporter les données bibliographiques de la revue pour les joindre à une publication, les archiver, etc.

Sommaire

• Typologie des revues de littérature
• Créer et organiser la bibliothèque de votre projet
• Constituer votre bibliothèque de références
  • Importer des références par lot
  • Référencer les liens de citation
  • Assurer la qualité et la cohérence de votre bibliothèque de références
• Constituer votre bibliothèque de PDF
• Exporter les données de votre bibliothèque

Typologie des revues de littérature

Avant de rentrer dans le vif des fonctionnalités et de la technique, quelques précisions terminologiques nous semblent nécessaires.

Une revue de littérature peut prendre plusieurs formes, selon le cadre de la recherche et le livrable attendu. Dans ce spectre, il est possible de naviguer entre une synthèse de la littérature, une revue narrative ou une revue systématique. Les deux grands types de revue, narrative et systématique, sont présentées de façon très éclairante par la bibliothèque de l’université de Laval dans un tableau comparatif prenant en compte chacune des phases du processus ¹.

Le temps investi, le nombre de personnes impliquées, le nombre de résultats obtenus, le degré de rigueur, de formalisation et d’explicitation des méthodes ne sont pas les mêmes, de même par exemple que la nécessité de prévoir (ou non) une actualisation de la revue. L’une des trois organisations de revue systématique, la Collaboration for Environmental Evidence, a ainsi pu estimer les chiffres moyens suivants pour une revue systématique, dans le cadre du projet PredicTER portant sur 66 revues systématiques et 20 cartes systématiques publiées entre 2012 et 2017 ² :

• 11’786 résultats de recherche,
• 1241 résumés analysés,
• 468 documents en texte intégral analysés.

Dans tous les cas, y compris pour une synthèse de littérature menée dans le cadre d’un travail universitaire, Zotero peut grandement faciliter la réalisation de votre revue, accompagnant votre méthodologie quel que soit le degré d’exhaustivité que vous souhaitez ou devez atteindre.

Que vous entrepreniez seul une revue narrative ou que vous soyez impliqué dans une revue de plus grande ampleur menée en équipe, vous devrez probablement répondre aux questions suivantes et utiliser de nouvelles fonctionnalités de Zotero pour effectuer ces tâches.

• Comment importer plusieurs dizaines ou centaines de références bibliographiques d’un seul coup depuis une base bibliographique?
• Dans cette phase d’alimentation de la bibliothèque, comment repérer les références incomplètes, pour lesquelles il manque le résumé par exemple?
• Comment récupérer rapidement plusieurs dizaines ou centaines de fichiers de texte intégral, correspondant aux articles retenus pour l’analyse?

Créer et organiser la bibliothèque de votre projet

Avant de vous lancer dans votre travail de recherche, il s’agit de mettre en place votre bibliothèque et de définir son fonctionnement. Deux fonctionnalités de Zotero nous semblent plus particulièrement utiles dans ce cadre : les groupes Zotero et les marqueurs.

Le groupe Zotero, en premier lieu, est bien sûr incontournable dans le cas d’un projet collaboratif où vous travaillez avec plusieurs personnes. Il est toutefois tout aussi pertinent si vous menez seul votre synthèse de la littérature, comme nous l’avions mentionné dans notre précédent billet Travailler avec plusieurs bibliothèques Zotero. Le groupe Zotero, en créant une bibliothèque distincte de votre bibliothèque personnelle, vous permet en effet de restreindre certaines opérations au seul lot de documents de votre revue. Citons principalement le dédoublonnage, puisque la recherche de doublons est toujours effectuée sur toute la bibliothèque Zotero, sans qu’il soit possible de la limiter à une partie de la bibliothèque (une collection par exemple). Citons également la synchronisation. Avec la synchronisation sélective, vous pouvez choisir quelle(s) bibliothèque(s) synchroniser. Vous pouvez aussi appliquer des paramètres de synchronisation différents pour votre bibliothèque personnelle et pour vos bibliothèques de groupe. Vous pouvez de la sorte synchroniser uniquement vos bibliothèques de groupe et non votre bibliothèque personnelle. Ou encore, vous pouvez activer la synchronisation des fichiers joints uniquement pour vos bibliothèques de groupe et non pour votre bibliothèque personnelle

