Billet rédigé par ✏️ Frédérique Flamerie, ✏️ Raphaël Grolimund et ✏️ Alain Marois

Le nouvel aspect et les nouvelles fonctionnalités de l’interface de la bibliothèque sont probablement les impacts les plus visibles introduits par Zotero 7. Le changement de technologie et la réécriture de l’application ont cependant occasionné d’autres changements bien plus importants. Ils ont notamment impliqué un travail d’adaptation conséquent pour les développeurs des extensions de Zotero telles que Better BibTex, ZotFile, etc. Si des extensions comme Better BibTex ont pu passer le cap, voire proposent de nouvelles options, d’autres telles que Zutilo, ZotFile ou PubPeer ne sont pour l’instant plus compatibles. Certaines des fonctionnalités offertes par ces extensions désormais inutilisables ont été intégrées dans Zotero 7, tandis que d’autres sont prises en charge par des extensions compatibles avec Zotero 7. Une partie de ces fonctionnalités restent malheureusement indisponibles pour le moment.

Après une tentative de réponse à la question « Comment remplacer ZotFile et Zutilo avec Zotero 7 ? », la rédaction vous suggérera quelques extensions à installer. Vous trouverez par ailleurs en fin de billet un rappel détaillant comment installer une extension dans Zotero.

Sommaire

• De ZotFile à Zotero 7 et Attanger
• De ZotFile à Actions & Tags
• Le choix de la rédaction
  • Améliorer les données bibliographiques avec Linter et Zotero Abstract Cleaner
  • Deux extensions pour suivre les citations
  • Et toujours : Better BibTeX
• Rappel : installer et configurer une extension dans Zotero

De ZotFile à Zotero 7 et Attanger

L’extension ZotFile à laquelle nous avions consacré le billet ZotFile : un outil pour gérer vos PDF en 2019 améliorait la gestion des PDF et fichiers joints grâce à 3 ensembles de fonctionnalités :

• le renommage automatique et intelligent des fichiers joints,
• la synchronisation des fichiers PDF vers un lecteur de PDF mobile, comme une tablette par exemple,
• le déplacement automatique des fichiers joints.

Zotero 7 intègre désormais une fonctionnalité sophistiquée de renommage des fichiers équivalente à celle de ZotFile. Cette nouvelle fonctionnalité fait l’objet d’une présentation détaillée dans la documentation de Zotero, principalement sur la page Renommage des fichiers.

La réponse au besoin de lecture des PDF en situation de mobilité était une des fonctions importantes de ZotFile. Depuis, comme évoqué au printemps 2022 lors de la sortie de Zotero 6, les solutions ont évolué avec des applications mobiles pour iOS (2022) puis pour Android (attention, cette dernière est encore en version bêta). Depuis peu, les deux versions – Zotero iOS et Android – intègrent même l’option permettant d’accéder aux fichiers synchronisés par le protocole WebDAV. La disparition de ZotFile laisse donc en suspens, à notre connaissance, uniquement les utilisateurs de liseuses.

Enfin, le déplacement automatique des fichiers joints est quant à lui pris en charge par l’extension Attanger. Le déplacement automatique des fichiers joints concerne deux fonctionnalités distinctes :

• attacher automatiquement au document en cours de sélection dans la bibliothèque Zotero le dernier fichier PDF téléchargé dans un répertoire défini,
• déplacer automatiquement les fichiers joints dans un répertoire défini hors de Zotero, distinct de Zotero\storage.

La seconde fonctionnalité correspond au cas particulier de la gestion des PDF en dehors de Zotero et concerne de la sorte un nombre limité d’utilisateurs. Attanger offre un fonctionnement largement analogue à celui de ZotFile. Nous renvoyons donc à la section Usage 2 : gestion des PDF hors Zotero : enregistrer les PDF à un emplacement déterminé de notre billet sur ZotFile concernant ces aspects.

La première fonctionnalité peut quant à elle être utile à tous les utilisateurs de Zotero. Nous détaillons ci-dessous son fonctionnement avec Attanger, semblable à celui de ZotFile.

Il convient tout d’abord d’effectuer les deux réglages suivants dans les paramètres d’Attanger.

• Source Path : on indique ici le répertoire source à partir duquel chercher les fichiers PDF à joindre automatiquement. Cela peut par exemple être le dossier Téléchargements.
• Attach Type : on choisit la valeur Stored Copy si on enregistre ses fichiers joints dans Zotero.

