Zotero et les services de stockage en ligne WebDAV
Billet rédigé par ✏️ Alain Marois, ✏️ Frédérique Flamerie et ✏️ Raphaël Grolimund
Par défaut, les références et les pièces jointes de Zotero sont synchronisées avec les serveurs de Zotero sur lesquels le stockage gratuit est limité à 300Mo. Cette limite est facilement franchie si vous voulez synchroniser les pièces jointes entre plusieurs appareils, et notamment les fichiers PDF des articles, que vous avez dans votre bibliothèque Zotero. C’est là que le protocole WebDAV peut vous rendre service !
L’utilisation du protocole WebDAV avec Zotero pour la synchronisation des pièces jointes est à vrai dire une fonctionnalité ancienne. Elle remonte à la version 2 de Zotero et elle est assez facile à mettre en place.
Nous avons tout de même décidé d’aborder ce thème sur le blog, car :
- la solution WebDAV est encore obscure pour beaucoup d’utilisateurs (constat du terrain : en formation, lors d’échanges avec des chercheurs, etc.)
- nombre d’institutions d’enseignement supérieur et de recherche (ESR) mettent en placent des “clouds institutionnels” pour offrir des services alternatifs de stockage et de collaboration des géants du web (GAFAM) dans une démarche de souveraineté et gouvernance des données
- si les premiers utilisateurs avaient constaté jadis (il y a près de 10 ans) une lenteur rébarbative de l’option webdav, ce n’est plus le cas; la fonctionnalité est mature et performante
Sommaire
- Qu’est-ce que le protocole WebDAV ?
- Pourquoi utiliser un stockage WebDAV avec Zotero?
- Quels logiciels de cloud supportent WebDAV ?
- Comment utiliser un stockage WebDAV dans Zotero ?
- Que se passe-t-il quand on quitte l’institution qui donne accès à un service WebDAV ?
- Combien d’espace l’ensemble de mes fichiers joints occupe-t-il ?
- J’avais mis en place une synchronisation des fichiers basée sur ZotFile en les liants systématiquement vers un dossier synchronisé via un drive. Comment passer à WebDAV ?
- Puis-je retrouver un fichier PDF joint précis sur le cloud (via l’interface web) ?
- Instances académiques supportant WebDAV
- Focus sur l’utilisation des clouds CNRS et Huma-Num pour la synchronisation WebDAV de Zotero (France)
Qu’est-ce que le protocole WebDAV ?
WebDAV est un protocole web, autrement dit un format de communication, qui permet des synchronisations de contenu entre différents appareils. Il est notamment utilisé pour synchroniser les informations contenues dans des carnets d’adresses (CardDAV) et dans des agendas (CalDAV). Zotero le prend quant à lui en charge pour permettre de synchroniser les pièces jointes sans avoir recours aux serveurs officiels. Dans ce cas, correctement configuré, il joue le rôle de “client WebDAV” dialoguant avec un “serveur WebDAV” et ce de façon transparente pour l’utilisateur (voir le glossaire de la fondation Mozilla pour plus d’information).
Pourquoi utiliser un stockage WebDAV avec Zotero?
Rappel des options de synchronisation des pièces jointes dans Zotero
Rappelons tout d’abord brièvement les options de synchronisation des fichiers joints dans votre bibliothèque Zotero qui s’offrent à vous. Notez que le lecteur de PDF intégré à Zotero peut être utilisé dans tous les cas.