Une deuxième fonctionnalité de Zotero vous sera particulièrement utile pour l’organisation de votre bibliothèque, les marqueurs. Privilégier les marqueurs aux collections vous permet d’intégrer à votre bibliothèque les informations dont ils sont porteurs, et partant de les inclure dans vos exports. Les marqueurs pourront vous être utiles non seulement pour coder le contenu des articles, mais également pour enregistrer vos décisions et motifs d’exclusion, ou tout autre étape de votre flux de travail devant être enregistrée. Créer des marqueurs par source vous permettra également de conserver l’information de la ou des bases de données dans laquelle ou lesquelles est indexé un article. Par ailleurs, sans reprendre toutes les indications de nos précédents billets Comment organiser sa bibliothèque? et Optimiser l’organisation de sa bibliothèque, soulignons l’intérêt de préfixer vos marqueurs d’un signe typographique tel que l’astérisque ou le tiret bas. Cela permet à la fois de les distinguer des marqueurs importés automatiquement (mots-clés auteur par exemple) et de les afficher en premier dans le sélecteur de marqueurs.
Si vous utilisez PubMed, le tiret bas est préférable à l’astérisque, qui est déjà utilisé par PubMed en préfixe aux descripteurs MeSH positionnés comme “major topic”.
Le dièse est également déconseillé si vous utilisez des modules complémentaires comme Zotero Storage Scanner, qui l’utilisent déjà comme préfixe de marqueur.
Enfin, rappelons qu’il est très simple d’associer un marqueur à un lot de références, selon l’une des deux méthodes suivantes.

• Sélectionner les références dans la bibliothèques Zotero et les faire glisser sur le marqueur auquel elles doivent s’appliquer.
• S’il s’agit d’appliquer un marqueur coloré, sélectionner les références dans la bibliothèque Zotero et activer le raccourci clavier correspondant à ce marqueur.

Une fois le fonctionnement global de votre bibliothèque déterminé, il s’agit d’ajouter du contenu, d’une façon très probablement différente de celle dont vous avez l’habitude lorsque vous faites de la bibliographie au fil de l’eau.

Vous procéderez probablement en deux temps : collecter d’abord les références bibliographiques (y compris les résumés), puis enregistrer le texte intégral des seuls documents que vous aurez retenus après un premier tri à partir du titre et du résumé et/ou selon d’autres critères. Zotero peut bien sûr vous faciliter la tâche pour ces deux aspects.

Constituer votre bibliothèque de références

Importer des références par lot

Lorsqu’il s’agit d’importer d’un seul coup plusieurs dizaines ou centaines de références bibliographiques, l’import via le connecteur Zotero intégré à votre navigateur n’est pas la méthode la plus efficace. Vous privilégierez alors la constitution et l’export d’un fichier contenant toutes vos références, dans l’un des formats d’import pris en charge par Zotero. Une fois ce fichier exporté depuis la base de données, il vous suffira de l’importer dans Zotero via l’option Fichier > Importer…. Cette option d’export par lot est présente sur la plupart des outils bibliographiques, sous l’intitulé “Enregistrer”, “Exporter”, “Envoyer vers”, etc. Cette fonctionnalité semble très simple, toutefois vous devrez parfois prendre en compte les limitations suivantes (liste non exhaustive).