Pour joindre le dernier fichier PDF téléchargé se trouvant dans le dossier source, il faut sélectionner le document dans la bibliothèque Zotero et cliquer sur l’option Match Attachment du menu contextuel.

Soulignons enfin qu’Attanger dispose de fonctionnalités supplémentaires que ZotFile ne proposait pas, telles que le choix du lecteur de PDF dans le menu contextuel de Zotero. D’un seul clic, on peut ainsi ouvrir ponctuellement un PDF avec Acrobat plutôt qu’avec Zotero.

De Zutilo à Actions & Tags

Trouver une solution de substitution pour Zutilo est moins simple que pour ZotFile, car Zutilo procurait une multitude de fonctionnalités diverses, telles que :

• copier, coller et retirer par lot des marqueurs,
• créer des liens de “Connexe” entre les documents sélectionnés grâce à un clic-droit avec le bouton de la souris.

Il permettait également de définir des raccourcis clavier personnalisés pour toutes les fonctionnalités, non seulement celles qu’il ajoutait, mais aussi celles de Zotero.

Si vous utilisez Zutilo ou auriez souhaité l’utiliser, vous serez intéressé par Actions & Tags. A l’instar d’Attanger, cette extension dispose en plus de fonctionnalités supplémentaires et propres, au-delà de la solution de substitution à Zutilo.

Actions & Tags permet d’optimiser l’organisation et le flux de travail avec Zotero, en définissant des actions déclenchées automatiquement et/ou manuellement. Ces actions peuvent effectuer différentes opérations, notamment l’ajout et le retrait de marqueurs. Une action de ce type est d’ailleurs livrée avec Actions & Tags et s’exécute dès l’installation de l’extension, sans paramétrage complémentaire. Dans Actions & Tags, les actions sont créées de deux manières :

• en combinant des options de menu déroulant et en saisissant quelques valeurs,
• en créant des scripts personnalisés, avec lesquels toutes les instructions sont codées.

Les fonctionnalités de Zutilo reprises par Actions & Tags sont disponibles via des scripts personnalisés partagés, pour lesquels il suffit de copier le paramétrage.

Lors de la création d’une action, différents paramètres doivent être renseignés.

Fenêtre de création d’une action avec Actions&Tags

• Les libellés Name et Menu Label : le libellé défini dans le champ Name est utilisé uniquement dans la fenêtre de paramétrage. Le libellé saisi dans Menu Label s’affiche pour sa part dans les menus contextuels dans lesquels vous choisissez de faire apparaître l’action. Dans le menu des annotations, l’action s’affiche directement. Dans les autres menus, elle apparaît derrière le menu ou le bouton Trigger Action. Si aucune valeur n’est saisie, l’action est masquée. C’est à vous de choisir le libellé qui sera le plus parlant pour vous.
• L’événement qui déclenche l’action : Event. Les différents événements qui peuvent déclencher automatiquement l’opération à effectuer sont des événements simples et univoques, tels que la création d’un document, d’une annotation et d’une note, ou encore le démarrage de Zotero. La valeur d’événement à choisir est précisée avec le script partagé.
• L’opération effectuée par l’action : Operation. Dans le cas d’un script la valeur à choisir est Script.
• Les données de l’action : Data. C’est dans ce champ que doit être copié le code du script. Le bouton flèche à droite de la fenêtre de saisie permet d’afficher cette fenêtre en plein écran.

Les scripts personnalisés partagés sont créés par des utilisateurs ou par le développeur de Actions & Tags. Ce dernier relit et valide tous les scripts. Il recommande toutefois d’être prudent envers ces programmes, car ils peuvent être puissants. Tous ces scripts sont recensés sur la page de discussion Action Scripts du dépôt GitHub d’Actions & Tags.

Voici une sélection de scripts qui reprennent des fonctionnalités prises en charge par Zutilo.

• Copier le lien Zotero : Copy Zotero link
• Copier et coller des champs d’un document vers l’autre : Zutilo Copy et Zutilo Paste
• Copier et coller les marqueurs des documents sélectionnés : Copy and paste tags of selected item(s)
• Retirer tous les marqueurs des documents sélectionnés : Remove All Tags of Selection
• Associer les documents sélectionnés avec un lien “Connexe” : Relate selected items

En parcourant la liste des scripts personnalisés partagés, vous constaterez que Actions & Tags offre des fonctionnalités supplémentaires à celles fournies par Zutilo, comme modifier des documents par lot ou définir des critères de détection des doublons personnalisés.