- Option 1 : synchroniser vos fichiers joints en utilisant les serveurs Zotero, comme pour les données bibliographiques : vos PDF sont alors enregistrés dans votre répertoire de données
Zotero. Si vous atteignez le quota de stockage gratuit de 300 Mo, vous devez recourir à un abonnement payant, individuel ou collectif via un abonnement Zotero Lab ou Zotero Institution . - Option 2 : synchroniser vos fichiers joints en utilisant un service de stockage en ligne tiers de type Dropbox : vos PDF sont alors enregistrés dans un dossier extérieur au répertoire de données
Zotero. Il serait en effet très risqué de placer votre répertoire de donnéesZoterolui-même dans votre dossier Dropbox, comme le détaille la documentation Zotero dans la section Emplacements risqués pour votre répertoire de données. - Option 3 : synchroniser vos fichiers joints en utilisant un service de stockage en ligne utilisant le protocole WebDAV : vos PDF sont alors enregistrés dans votre répertoire de données
Zotero. Cette option ne peut s’appliquer que pour votre bibliothèque personnelle. Pour des bibliothèques de groupe vous devez nécessairement utiliser le stockage de Zotero.
La synchronisation des pièces jointes de votre bibliothèque Zotero avec WebDAV est surtout intéressante lorsque vous avez accès à un service compatible fourni par votre employeur (nous revenons sur ce point en fin de billet). Si ce n’est pas le cas, vous pouvez toujours
Si Zotero est un outil que vous utilisez tous les jours, pourquoi ne pas le soutenir financièrement et participer à son développement en payant un abonnement auprès de Zotero? Si vous n’avez pas les moyens, rabattez sur une solution plus ou moins compatible disponible ailleurs. Finalement, vous pouvez toujours auto-héberger une plateforme compatible (voir lesquelles un peu plus bas).
Comme l’illustre le schéma “Être ou ne pas être dans Zotero : quel choix pour vos PDF et autres fichiers joints?” associé à notre billet sur l’extension ZotFile, votre choix peut être orienté par différentes contraintes ou préférences, en termes de fonctionnalités et/ou de configuration informatique.
En termes de fonctionnalités, conserver les PDF enregistrés dans votre répertoire de données Zotero comme dans les options 1 et 3 se révèle incontestablement le meilleur choix. Le contenu de vos PDF est indexé par le moteur de recherche de Zotero et, avec l’option 1, vous pouvez synchroniser les pièces jointes de vos bibliothèques de groupe et accéder à vos fichiers joints y compris dans votre bibliothèque en ligne Zotero (voir plus bas dans ce billet).
En termes de configuration informatique, les options 1 et 3 ont également l’avantage, car elles s’avèrent à la fois plus simples et plus économiques. L’option 2 impose en effet de choisir soigneusement sur tous ses ordinateurs l’emplacement du répertoire contenant les fichiers joints et de le configurer dans Zotero : il s’agit du paramètre Répertoire de base pour les pièces jointes liées dans les préférences avancées. Cette option contraint également à installer l’application de synchronisation de fichiers sur tous les appareils à synchroniser.
Quels sont les avantages à utiliser un stockage WebDAV avec Zotero ?
Le stockage WebDAV (option 3) combine finalement les principaux avantages de chacune des deux autres options.
Comme la synchronisation via les serveurs Zotero (option 1), il permet de conserver les fichiers joints dans Zotero et de bénéficier ainsi de l’indexation de leur contenu, moyennant une configuration informatique simple. Vous pouvez réserver votre espace de stockage gratuit de 300 Mo sur les serveurs Zotero à vos bibliothèques de groupe, en configurant le stockage WebDAV pour les fichiers joints de votre bibliothèque personnelle et le stockage Zotero pour les fichiers joints de vos bibliothèques de groupe.
Par ailleurs, comme l’option 2, le stockage WebDAV permet de recourir à un service tiers, pour lequel vous pouvez bénéficier d’une volumétrie de stockage importante, du fait d’un abonnement personnel, institutionnel ou autre.
Quelles sont les limites à l’utilisation d’un stockage WebDAV avec Zotero?