• Limitation du nombre de références par fichier d’export : dans le Web of Science le seuil est à 1’000 références, dans Scopus à 2’000 lorsqu’on inclut le résumé ³. Si vous souhaitez exporter davantage de références, il faut alors procéder par lots successifs, par année de publication par exemple.
• Complétude des informations bibliographiques exportées : le format par défaut proposé par une base de données n’inclut pas forcément toutes les informations dont vous avez besoin. Comme évoqué au point précédent, le résumé n’est ainsi pas proposé par défaut lorsque vous créez un fichier d’export au format RIS dans Scopus.
• Disponibilité indirecte de l’export par lot : dans CAIRN, l’export par lot est disponible seulement à partir d’une liste, créée à partir de votre compte personnel et qu’il faut alimenter à l’unité, document par document. L’export par lot est bien présent, mais il faut constituer ce lot manuellement référence par référence.
• Nécessité d’utiliser un logiciel tiers : Google Scholar ne permettant pas d’augmenter le nombre de résultats affichés par page à plus de 20 et ne proposant pas non plus de fonctionnalité d’export par lot indirect, il est particulièrement fastidieux d’enregistrer plusieurs dizaines ou centaines de résultat. À noter que cette limitation s’ajoute à celle du nombre de résultats maximum qu’il est possible d’exporter, à savoir 1’000 ⁴. Une application tiers permet toutefois de pallier cette première limitation, le logiciel Publish or Perish ⁵, duquel les données peuvent être exportées notamment aux formats RIS et BibTex, comme détaillé dans le manuel de l’utilisateur “Using Publish or Perish” à la page “Exporting your data”.

Référencer les liens de citation

Peut-être utiliserez-vous des méthodes de recherche bibliographique complémentaires à la recherche par mots-clés et équations de recherche comme le snowballing, c’est-à-dire la recherche par rebond, en suivant les liens de citation. Il peut s’agir d’enregistrer ainsi tous les articles cités par un de vos articles, ce qui peut représenter un nombre conséquent de références si cet article est lui-même une revue de littérature.

Les bases de données citationnelles comme Scopus et Web of Science Core Collection proposent l’export par lot pour ce type de liste de références. Vous pouvez ainsi très aisément enregistrer d’un seul coup toutes les références citées par un article. Combiné à la fonctionnalité Connexe de Zotero, cela permet de retrouver rapidement dans une bibliothèque Zotero tous les articles cités par un article donné, et de restituer le lien de citation.

Notez que les références citées non indexées dans la base de données sont traitées différemment dans Scopus et Web of Science. Dans Scopus, elles sont exportées mais elles sont incomplètes, tandis que dans Web of Science Core Collection elles ne sont pas exportées du tout. Si vous avez accès à ces deux bases de données dans votre institution, il est donc préférable d’utiliser Scopus pour effectuer ce type d’export.

Voici comment procéder à partir de Scopus ; la procédure est similaire pour le Web of Science.

1. Sur la page d’un article, allez à la rubrique References et cliquez sur le lien permettant d’afficher la liste des références sous la forme d’une liste de résultats. Dans Scopus il s’agit du lien View in search results format. Vous pouvez ensuite effectuer l’export de toutes les références comme décrit précédemment.

2. Dans votre bibliothèque Zotero, sélectionnez l’article dont vous venez d’importer la bibliographie, puis cliquez sur Ajouter dans l’onglet Connexe et sélectionnez toutes les références que vous venez d’importer.

3. Un lien réciproque est créé entre l’article et chacune des références qu’il cite. Ces liens sont affichés dans l’onglet Connexe ; ils vous permettent de naviguer de l’article aux références qu’il cite et inversement.

Assurer la qualité et la cohérence de votre bibliothèque de références

Pour conclure cette étape de constitution d’une bibliothèque de références, soulignons l’importance d’assurer la cohérence de votre bibliothèque et la complétude des références, en veillant à fusionner les références en doublon d’une part, et à compléter autant que nécessaire les informations bibliographiques d’autre part.

Lorsque vous affichez les doublons potentiels repérés par Zotero en cliquant sur la collection “Doublons”, vous devez ensuite valider individuellement chaque doublon pour fusionner les enregistrements concurrents. Ce fonctionnement est optimal pour éviter les faux positifs, c’est-à-dire fusionner automatiquement des documents qui ne sont pas des doublons. Il peut toutefois être pénalisant dans le cadre d’une revue de littérature, lorsque vous effectuez des imports par lot depuis différentes bases de données comme décrit précédemment. Vous enregistrez alors des volumes importants de références, avec potentiellement un nombre important de doublons du fait des recouvrements entre les bases de données interrogées.

