Bulletin de veille n° 6

Billet rédigé par ✏️ Raphaël Grolimund, ✏️ Alain Marois et ✏️ Pascal Martinolli

spac0665 – auteur: NOAA Photo Library – CC BY 2.0 – https://flic.kr/p/K2TxbV

Nous vous avons laissé presque sans nouvelle en 2023, mais nous comptons nous rattraper en 2024. La sortie de Zotero 7 est pour bientôt, mais Zotero 6 encore notre quotidien. Voici donc quelques fonctionnalités, astuces et lectures glanées ces derniers mois et qui pourraient vous intéresser. Bonne lecture !

Sommaire

Fonctionnalités, modules et interface

Prise en charge nouveaux types de document dans Zotero

La mise à jour vers la version 6 de Zotero n’a pas seulement apporté de nouvelles fonctionnalités, plusieurs nouveaux types de document ont également été intégrés.

Vous pouvez ainsi collecter des prépublications (depuis la v6.0), des données et des normes (depuis la v6.0.24).
Les ressources comme arXiv ou bioRxiv pour les prépublications ou Zenodo pour les jeux de données de recherche sont compatibles et vous permettent de décrire facilement et précisément ce type de document d’un seul clic, sans manipulation supplémentaire.

Zotero 7

La future version 7 de Zotero, annoncée en mai dernier sur le forum, n’apporte pas de nouvelle fonctionnalité majeure, mais le code étant revu de fond en comble, les modules complémentaires devront être réécrits. Il est donc prévisible que certains d’entre eux ne soient plus compatibles, pour un temps ou définitivement, au passage à Zotero 7 (comme Zotfile).
Notez que les développeurs de BetterBibTeX ou d’Actions and Tags for Zotero ont déjà annoncé la compatibilité de leur module avec la future version 7.

Au-delà de ce changement “de fond”, l’interface va, elle, aussi changer et ressemblera beaucoup à la version web.

Légende: interface du futur Zotero 7

La navigation par onglets disparaît complètement au profit d’une navigation par défilement vertical. Dernier point: les Préférences de Zotero seront renommées Paramètres.

Légende: fenêtre Paramètres de Zotero 7 (anciennement Préférences

Toutes ces modifications nécessiteront pas mal de travail de mise à jour de la documentation officielle bien sûr, mais aussi de la documentation francophone. Si vous êtes motivé·e·s à nous aider, vous êtes bienvenu·e·s.

ZoteroRnalysis

Références bibliographiques :

  • Martinolli, Pascal. 2023. « ZoteroRnalysis : Analyzing a Zotero library of references with R Studio & with reconciled data from Wikidata/OpenRefine ». GitHub. https://github.com/pmartinolli/ZoteroRnalysis
  • Martinolli, Pascal. 2024. « ZoteroJSnalysis: Analyzing your Zotero library of references with Javascript ». ObservableHQ. https://observablehq.com/@pascaliensis/zoterojsnalysis

ZoteroRnalysis est un code informatique dans le langage R qui permet d’analyser votre bibliothèque de références et de produire des graphiques ou des tableaux de données. Vous pouvez ainsi avoir une vue synthétique et une meilleure représentation de l’ensemble de vos références.

Le langage R et le logiciel R Studio qui permet de le manipuler sont open source. Il faut installer les deux. Ce language est populaire dans le monde universitaire pour lancer des traitements statistiques sur des jeux de données.

Légende : exemples de graphiques produits par le programme ZoteroRnalysis.

Dans le cas présent, ce code va utiliser une extraction de votre bibliothèque Zotero sous la forme d’un fichier csv et il va produire des graphiques en pdf et des tableaux en csv : les auteurs, les maisons d’édition ou les revues les plus mentionnés, les marqueurs les plus utilisés et répartis dans le temps, voire la distribution du nombre de pages de mémoires et de thèses. Pour bien fonctionner, il faut que votre bibliothèque de références soit bien indexée, qu’elle ait une certaine cohérence et qu’elle ait un certain volume (plusieurs centaines de références sur un sujet).

Il existe une fonctionnalité supplémentaire qui utilise le logiciel OpenRefine pour aller enrichir des données à partir de données existantes dans Wikidata. À partir d’une série d’institutions, il est par exemple possible d’aller chercher le pays de celles-ci dans un processus qui s’appelle “la réconciliation de données”. Pour le moment, ce processus n’est pas expliqué dans le code.

Une version plus facile d’utilisation est disponible en javascript sur la plateforme ObservableHQ. Sans rien installer, un utilisateur peut s’y créer un compte, dupliquer le code et y verser sa bibliothèque (à la vue de tous avec un compte gratuit).