La principale limite concerne l’accès aux fichiers joints hors de votre bibliothèque locale Zotero. Comme indiqué ci-dessus, avec WebDAV les fichiers joints ne sont pas accessibles via la bibliothèque en ligne Zotero. Ils restent par ailleurs difficilement atteignables par l’interface en ligne de votre service WebDAV, comme détaillé ci-dessous. Enfin, si les services WebDAV sont bien intégrés dans l’application mobile iOS Zotero, ils ne sont pas encore implémentés dans l’application pour mobile Android, encore en version bêta (mais c’est prévu avant la version 1.0). Il faudra patienter un peu…
Quels logiciels de cloud supportent WebDAV ?
Comme WebDAV permet de synchroniser des fichiers, on s’attend à ce que des clouds de grands acteurs comme Google Drive ou Dropbox supportent ce protocole. Or, ce n’est pas le cas. La documentation officielle de Zotero liste des services privés (plus ou moins) compatibles. Une traduction en français de cette page est disponible. Cela dit, cette page n’a pas été mise à jour récemment et ne mentionne pas deux logiciels libres auto-hébergeables qui supportent, eux, le protocole WebDAV : ownCloud et Nextcloud.
Comme indiqué sur Wikipédia, “ownCloud est un logiciel libre offrant une plateforme de services de stockage et partage de fichiers et d’applications diverses en ligne.” Lancé en janvier 2010 par Frank Karlitschek, ce dernier a ensuite créé une une entité commerciale en décembre 2011. À la suite d’un conflit d’intérêts entre la communauté et la compagnie ownCloud Inc., il crée un fork du projet appelé Nextcloud.
Nextcloud est donc un dérivé du logiciel ownCloud, lancé en 2016. Si Nextcloud avait à l’origine exactement les mêmes fonctionnalités qu’ownCloud, les deux logiciels sont développés indépendamment l’un de l’autre.
Ces deux logiciels proposent à la fois une version serveur, qui permettront d’implémenter un cloud, et des “apps” à installer sur un poste (GNU/Linux, Windows, MacOS) ou un smartphone Android ou iOS afin de manipuler les fichiers du cloud et les synchroniser en local via WebDAV.
Comment utiliser un stockage WebDAV dans Zotero ?
Avant de voir comment synchroniser les pièces jointes via WebDAV, notez que vous devez au préalable posséder un compte sur l’instance ownCloud, Nextcloud ou autre avec laquelle vous voulez synchroniser vos données.
Pour déterminer où les pièces jointes de votre bibliothèque personnelle sont synchronisées, ouvrez le panneau de Préférences et rendez-vous dans l’onglet Synchronisation.
Dans la section Synchronisation des fichiers, sélectionnez “WebDAV” à la place de “Zotero”, puis remplissez les champs Adresse, Nom d’utilisateur et Mot de passe avec les informations de connexion à l’instance ownCloud, Nextcloud ou autre que vous voulez utiliser. Nous recommandons de cocher la case “synchroniser automatiquement” pour éviter d’oublier de lancer la synchronisation et de ne pas avoir les dernières modifications en changeant d’appareils.
Cliquez sur le bouton “Tester la connexion au serveur”. Si la connexion est correctement établie, le message suivant s’affiche.
Une fois la connexion établie, vous pouvez lancer la synchronisation. Si votre bibliothèque est grande, cela peut prendre un peu de temps. Soyez patient·e !
Pour plus de détails, vous pouvez aussi vous reporter au petit guide publié par la bibliothèque de l’Université de Genève.
Que se passe-t-il quand on quitte l’institution qui donne accès à un service WebDAV ?
Lorsque vous quittez l’institution qui vous donnait accès à une instance ownCloud, Nextcloud ou autre, les données constituées des fichiers joints synchronisées ne seront pas perdues, car elles sont stockées en local par Zotero sur les appareils que vous utilisiez.