Vous pouvez alors recourir avec profit à la fonctionnalité de dédoublonnage par lot du module complémentaire Zotero Duplicates Merger. Zotero Duplicates Merger ajoute en effet une option de fusion des doublons par lot ou Bulk merge.

Voici comment l’activer.

1. Dans la collection Doublons de votre bibliothèque Zotero, sélectionnez tous les documents affichés dans le panneau central de Zotero.
2. Affichez le menu contextuel par un clic-droit sur cette sélection.
3. Choisissez l’option Duplicates Merger > Bulk merge duplicates.

Notez que Zotero Duplicates Merger offre d’autres fonctionnalités tels qu’un bouton de raccourci pour fusionner les documents ou la définition du critère de choix de la version du document à conserver comme document maître lors de la fusion (la plus ancienne, la plus récente ou celle avec le nom de premier auteur le plus long).

Enfin, la recherche avancée et les recherches enregistrées de Zotero faciliteront le repérage des références à compléter, avec un résumé ou avec une date de publication comme dans les deux exemples de recherche enregistrée ci-dessous.

Recherche enregistrée pour afficher les références sans résumé

La recherche avancée à partir de laquelle vous créez la recherche enregistrée doit être construite avec les critères suivants.

Résumé -- ne contient pas -- %

Recherche enregistrée pour afficher les références sans date de publication

Nous reprenons ici la présentation de cette astuce dans notre Bulletin de veille n° 2.

1. Créez une recherche avancée avec les critères suivants : Date -- est dans les derniers -- 1000 -- années
2. Enregistrez-la sous le nom “1000 ans”.
3. Créez une nouvelle recherche avancée, avec les critères suivants : Collection (de Zotero) -- différent -- 1000 ans
4. Cochez la case “Ne montrer que les documents de niveau supérieur” pour éviter que la recherche n’affiche toutes les notes et tous les fichiers joints, qui n’ont pas de date (ou de champ équivalent à la date de publication).
5. Enregistrez cette nouvelle recherche sous le nom “sans date” ou tout autre intitulé significatif pour vous.
6. Si vous avez des documents antérieurs à 1020 dans votre bibliothèque, modifiez la valeur de la première recherche enregistrée, et portez-la à 2000 ans par exemple. Notez que la valeur maximale autorisée est 6732.

Constituer votre bibliothèque de PDF

Contrairement à votre flux de travail habituel où vous cherchez et enregistrez immédiatement le texte intégral des articles à inclure dans votre bibliothèque, vous privilégierez peut-être le report de cette étape pour votre revue de littérature. Vous souhaiterez ou devrez peut-être effectuer au préalable un premier tri des références, fondé sur l’examen des seuls titre et résumé.

À l’issue de ce tri, il vous restera un nombre plus ou moins important de références pour lesquelles vous devrez retrouver le texte intégral. Vous trouverez dans notre précédent billet Les moteurs de recherche intégrés à Zotero toutes les indications pour tirer le meilleur parti de cette fonctionnalité, qui accélère et facilite considérablement cette étape, même pour la littérature grise.

On pense bien sûr à ZotFile lorsqu’il s’agit de gérer des PDF dans Zotero. Nous vous renvoyons à nouveau à un de nos précédents billets, ZotFile : un outil pour gérer vos PDF, pour des indications détaillées concernant son usage. Soulignons ici que vous pourrez adapter votre usage habituel de ce logiciel dans le cadre de votre revue de littérature. Vous devez constituer un lot de tous les PDF des articles de votre revue de littérature pour une utilisation dans une application tiers (Rayyan par exemple, voir ci-dessous)? Alors choisir un dossier personnalisé en dehors de Zotero comme emplacement pour l’enregistrement des fichiers joints vous permettra de constituer facilement ce lot de PDF, renommés de façon cohérente grâce à ZotFile bien sûr.

Exporter les données de votre bibliothèque

Terminons cet aperçu des fonctionnalités de Zotero qui nous semblent plus spécifiquement utiles pour une revue de littérature par une dernière étape, celle de l’export des données.

Zotero propose une grande variété de formats d’export, certains spécifiquement bibliographiques (RIS, BibTex, etc.), d’autres spécialisés pour certaines applications ou usages (Wikipedia et Wikidata, CSL JSON), d’autres encore d’un usage plus commun, comme CSV.