Trucs et astuces

Développer sa requête grâce à Zotero Tag

Dans le cadre d’une revue de littérature en général, et d’une revue systématique en particulier (voir billet Zotero pour les revues de littérature), Zotero peut être très utile pour trouver des mots-clés auxquels vous n’avez pas pensé.

Il vous faut pour cela avoir…

  1. une équation de base comprenant tous les concepts à traiter et des mots-clés pertinents
  2. installé le module Zotero Tag v0.3.0

Après avoir testé votre équation de base dans quelques bases de données et récupéré tous les résultats ainsi obtenus dans une bibliothèque Zotero, vous pouvez extraire les mots-clés associés aux références importées. Pour cela, sélectionnez les références, faites un clic-droit, sélectionnez Manage Tags et cliquez sur le bouton Export Tags.
Le fichier CSV qui en résulte inclut la liste des mots-clés et le nombre de références auxquelles il est associé. Il est donc facile de classer les mots-clés du plus au moins utilisé et de passer en revue les plus utilisés.

Légende: fenêtre d’export de Zotero Tag dans Zotero 6 (dont le nom sera Actions and Tags for Zotero dans Zotero 7)

Notez que la version 0.3.0 du module s’appelle Zotero Tag et qu’elle est compatible avec Zotero 6. Les versions 1.0.x, nommées Actions and Tags for Zotero sont compatibles avec Zotero 7 et les fonctionnalités du module évoluent.

Lectures

KNIMEZoBot: Enhancing Literature Review with Zotero and KNIME OpenAI Integration using Retrieval-Augmented Generation

Dans ce preprint déposé sur arXiv le 7 nov. 2023, des chercheur·euse·s américain·e·s et saoudien·ne·s présentent un dispositif permettant d’interroger les documents d’une bibliothèque Zotero en langage naturel. Basé sur KNIME et les APIs d’OpenAI (ChatGPT) et de Zotero, le dispositif est présenté comme une piste prometteuse pour aider les chercheur·euse·s à synthétiser leur revue de la littérature.

Le dépôt Github du projet est ici: https://github.com/dayanjan-lab/KNIMEZoBot

ALSHAMMARI, Suad et al., 2023. KNIMEZoBot: Enhancing Literature Review with Zotero and KNIME OpenAI Integration using Retrieval-Augmented Generation. arXiv. arXiv:2311.04310. DOI 10.48550/arXiv.2311.04310.

Zotero et Obsidian

Bibliopea, un carnet de recherche de Pierre Musitelli, présente plusieurs méthodes de travail numérique pour rédiger et organiser sa documentation à partir de Zotero, d’Obsidian, de Zettlr et du format Markdown.

Nous avons testé et nous avons retenu deux billets pratiques pour citer ses références bibliographiques avec Zotero dans Obsidian et Zettlr et pour automatiser la création de fiches bibliographiques issues de Zotero dans Obsidian. Ces méthodes utilisent principalement l’extension Better BibTeX pour produire un fichier d’échange entre Zotero et Zettlr ou Obsidian. Très détaillés, les billets sont accompagnés d’exemples concrets et de discussions sur leurs applications pratiques. Nous n’avons pas pu mettre à jour les références générées une première fois par BibNotes Formatter.

Ces méthodes de travail numérique sont proches de la philosophie File over App commentée par le PDG d’Obsidian. On pourrait traduire cette expression par « un système de travail basé sur les fichiers (ouverts et interopérables) plutôt que sur les programmes ». Ce système permet de faire dialoguer et interagir plusieurs programmes entre eux sans être dépendant ni être conditionné par un programme en particulier.

L’auto-bibliographie tranquille : HAL, ORCID, Zotero

Perret Arthur, « L’auto-bibliographie tranquille : HAL, ORCID, Zotero », arthurperret.fr, 21 novembre 2023, consulté le 28 novembre 2023, URL :  https://www.arthurperret.fr/blog/2023-11-21-auto-bibliographie-tranquille-avec-hal-et-zotero.html.

Dans ce court billet de blog, Arthur Perret (MCF Univ. Lyon 3, laboratoire Elico) expose son workflow de constitution de sa bibiographie personnelle (son “auto-bibliographie”), où Zotero figure en dernier maillon.

Y est exposé l’avantage de saisir des métadonnées de qualité dans une base – l’archive ouverte HAL – compatible avec Zotero et par ailleurs connectée à OrcID. Arthur en profite pour évoquer la fonctionnalité “Mes publications” de Zotero peu mise en avant et pointe dans ce billet l’économie de moyens permise par l’utilisation ordonnée de ces trois outils. Ce billet est donc un retour de terrain efficace d’un enseignant-chercheur à garder sous le coude pour illustration si l’on est formateur à Zotero ou HAL et pour sensibiliser à une gestion efficace de son identité numérique de chercheur.