Vous ne serez par contre plus en mesure de synchroniser ces fichiers joints, car votre quota dépassera sans doute le quota du cloud Zotero officiel (c’était d’ailleurs peut-être pour cela que vous aviez opté pour l’option WebDAV une première fois !). Pour pouvoir continuer à le faire, vous pourrez alors paramétrer une nouvelle instance ownCloud, Nextcloud ou autre. Cela peut être celle de votre nouvel employeur, une instance non académique ou une instance personnelle. Veillez toutefois à ce que l’espace alloué soit suffisant pour contenir les données que vous voulez y synchroniser.
Combien d’espace l’ensemble de mes fichiers joints occupe-t-il ?
Information importante si hésitez entre les options exposées plus haut. Comme nous traitons ici le cas où vous avez choisi d’utiliser WebDAV, se référer à la section “Storage” de votre compte sur zotero.org n’apporterait pas l’information souhaitée à savoir “Quel espace prennent mes fichiers joints et vais-je avoir assez d’espace si j’opte pour tel ou tel service en WebDAV ?”.
Il existe deux manières simple de trouver cette information :
- Si l’accès à votre ancien cloud (cas d’un changement de service pour une synchronisation WebDAV) est encore disponible, trouvez sur l’interface web de ce cloud le dossier “Zotero” créé et utilisé par Zotero pour synchroniser les fichiers joints via le serveur. Généralement la volumétrie est indiquée dans les informations du dossier.
- Si vous n’avez plus d’accès au cloud, ou que vous voulez récupérer l’information via votre explorateur de fichiers (Explorer, Finder, etc.), synchronisez votre bibliothèque Zotero, puis localisez le répertoire de données en allant dans Préférences > Onglet Avancées > sous-onglet Fichiers et dossiers > cliquez sur “Ouvrir le répertoire de données”, remontez d’un niveau et consultez les propriétés du dossier pour avoir la volumétrie.
J’avais mis en place une synchronisation des fichiers basée sur ZotFile en les liants systématiquement vers un dossier synchronisé via un drive. Comment passer à WebDAV ?
Avant de commencer, prenez soin de désactiver la gestion des PDF via ZotFile. WebDAV peut être paramétré avant ou après.
Nous vous conseillons aussi de faire une sauvegarde complète de votre bibliothèque Zotero, au cas où vous désireriez revenir en arrière.
Ensuite, la première chose à faire est de retrouver une gestion des fichiers joints par Zotero au sein de son système de stockage. En effet, dans les stratégies basée sur ZotFile, vos fichiers sont dans un dossier externe au stockage Zotero et liés systématiquement aux entrées dans Zotero. Il faut faire en sorte que chaque fichier ne soit plus lié mais joint à son entrée, car c’est uniquement ces derniers qui sont pris en charge par l’option WebDAV.
Bonne nouvelle, une fonction automatisant le processus est disponible nativement dans Zotero :
- sélectionnez l’ensemble des documents de votre bibliothèque personnelle (avec ou sans pièces jointes liées peu importe)
- allez dans Outils > Gestion des pièces jointes > Convertir les fichiers liés en fichiers joints.
- Une fenêtre de validation s’ouvre vous avertissant que “N pièces jointes vont être converties de fichier liés à fichiers joints”. Cliquez sur “Continuer”.
Tous les fichiers liés des références sélectionnées seront alors automatiquement copiés depuis le répertoire où ils étaient liés vers le répertoire de stockage de Zotero et passeront du statut “lié” à “joint”.
Puis-je retrouver un fichier PDF joint précis sur le cloud (via l’interface web) ?
Les fichiers joints synchronisés par WebDAV visibles au niveau de votre bibliothèque (web library) sur le site zotero.org ne sont pas atteignables directement. Ils sont bien signalés pour chaque entrée dans l’onglet attachement, mais non visualisables, et non cliquables.