Enfin, comme son nom l’indique et comme évoqué au début de cette présentation, Actions & Tags est particulièrement adapté pour la gestion des marqueurs, qu’il s’agisse d’ajouter et/ou de retirer automatiquement un marqueur en fonction d’une action définie, ou d’ajouter automatiquement des marqueurs correspondant aux collections des documents.

Notez que le redémarrage de Zotero peut être nécessaire pour activer certains scripts d’Actions & Tags ou pour finaliser l’installation d’une extension.

Le choix de la rédaction

Améliorer les données bibliographiques avec Linter et Zotero Abstract Cleaner

Linter pour “déboulocher” vos références

À l’instar des « bouloches » qui témoignent de l’usure d’un vêtement, de multiples petites imperfections peuvent ternir l’aspect de votre bibliothèque Zotero. Linter permet de les rectifier.

Les corrections effectuées par Linter peuvent être lancées sur une sélection de documents via le menu contextuel Linter :

• soit de façon distincte et sélective,
• soit toutes en même temps d’un seul coup avec la commande Lint and Fix. Cette commande peut par ailleurs s’exécuter automatiquement à l’enregistrement d’un nouveau document.

Les corrections à effectuer peuvent être configurées et/ou désactivées de la commande Lint and Fix dans les paramètres de Linter.

Parmi les multiples fonctionnalités de Linter, nous retenons celles que nous avons pu tester avec succès et qui nous semblent de l’usage le plus courant.

Corriger la casse des titres, des titres de revues et des auteurs

Zotero 7 intègre désormais certaines de ces corrections, mais Linter apporte diverses améliorations.

• Pour les auteurs, la fonctionnalité manuelle de Zotero peut être rendue automatique.
• Pour les titres, Linter ajoute à la fonctionnalité de Zotero de conversion automatique de la casse de titre vers la casse de phrase la prise en compte de certains noms propres (notamment les formules chimiques).
• Pour les titres de revues, il s’agit d’appliquer automatiquement la casse de titre.

Il n’est pas d’usage d’utiliser la casse de titre pour les titres de revues en français, aussi est-il plus prudent d’exclure cette option de la commande Lint and Fix si vous citez beaucoup d’articles de revues en français.

Corriger les abréviations de revue

Linter peut compléter et/ou corriger le champ “Abrév. de revue” automatiquement, en fonction de l’une des options suivantes.

• L’abréviation doit être présente et conforme à la norme ISO4.
• L’abréviation doit correspondre à celle présente dans une liste personnalisée que vous devez alors charger dans l’application (fonctionnalité non testée par nos soins).
• L’abréviation est déduite du titre de la revue selon les règles d’abréviation standardisées internationales.

Normaliser les données de certains champs

• Appliquer pour les dates le format ISO YYYY-MM-DD.
• Supprimer le préfixe d’URL du champ DOI.
• Supprimer les 0 au début des numéros de volume, numéro et pages.

Raccourcis clavier pour l’italique, le gras, etc.

Si Zotero permet d’appliquer une mise en forme enrichie à une partie d’un champ, il demeure fastidieux de saisir manuellement les balises html correspondantes.

Avec Linter, les raccourcis clavier courants peuvent être employés. Une fois le texte sélectionné, les combinaisons suivantes produisent la mise en forme indiquée.

• Exposant : Ctrl/Cmd (Mac) + Shift + +
• Indice : Ctrl/Cmd (Mac) + =
• Gras : Ctrl/Cmd (Mac) + B
• Italique : Ctrl/Cmd (Mac) + I
• Pas de casse: Ctrl/Cmd (Mac) + N

Cette dernière combinaison empêche certains noms spéciaux de se voir attribués une initiale en majuscule, comme le prévoit par défaut la casse de phrase de CSL.

Notez que ces raccourcis clavier ne font pas l’objet de réglages dans les paramètres de Linter.

Zotero Abstract Cleaner pour nettoyer les résumés

Si Linter offre un nettoyage presque complet, celui effectué par Zotero Abstract Cleaner porte sur un seul point : le résumé. Cette unique modification évite toutefois de fastidieuses modifications manuelles et améliore nettement la lisibilité du résumé.