Dans l’export CSV, tous les champs de vos références bibliographiques sont exportés par défaut, selon un ordre déterminé. Il est bien sûr possible de personnaliser tant les champs exportés que leur ordre, en modifiant le paramétrage du convertisseur que Zotero utilise pour cet export.

Nous adaptons ci-dessous les indications disponibles sur le Forum Zotero : personnaliser un export CSV (en anglais)

1. Trouvez le convertisseur dans le dossier translators de votre répertoire de données Zotero. Il est nommé CSV.js.

2. Fermez Zotero, créez une copie du fichier CSV.js et nommez ce nouveau fichier CSV_personnalise.js (ou équivalent permettant de le distinguer du fichier original).
3. Ouvrez le fichier CSV_personnalise.js dans un éditeur comme Notepad++ (Atom dans les copies d’écran ci-dessous).
4. En haut du code, modifiez la valeur de l’identifiant du convertisseur, translatorID. Changez également l’intitulé, label, au profit de l’intitulé que vous souhaitez voir apparaître dans le menu déroulant de choix du format d’export ; prenons CSV personnalisé.

5. Faites défiler le code jusqu’à la section var exportedFields = [ et commentez, supprimez et/ou réordonnez les colonnes que vous ne souhaitez pas exporter. Assurez-vous de ne pas vous tromper dans les virgules, il doit y en avoir une pour séparer chaque colonne.

6. Enregistrez votre fichier, redémarrez Zotero et testez votre nouvel export!

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En conclusion, nous espérons vous avoir apporté un panorama des fonctionnalités et potentialités de Zotero au service d’une revue de littérature. Si votre objectif est de produire une revue narrative ou une synthèse de la littérature, ces fonctionnalités seront très probablement suffisantes pour vous permettre de mener à bien votre projet. Si vous êtes engagé dans une revue systématique, vous aurez peut-être recours à un logiciel spécialisé tel que Rayyan, Covidence, etc. pour une part plus ou moins importante des étapes. Zotero est compatible à différents degrés avec certains de ces logiciels… Voilà une belle idée de billet en prolongement du présent article, contactez-nous via les commentaires si vous souhaiteriez y contribuer! Nous attendons bien sûr également en commentaire vos avis, astuces et retours d’expérience concernant l’utilisation de Zotero pour une revue de littérature.

Comme pour les autres billets, vous retrouverez toutes les ressources citées dans ce billet dans notre bibliothèque de groupe Zotero, dans la collection 2022-11_revue_litterature et au marqueur zfrancophone_RevLit.

1. BIBLIOTHÈQUE DE L’UNIVERSITÉ DE LAVAL, [sans date]. Comparaison des types de revues de littérature : revues narratives et revues systématiques [en ligne]. [Consulté le 27 octobre 2022]. Disponible à l’adresse : https://www.bibl.ulaval.ca/fichiers_site/portails/education/comparaison-des-types-de-revues-de-littérature-final.pdf [↩]
2. HADDAWAY, Neal et WESTGATE, Martin, [sans date]. PredicTER : Predicting Time requirements for Evidence Reviews [en ligne]. Disponible à l’adresse : https://predicter.github.io
   [↩]
3. Cette limitation concernant Scopus sera prochainement portée à 20’000, dans la nouvelle interface en cours de développement. [↩]
4. Pour une présentation détaillée et illustrée des limitations de Google Scholar, voir KLOPFENSTEIN, D. V. et DAMPIER, Will, 2021. Commentary to Gusenbauer and Haddaway 2020: Evaluating retrieval qualities of Google Scholar and PubMed. Research Synthesis Methods. mars 2021. Vol. 12, n° 2, pp. 126‑135. DOI 10.1002/jrsm.1456 [↩]
5. HARZING, Anne-Wil, 2007. Publish or Perish. Harzing.com [en ligne]. 2007. [Consulté le 1 mars 2022]. Disponible à l’adresse : https://harzing.com/resources/publish-or-perish [↩]

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