Est-il alors possible d’accéder à ce fichier via l’interface web de votre cloud ? Oui…mais c’est en pratique très compliqué car :
- Zotero range ses fichiers joints selon son propre classement. Vous n’avez pas la main sur ce système de classement. Dans un répertoire “Zotero” figurent une suite de dossiers aux noms cryptiques de type “2AT88U8S” ou “2B8Z8DFT”. Chacun de ces dossiers comportent un ou des fichiers correspondant à une pièce jointe (PDF, image, etc.) à une référence. Aucun moyen simple – sans l’application Zotero (clic-droit sur le fichier joint > “Localiser le fichier”) – de faire le lien entre un item et le bon dossier,
- ces dossiers sont compressés pour la synchronisation WebDAV et hébergés comme tel par Nextcloud, ownCloud, etc. Même si vous avez pris soin de renommer de façon explicite vos fichiers joints sur votre bibliothèque Zotero, le moteur de recherche de fichiers de votre cloud n’est malheureusement d’aucune aide… car il n’indexe pas le contenu des dossiers zippés contenant les fameuses pièces jointes. Conclusion : même si vous prenez la peine de renommer les pièces jointes dans Zotero, rechercher des éléments de leur noms de fichiers via le moteur de recherche de votre cloud ne fonctionnera pas.
Instances académiques supportant WebDAV
France
En France, de nombreux établissements proposent à leur communauté des solutions de cloud institutionnel. Il n’existe pas à ce jour de solution pour l’ensemble de l’Enseignement Supérieur et la Recherche (ESR). Généralement ces solutions ont été mises en place afin de limiter la dépendance aux outils des géants du web (GAFAM), notamment dans un cadre de recherche. On pourra citer pour illustrer notre propos :
- coté universités, et grandes écoles : l’Université Lumière Lyon 2 (BUL), l’Université Jean Moulin Lyon 3 (Owncloud Lyon 3), Sorbonne Université (DropSU), l’ENS de Lyon, etc.
- côté sites universitaires : l’Université Grenoble-Alpes (CloudUGA), l’Université de Lorraine (B’UL), Aix-Marseille Univ. (AMUbox), etc.
- côté organisme de recherche : le CNRS (OwnCloud de l’ODS MyCore), l’Inrae (Nextcloud Inrae), etc.
- côté infrastructure de recherche : Huma-Num avec sa solution Sharedocs etc.
Il serait très laborieux de dresser une liste complète, et à notre connaissance elle n’existe pas, mais gardez les points suivants à l’esprit pour vous orienter.
D’une part, l’appartenance à un établissement ne signifie pas systématiquement que vous avez accès au cloud de ce dernier. Les étudiant·e·s en Licence-Master par exemple n’y ont souvent pas accès, le cloud institutionnel est souvent réservé aux salarié·e·s (personnel support, doctorant·e·s, enseignant·e·s-chercheur·euse·s).
D’autre part, le “mille-feuille” de l’ESR français fait que plusieurs options peuvent très bien s’offrir aux doctorant·e·s ou à l’enseignant·e·s-chercheur·euse·s; exemple concret : un enseignant·e-chercheur·euse d’Histoire (discipline de Sciences Humaines et Sociales) de l’université Lyon 2 rattaché à un laboratoire ayant un statut d’Unité Mixte de Recherche (UMR, donc dont le CNRS est une des tutelles) aura accès au cloud de l’Université Lyon 2, à celui de l’IR* Huma-Num (Infrastructure de Recherche “étoile” du Ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche dédiée aux projets en SHS) et in fine celui du CNRS (même sans être personnel CNRS, via son UMR). Il lui faudra donc… choisir !
En dehors des solutions disponibles évoquées ci-dessus à des échelons locaux sachez que les solutions suivantes ne supportent pas WebDAV :
- Renater tout d’abord, le Groupement d’Intérêt Public, acteur de référence des infrastructures du numérique de la communauté enseignement recherche, ne propose pas de cloud (un test Proof of Concept assez long sur le sujet avait été mené mais le service a été stoppé). Dans l’immédiat Renater n’envisage pas d’ouvrir de service de ce type,
- la Suite Numérique de l’Etat, annoncée fin mai 2024, à notre connaissance, ne propose pas de solution de type cloud, mais c’est à surveiller,
- RESANA, plateforme ouverte et administrée par la DINUM (direction interministérielle) ne propose pas de webdav (sauf dans une version “SECURE” pour le partage de données sensibles, que nous n’avons pu tester).