Quand on colle un extrait de texte copié depuis un fichier PDF, on peut avoir la désagréable surprise de constater que chaque ligne du PDF est considérée comme un paragraphe et donc terminée par un saut de ligne.

Zotero Abstract Cleaner supprime automatiquement tous ces sauts de ligne. Il convient pour ce faire de sélectionner les documents à traiter dans la bibliothèque Zotero, puis de choisir l’option Fix Line Endings in Abstract dans le menu contextuel.

Deux extensions pour suivre les citations

Zotero 7 Citation Counts Manager Enhanced reprend les fonctionnalités de Zotero Citation Counts Manager, qui n’est pas compatible avec Zotero 7. Il se base sur les mêmes sources de données : CrossRef, Semantic Scholar et INSPIRE-HEP. Notez que cette dernière source est spécialisée dans la physique des hautes énérgies. Zotero 7 Citation Counts Manager Enhanced permet de :

• récupérer automatiquement le nombre de citations lors de l’ajout d’une référence dans votre bibliothèque Zotero,
• récupérer manuellement le nombre de citations d’une référence avec l’option de menu contextuel > Get citation count > [choisissez la source que vous préférez].

Cette nouvelle extension permet d’afficher une colonne “Citation count” dans votre bibliothèque. C’est là que les données récupérées, automatiquement ou manuellement, sont insérées.

Scite Zotero Plugin a quant à lui été mis à jour pour fonctionner avec Zotero 7. Les données sont automatiquement récupérées depuis Scite.ai et fournissent une intéressante nuance dans le comptage des citations. Scite les divise en effet en trois catégories :

• les citations appuyant les conclusions de la publication (Supporting),
• les citations contredisant les conclusions la publication (Contrasting),
• les citations neutres qui mentionnent simplement la publication (Mentioning).

Un onglet Scite s’ajoute également dans le menu des onglets après les documents connexes avec un lien sur Scite.ai pour consulter le rapport complet.

Et toujours : Better BibTeX

Si vous utilisez LaTeX pour la rédaction de vos documents, vous aurez le plaisir d’apprendre (si vous ne le savez pas déjà) que Better BibTeX est compatible avec Zotero 7. L’installation ne nécessite pas de redémarrer Zotero 7.

On ne note pas de grand changement dans les fonctionnalités, qu’il s’agisse des paramètres (accessibles depuis les Paramètres), des menus de Zotero ou du menu contextuel affiché lors d’un clic-droit sur une référence. La clé de citation est accessible dans le menu des onglets. Nous vous renvoyons donc à notre billet sur Zotero et LaTeX.
Notez que Better BibTeX n’est pas seulement utile aux utilisateur LaTeX. Il rend également de grands services si vous le combiner à Pandoc et Markdown. Pour plus d’infos à ce sujet, reportez-vous au billet sur Markdown et Zotero.

Au final, on voit donc que le paysage des modules complémentaires est très dynamique. Si une fonctionnalité importante vous manque, il vaut la peine de vérifier si elle n’est pas prise en charge par un module complémentaire dont vous n’auriez pas connaissance, ou encore de lancer le sujet sur les forums Zotero.

Nous attendons bien sûr en commentaire vos retours sur les extenions mentionnées dans ce billet et vos suggestions d’autres extensions.

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Rappel : installer et configurer une extension dans Zotero

L’installation d’une extension dans Zotero consiste à charger dans Zotero un fichier d’un format particulier, le format .xpi. Voici les étapes à suivre.

• Enregistrer sur son ordinateur le fichier .xpi mis à disposition sur le site de l’extension que l’on souhaite installer.
• Dans Zotero, aller dans le menu Outils > Extensions.
• Cliquer sur la roue dentée et choisir Install Plugin From File.
• Sélectionner et charger le fichier .xpi.

Il faut parfois redémarrer Zotero pour finaliser l’installation.

Où trouver le fichier d’installation d’une extension?

Les extensions sont généralement distribuées par le biais d’un dépôt Git en ligne.

Sur GitHub, on trouve le plus souvent le fichier d’installation .xpi sur la page Releases, accessible depuis la page principale du dépôt comme illustré ci-dessous. Une fois sur cette page, il convient de choisir la version la plus adaptée, en général il s’agit de la dernière.

Un lien de téléchargement du fichier .xpi est parfois affiché dans le texte de présentation de l’extension. Il faut ainsi utiliser ce lien et non la page Releases pour Zotero Abstract Cleaner.

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