Nous espérons vous avoir fait (re)découvrir de quoi enrichir votre usage de Zotero, nous attendons en commentaires les astuces, lectures, nouveautés ou autres qui ont retenu votre attention récemment!

Comme pour les autres billets, vous retrouverez toutes les ressources citées dans ce bulletin de veille dans notre bibliothèque de groupe Zotero, dans la collection 2024-02_bulletin-veille-06, marqueur zfrancophone-bulletin-veille.



Citer ce billet
Collectif (2024, 14 février). Bulletin de veille n° 6. Le blog Zotero francophone. Consulté le 13 juin 2024, à l’adresse https://doi.org/10.58079/vtxj

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3 réponses

  1. Arthur Perret dit :

    Une réaction sur ce passage dans la section « Zotero et Obsidian » :

    > « Ces méthodes de travail numérique sont proches de la philosophie File over App commentée par le PDG d’Obsidian. On pourrait traduire cette expression par “un système de travail basé sur les fichiers (ouverts et interopérables) plutôt que sur les programmes”. Ce système permet de faire dialoguer et interagir plusieurs programmes entre eux sans être dépendant ni être conditionné par un programme en particulier. »

    De ce que je comprends, le principe de l’interopérabilité concerne justement les programmes et pas les fichiers. Deux outils sont interopérables s’ils peuvent fonctionner ensemble. Cela peut être le cas par exemple s’ils sont capables d’ouvrir les mêmes fichiers, car ces derniers seraient dans un format ouvert.

    Or l’interopérabilité d’Obsidian, par exemple avec Zettlr, est en fait assez limitée. J’avais écrit une note de veille sur Bibliopea, le carnet de recherche de Pierre Musitelli que vous citez, et je pointe ce problème (je me permets une auto-citation) :

    > « Il y a une vraie hypocrisie chez les créateurs d’Obsidian à prêcher l’idée que le fichier doit primer sur le logiciel : en pratique, ils font tout pour rendre l’utilisateur captif d’un jardin fermé, en multipliant les petites différences avec des formats d’écriture standards, ce qui rend dépendant de l’outil. Pierre Musitelli l’admet à certains moments : le passage d’Obsidian à d’autres outils comme Zettlr n’est pas toujours possible, ce qui rend caduque la promesse d’interopérabilité et soulève de sérieuses inquiétudes sur la pérennité des données créées dans Obsidian. »

    https://www.arthurperret.fr/veille/2023-12-11-bibliopea.html

    Merci en tout cas pour votre travail de veille, très utile quand on est utilisateur de Zotero. Merci également pour le partage et le commentaire de mon billet sur HAL, ORCID et Zotero !

    • Raphaël Grolimund dit :

      Bonjour,
      Merci pour ce complément d’information et pour le lien permettant à nos lecteur·trice·s d’aller plus loin.
      Bien à vous,
      Raphaël

    • Merci pour ton expertise, Arthur. Elle permet de nuancer les propos du billet et elle soutient une réflexion de fond sur les balisages et les formats. Pour moi, elle arrive aussi à point nommé, car je me prépare à proposer à mes étudiants une méthode d’organisation et de rédaction basée sur Markdown.

      Je comprends que le balisage Markdown d’Obsidian n’est pas le même que celui de pandoc, qui est plus universel. Cependant, après une évaluation subjective, je trouve que les avantages apportés par les fonctionnalités d’Obsidian sont supérieurs aux inconvénients d’une interopérabilité complète. Je reconnais qu’il est possible que j’aie des angles morts dans mon évaluation. Outre le fait d’avoir son propre balisage, et donc d’être non compatible avec d’autres plateformes, quels pourraient être les autres défauts du Markdown d’Obsidian ? Des défauts qui bloqueraient ou gêneraient son utilisation dans d’autres logiciels qui utilisent Markdown (disons les plus classiques : Zettlr, R Markdown, etc.). Selon mon évaluation, Obsidian propose pour le moment des fonctionnalités pertinentes et originales pour un coût d’abandon (ou de captivité) assez bas.

      Pédagogiquement, il est extrêmement difficile de changer les pratiques des utilisateurs pour les amener à utiliser des formats ouverts et non propriétaires, principalement parce que les logiciels utilisant des formats propriétaires offrent des fonctionnalités alléchantes. Dans le cadre de cet apprentissage de changement de pratiques, Obsidian pourrait être considéré comme un “outil de transition” car les fonctions que j’y trouve ne sont ni présentes dans les logiciels propriétaires ni dans les logiciels ouverts (pour le moment). Au plaisir de te lire!

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