Si ces derniers acteurs devaient proposer une solution WebDAV compatible Zotero, ce serait une quatrième option pour l’enseignant·e-chercheur·euse pris en exemple ci-dessus.
Suisse
En Suisse, la fondation Switch, fondée en 1987 en tant que fondation privée, par la Confédération et les huit cantons universitaires de l’époque, a pour mission de faciliter, entretenir et promouvoir une infrastructure de recherche et de formation sûre et connectée. (Switch 2023)
Dans la liste des solutions proposées par Switch, figure SWITCHdrive, un service cloud basé sur ownCloud: https://www.switch.ch/fr/drive. Tous les membres des universités, hautes écoles et instituts partenaires ont droit à un espace de stockage de 100Go. L’accès se fait à l’aide du login SWITCH edu-ID, fourni et géré par la même fondation.
Si vous avez vous-mêmes d’autres expériences ou que vous utilisez d’autres outils que ce que nous avons choisi de présenter dans ce billet, n’hésitez pas à les partager dans les commentaires. Au besoin, nous mettrons à jour le billet afin qu’il soit complet.
Focus sur l’utilisation des clouds CNRS et Huma-Num pour la synchronisation WebDAV de Zotero (France)
70% du lectorat consultant le blog Zotero francophone depuis la France, nous faisons ici un bref focus sur les solutions françaises.Comme évoqué précédemment, l’utilisation du WebDAV d’une instance Nextcloud ou autre est généralement très simple : il suffit de disposer de l’URL pour le protocole WebDAV, et du couple login + mot de passe d’identification. Cependant, certains services – souvent ceux accessibles via une identification fédérée – présentent des particularismes qui sont autant de barrières à l’usage.
Nous présentons donc ici, malgré l’évolution possible des méthodes décrites, deux particularismes des services proposés à des communautés académiques françaises : celles du CNRS, via l’Offre de Service MyCore, et l’IR* Huma-Num, via Sharedocs.
En effet, toutes deux :
Zotero + Sharedocs Huma-Num pour la synchronisation des fichiers joints via WebDAV
* URL du WebDAV : accessible via les “Paramètres de compte“
Il vous faudra cependant bien prendre soin d’ajouter quelques caractères à l’URL indiquée pour que cela fonctionne. L’URL fonctionnelle à mettre dans le champ de paramétrage WebDAV de Zotero est : https://sharedocs.huma-num.fr/dav.php/%40Home (notez le “%40Home” à ajouter)
Zotero + MyCore CNRS pour la synchronisation des fichiers joints via WebDAV
OpenEdition vous propose de citer ce billet de la manière suivante :
Collectif (26 juin 2024). Zotero et les services de stockage en ligne WebDAV. Le blog Zotero francophone. Consulté le 11 octobre 2024 à l’adresse https://doi.org/10.58079/11w46
Bonjour,
A signaler que le nouveau service du CNRS, sDrive, propose aussi un Webdav est que donc il est possible de l’utiliser pour Zotero.
Merci Stéphane; en effet nous étions restés sur nos tests MyCore sans repérer l’évolution de l’offre CNRS; nous modifions le billet en ce sens; sDrive arrive qui plus est avec une documentation détaillée, et en “tutoriels pour aller plus loin” une page sur l’accès webdav et l’utilisation de ce dernier avec zotero. Entre cette documentation, le billet et les actions de sensibilisation des collègues en formation, ce service sera sans doute plus utilisé, c’est donc une très bonne nouvelle.
Bonjour, des tests que j’ai pu faire, sDrive@CNRS proposant 100 Go par défaut, cela permet d’avoir de « gros » stockage pour du Zotero.